转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011094-RA_Salv SmilChr01G004552 bZIP XP_057786668.1 MP00409 AATGGACACGTGGCA

可能结合的靶基因

8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 91 / 126 下载 TSV

上一页 91 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002990 Chr08 NC_080394.1:30003027-30003041promoter 内 203-217 bp - 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 29991874-29999243(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CTTCTTCACGTGGCA
SmilChr06G000152 Chr06 NC_080392.1:1071677-1071691promoter 内 21-35 bp - 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 1062496-1067711(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CTCGATCACGTGGCT
SmilChr08G001366 Chr08 NC_080394.1:10894978-10894992promoter 内 1468-1482 bp - 2519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 4 10897511-10898461(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGAGGTT
SmilChr07G004222 Chr07 NC_080393.1:54434930-54434944promoter 内 3863-3877 bp + 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 54430228-54434806(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGATAGA
SmilChr02G003873 Chr02 NC_080388.1:60773761-60773775promoter 内 3751-3765 bp - 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 60771051-60773525(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AATATTGACGTGGCG
SmilChr05G004040 Chr05 NC_080391.1:54376278-54376292promoter 内 3323-3337 bp - 664 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 54376956-54384086(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAGCGTAT
SmilChr01G002684 Chr01 NC_080387.1:45057697-45057711promoter 内 3177-3191 bp + 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 45045665-45056887(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGGACGGA
SmilChr06G001748 Chr06 NC_080392.1:20252155-20252169promoter 内 2609-2623 bp + 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 20253547-20256434(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATTACACGTGTCA
SmilChr03G001716 Chr03 NC_080389.1:23010824-23010838promoter 内 1801-1815 bp - 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 23006394-23008638(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACTTGCCACGTGGAA
SmilChr06G001723 Chr06 NC_080392.1:19858163-19858177promoter 内 802-816 bp - 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 19861362-19868867(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTATTATCC
SmilChr07G000853 Chr07 NC_080393.1:6073532-6073546promoter 内 503-517 bp + 3484 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 6077030-6082154(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TCGCACGACGTGGCG
SmilChr05G002609 Chr05 NC_080391.1:29356955-29356969promoter 内 3949-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 29357007-29359215(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAATTCGACGTGGCG
SmilChr07G004219 Chr07 NC_080393.1:54401489-54401503promoter 内 3948-3962 bp + 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 54398535-54401450(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGATAGA
SmilChr05G003213 Chr05 NC_080391.1:41213400-41213414promoter 内 3927-3941 bp + 60 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 41202362-41213340(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGTCTTCA
SmilChr07G004177 Chr07 NC_080393.1:53726692-53726706promoter 内 3918-3932 bp + 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53723650-53726623(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGATAGA
SmilChr06G001079 Chr06 NC_080392.1:10748934-10748948promoter 内 3899-3913 bp - 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10749036-10753217(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGGATCTC
SmilChr07G004226 Chr07 NC_080393.1:54493479-54493493promoter 内 3862-3876 bp + 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 54490838-54493354(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGATAGA
SmilChr03G003593 Chr03 NC_080389.1:54576880-54576894promoter 内 3652-3666 bp + 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 54573949-54576545(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGTTGCTT
SmilChr01G001581 Chr01 NC_080387.1:29824717-29824731promoter 内 3287-3301 bp + 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 29825431-29831603(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CTAAGTGACGTGGCT
SmilChr02G001007 Chr02 NC_080388.1:17754275-17754289promoter 内 3222-3236 bp - 765 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 17755054-17762670(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGTCAATG
SmilChr05G004196 Chr05 NC_080391.1:55829718-55829732promoter 内 3199-3213 bp + 788 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 55830520-55832866(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGACGTGGCC
SmilChr05G000774 Chr05 NC_080391.1:6036356-6036370promoter 内 3195-3209 bp - 792 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 6034367-6035564(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGACAACACGTGTCC
SmilChr01G002679 Chr01 NC_080387.1:44997088-44997102promoter 内 3174-3188 bp + 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 44995205-44996275(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGGACGGA
SmilChr03G002142 Chr03 NC_080389.1:33358743-33358757promoter 内 3105-3119 bp + 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 33356268-33357861(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGTCAATG
SmilChr03G004438 Chr03 NC_080389.1:62523090-62523104promoter 内 2990-3004 bp + 997 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 62524101-62526501(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATGTAACACGTGTCC
SmilChr02G005450 Chr02 NC_080388.1:74852401-74852415promoter 内 2975-2989 bp + 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 74848273-74851389(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTGGTTAGA
SmilChr05G003844 Chr05 NC_080391.1:51868683-51868697promoter 内 2547-2561 bp - 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 51866047-51867243(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CTAAGTGACGTGGCT
SmilChr01G001052 Chr01 NC_080387.1:21857168-21857182promoter 内 2449-2463 bp + 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 21854656-21855630(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGAGGCAC
SmilChr04G003199 Chr04 NC_080390.1:48836056-48836070promoter 内 2406-2420 bp + 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 48837651-48843468(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CCCACAGACGTGGCA
SmilChr07G000509 Chr07 NC_080393.1:3579968-3579982promoter 内 2375-2389 bp + 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 3581594-3584044(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CTGAACGACGTGGCG
SmilChr03G003042 Chr03 NC_080389.1:47321284-47321298promoter 内 2329-2343 bp + 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 47322956-47324529(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CAGGGCCACGTGGAG
SmilChr05G001799 Chr05 NC_080391.1:17745918-17745932promoter 内 2328-2342 bp + 1659 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 17739206-17744259(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGACACGTGTTTGGC
SmilChr05G002610 Chr05 NC_080391.1:29356955-29356969promoter 内 2259-2273 bp + 1728 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 29358697-29365128(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAATTCGACGTGGCG
SmilChr06G000813 Chr06 NC_080392.1:7651386-7651400promoter 内 2072-2086 bp - 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 7653315-7655393(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTATTCGAT
SmilChr04G001955 Chr04 NC_080390.1:31737720-31737734promoter 内 2026-2040 bp - 1961 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 31739695-31744575(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTATCGTGC
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