转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002704; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005062-RA_Salv SmilChr04G002704 ERF XP_057807081.1 MP00026 CACCGACCAT

可能结合的靶基因

9854 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 91 / 149 下载 TSV

上一页 91 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005671 Chr01 NC_080387.1:72987621-72987630promoter 内 1401-1410 bp - 2591 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 72990221-72990890(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGGGTCGGTT
SmilChr05G001519 Chr05 NC_080391.1:13919955-13919964promoter 内 1391-1400 bp + 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 13913791-13917354(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGGGTCGGTA
SmilChr02G001538 Chr02 NC_080388.1:28620169-28620178promoter 内 1386-1395 bp - 2606 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 28607906-28617563(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GACCGACCCA
SmilChr03G003433 Chr03 NC_080389.1:52697095-52697104promoter 内 1384-1393 bp + 2608 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 52693821-52694487(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGGGTCGGTC
SmilChr05G002844 Chr05 NC_080391.1:33880543-33880552promoter 内 1362-1371 bp - 2630 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 33862136-33877913(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCCG
SmilChr05G002681 Chr05 NC_080391.1:30291644-30291653promoter 内 1329-1338 bp + 2663 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 30294316-30295011(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GACCGACCCA
SmilChr03G002597 Chr03 NC_080389.1:41274874-41274883promoter 内 1324-1333 bp + 2668 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 41262782-41272206(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTCGTCGGTG
SmilChr06G001523 Chr06 NC_080392.1:16424791-16424800promoter 内 1323-1332 bp - 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 16427469-16429581(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGGGTCGGTT
SmilChr01G005779 Chr01 NC_080387.1:73901249-73901258promoter 内 1311-1320 bp - 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 73903939-73906440(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGGGTCGGTC
SmilChr03G002337 Chr03 NC_080389.1:36848445-36848454promoter 内 1306-1315 bp + 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 36851140-36852520(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCCG
SmilChr02G005033 Chr02 NC_080388.1:72048659-72048668promoter 内 1297-1306 bp - 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 72043132-72045964(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GACCGACCCA
SmilChr04G003072 Chr04 NC_080390.1:47274366-47274375promoter 内 1283-1292 bp - 2709 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 47267863-47271657(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCCC
SmilChr05G001050 Chr05 NC_080391.1:8697514-8697523promoter 内 1268-1277 bp - 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 8700247-8716005(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTCGTCGGTG
SmilChr04G003477 Chr04 NC_080390.1:51229297-51229306promoter 内 1252-1261 bp - 2740 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 51232046-51234859(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTCGTCGGTG
SmilChr01G002939 Chr01 NC_080387.1:48175795-48175804promoter 内 1197-1206 bp - 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 48165428-48173000(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCCG
SmilChr06G001450 Chr06 NC_080392.1:15321623-15321632promoter 内 1165-1174 bp - 2827 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 15313273-15318796(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GACCGACCCA
SmilChr02G000501 Chr02 NC_080388.1:6888052-6888061promoter 内 1147-1156 bp + 2845 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 6883782-6885207(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGGGTCGGTC
SmilChr01G005381 Chr01 NC_080387.1:71039957-71039966promoter 内 1137-1146 bp - 2855 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 71042821-71045287(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGGGTCGGTT
SmilChr06G001511 Chr06 NC_080392.1:16129168-16129177promoter 内 1123-1132 bp + 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 16132046-16133257(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCCC
SmilChr02G002985 Chr02 NC_080388.1:50470245-50470254promoter 内 1108-1117 bp - 2884 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 50473138-50474582(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGGGTCGGTC
SmilChr01G005288 Chr01 NC_080387.1:70219789-70219798promoter 内 1091-1100 bp - 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 70222699-70224075(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGGGTCGGTC
SmilChr01G000855 Chr01 NC_080387.1:18424948-18424957promoter 内 1070-1079 bp + 2922 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 18427879-18429114(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCCG
SmilChr03G001788 Chr03 NC_080389.1:24427886-24427895promoter 内 993-1002 bp + 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 24422338-24424887(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTCGTCGGTG
SmilChr02G004606 Chr02 NC_080388.1:68566549-68566558promoter 内 991-1000 bp - 3001 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 68561984-68563548(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGAG
SmilChr03G002585 Chr03 NC_080389.1:41111869-41111878promoter 内 957-966 bp + 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 41114913-41117680(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGAG
SmilChr01G005391 Chr01 NC_080387.1:71197182-71197191promoter 内 945-954 bp + 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 71200238-71205838(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGAG
SmilChr05G002302 Chr05 NC_080391.1:24879073-24879082promoter 内 913-922 bp + 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 24871215-24875994(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGGGTCGGTC
SmilChr03G001423 Chr03 NC_080389.1:16861713-16861722promoter 内 906-915 bp - 3086 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 16857776-16858627(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCCG
SmilChr02G003807 Chr02 NC_080388.1:59686799-59686808promoter 内 903-912 bp - 3089 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 59689897-59692100(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGGGTCGGTC
SmilChr06G001173 Chr06 NC_080392.1:11946618-11946627promoter 内 899-908 bp + 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 11949720-11951513(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCCG
SmilChr02G004607 Chr02 NC_080388.1:68566549-68566558promoter 内 890-899 bp - 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 68569660-68579495(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTCGTCGGTG
SmilChr01G004487 Chr01 NC_080387.1:63003313-63003322promoter 内 829-838 bp - 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 63006485-63009676(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGGGTCGGTA
SmilChr01G003220 Chr01 NC_080387.1:50968276-50968285promoter 内 812-821 bp - 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 50971465-50972430(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGGGTCGGTT
SmilChr01G003108 Chr01 NC_080387.1:49893987-49893996promoter 内 800-809 bp + 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 49889548-49890795(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTCGTCGGTG
SmilChr05G003478 Chr05 NC_080391.1:46157028-46157037promoter 内 786-795 bp + 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 46160243-46162703(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGAG
SmilChr02G003809 Chr02 NC_080388.1:59721540-59721549promoter 内 772-781 bp + 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 59715822-59718320(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTCGTCGGTG
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