转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011004-RA_Salv SmilChr04G002953 ARF XP_057809314.1 MP00033 TTTGTCGGC

可能结合的靶基因

9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 92 / 149 下载 TSV

上一页 92 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002739 Chr03 NC_080389.1:43525928-43525936promoter 内 3698-3706 bp + 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 43526231-43527896(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr04G000141 Chr04 NC_080390.1:1208950-1208958promoter 内 3674-3682 bp - 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 1205391-1208631(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr03G002851 Chr03 NC_080389.1:45100743-45100751promoter 内 3639-3647 bp + 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 45101105-45107898(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr02G001635 Chr02 NC_080388.1:30334399-30334407promoter 内 3604-3612 bp - 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 30331034-30334010(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr04G002622 Chr04 NC_080390.1:41638547-41638555promoter 内 3603-3611 bp - 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 41636145-41638157(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr02G002842 Chr02 NC_080388.1:48541292-48541300promoter 内 3594-3602 bp - 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 48539710-48540893(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr01G004504 Chr01 NC_080387.1:63155781-63155789promoter 内 3578-3586 bp + 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 63156204-63164130(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr02G004699 Chr02 NC_080388.1:69311169-69311177promoter 内 3574-3582 bp - 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 69305938-69310750(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr03G002642 Chr03 NC_080389.1:42016675-42016683promoter 内 3536-3544 bp - 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 42017140-42020606(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G006092 Chr01 NC_080387.1:76403552-76403560promoter 内 3512-3520 bp + 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 76400229-76403071(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr02G005553 Chr02 NC_080388.1:75503866-75503874promoter 内 3481-3489 bp + 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 75501085-75503354(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G000546 Chr01 NC_080387.1:11272632-11272640promoter 内 3467-3475 bp - 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 11270593-11272106(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr04G000957 Chr04 NC_080390.1:12674054-12674062promoter 内 3454-3462 bp - 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 12674601-12675732(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G004258 Chr01 NC_080387.1:60851979-60851987promoter 内 3445-3453 bp + 548 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 60852535-60853891(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr01G000828 Chr01 NC_080387.1:17832236-17832244promoter 内 3443-3451 bp - 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 17832794-17833947(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G004002 Chr01 NC_080387.1:58412049-58412057promoter 内 3440-3448 bp - 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 58412610-58415919(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr04G002694 Chr04 NC_080390.1:42378810-42378818promoter 内 3422-3430 bp + 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 42376747-42378239(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr04G000844 Chr04 NC_080390.1:10679703-10679711promoter 内 3409-3417 bp + 584 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 10677677-10679119(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr02G003173 Chr02 NC_080388.1:52837996-52838004promoter 内 3394-3402 bp - 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 52836867-52837397(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr01G005427 Chr01 NC_080387.1:71450289-71450297promoter 内 3392-3400 bp - 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 71448583-71449688(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr02G003396 Chr02 NC_080388.1:55084559-55084567promoter 内 3387-3395 bp - 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 55085173-55089489(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G005908 Chr01 NC_080387.1:74948972-74948980promoter 内 3386-3394 bp + 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 74946885-74948365(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr02G000402 Chr02 NC_080388.1:4976928-4976936promoter 内 3375-3383 bp + 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 4975079-4976310(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr03G002743 Chr03 NC_080389.1:43590454-43590462promoter 内 3375-3383 bp - 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 43591080-43592390(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr04G002470 Chr04 NC_080390.1:39516089-39516097promoter 内 3370-3378 bp + 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 39508606-39515466(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G002275 Chr01 NC_080387.1:39521668-39521676promoter 内 3328-3336 bp + 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 39522341-39524619(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr01G005940 Chr01 NC_080387.1:75144581-75144589promoter 内 3285-3293 bp + 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 75142748-75143873(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G001974 Chr01 NC_080387.1:35157710-35157718promoter 内 3284-3292 bp + 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 35154693-35157001(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr04G002846 Chr04 NC_080390.1:44579362-44579370promoter 内 3268-3276 bp + 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 44578040-44578637(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr03G001759 Chr03 NC_080389.1:23946162-23946170promoter 内 3260-3268 bp + 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 23944449-23945429(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr03G000657 Chr03 NC_080389.1:7338114-7338122promoter 内 3216-3224 bp + 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 7336345-7337337(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr02G003057 Chr02 NC_080388.1:51369473-51369481promoter 内 3199-3207 bp + 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 51366240-51368679(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G000592 Chr01 NC_080387.1:12905036-12905044promoter 内 3194-3202 bp - 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 12901654-12904237(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr02G001282 Chr02 NC_080388.1:23646618-23646626promoter 内 3180-3188 bp + 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 23644815-23645805(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr02G002736 Chr02 NC_080388.1:47298883-47298891promoter 内 3173-3181 bp + 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 47299711-47301460(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr03G001089 Chr03 NC_080389.1:12587795-12587803promoter 内 3166-3174 bp - 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 12583704-12586968(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
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