转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 94 / 138 下载 TSV

上一页 94 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002111 Chr03 NC_080389.1:32861232-32861246promoter 内 1718-1732 bp - 2269 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 32855774-32858963(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATTTTCGACCGTTT
SmilChr03G001388 Chr03 NC_080389.1:16425349-16425363promoter 内 1704-1718 bp + 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 16427646-16428575(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTTTTAAACCGTTG
SmilChr06G001770 Chr06 NC_080392.1:20728566-20728580promoter 内 1648-1662 bp - 2339 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 20730919-20735694(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGCTTGC
SmilChr03G004196 Chr03 NC_080389.1:60603935-60603949promoter 内 1637-1651 bp + 2350 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 60606299-60608585(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTCAAGCAACCGTTG
SmilChr05G002733 Chr05 NC_080391.1:31465954-31465968promoter 内 1624-1638 bp + 2363 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 31468331-31469217(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTTTTAAACCGTTG
SmilChr08G003380 Chr08 NC_080394.1:35441967-35441981promoter 内 1534-1548 bp - 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 35444434-35454844(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCATTGCT
SmilChr01G001858 Chr01 NC_080387.1:33538691-33538705promoter 内 1510-1524 bp - 2477 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 33530858-33536214(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTTTCATACCGTTG
SmilChr06G001056 Chr06 NC_080392.1:10422821-10422835promoter 内 1430-1444 bp - 2557 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 10417222-10420264(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTACCTTTACCGTTG
SmilChr03G002268 Chr03 NC_080389.1:35810027-35810041promoter 内 1306-1320 bp + 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 35806557-35807346(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACTGTAAA
SmilChr01G005937 Chr01 NC_080387.1:75120776-75120790promoter 内 1192-1206 bp + 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 75116386-75117981(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATTCATTA
SmilChr07G003857 Chr07 NC_080393.1:47919519-47919533promoter 内 1191-1205 bp + 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 47922329-47923935(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATAGCATACCGTTG
SmilChr06G002776 Chr06 NC_080392.1:40452830-40452844promoter 内 1173-1187 bp - 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 40448748-40450016(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAAATATGGCCGTAG
SmilChr06G000139 Chr06 NC_080392.1:991348-991362promoter 内 1142-1156 bp - 2845 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 988162-988503(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGAGCTGGACCGTTG
SmilChr05G001512 Chr05 NC_080391.1:13869647-13869661promoter 内 1113-1127 bp + 2874 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 13872535-13873670(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGCATCGTACCGTTG
SmilChr08G000174 Chr08 NC_080394.1:1185691-1185705promoter 内 1100-1114 bp - 2887 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1188592-1197568(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCAGCTTC
SmilChr05G002076 Chr05 NC_080391.1:21695037-21695051promoter 内 1096-1110 bp - 2891 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 21697942-21699383(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGAACCCT
SmilChr04G003485 Chr04 NC_080390.1:51301549-51301563promoter 内 1052-1066 bp + 2935 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 51304498-51308761(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAATTTAGACCGTTT
SmilChr01G006000 Chr01 NC_080387.1:75592762-75592776promoter 内 1023-1037 bp - 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 75581816-75589798(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAATGAATACCGTTG
SmilChr08G001132 Chr08 NC_080394.1:8876111-8876125promoter 内 982-996 bp + 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 8871788-8873106(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGCTTAGT
SmilChr08G001505 Chr08 NC_080394.1:12197375-12197389promoter 内 967-981 bp - 3020 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 12192044-12194355(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CATGCTCGACCGTTG
SmilChr08G001385 Chr08 NC_080394.1:11070361-11070375promoter 内 928-942 bp - 3059 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 11063174-11067302(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTTTTAAACCGTTG
SmilChr08G000181 Chr08 NC_080394.1:1234224-1234238promoter 内 873-887 bp - 3114 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1237352-1244110(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCATTGTTA
SmilChr04G001347 Chr04 NC_080390.1:21836278-21836292promoter 内 866-880 bp + 3121 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 21829499-21833157(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAATCCCTT
SmilChr01G005935 Chr01 NC_080387.1:75105601-75105615promoter 内 860-874 bp + 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 75108742-75111390(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAATGAATACCGTTG
SmilChr02G001134 Chr02 NC_080388.1:20476866-20476880promoter 内 845-859 bp + 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 20472651-20473724(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACGATGCT
SmilChr04G002208 Chr04 NC_080390.1:35754109-35754123promoter 内 761-775 bp - 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 35749921-35750883(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTTTTAAACCGTTG
SmilChr03G001439 Chr03 NC_080389.1:17102657-17102671promoter 内 736-750 bp - 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 17098015-17099406(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGCATCGTACCGTTG
SmilChr06G001198 Chr06 NC_080392.1:12259213-12259227promoter 内 722-736 bp + 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 12262492-12263596(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGCATCGTACCGTTG
SmilChr02G003678 Chr02 NC_080388.1:58160211-58160225promoter 内 698-712 bp + 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 58147251-58156922(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATCAACGT
SmilChr08G003623 Chr08 NC_080394.1:39437461-39437475promoter 内 677-691 bp - 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 39440785-39443676(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACGATGCT
SmilChr08G004592 Chr08 NC_080394.1:55487211-55487225promoter 内 652-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 55481373-55483876(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGCATCGTACCGTTG
SmilChr03G002597 Chr03 NC_080389.1:41275600-41275614promoter 内 593-607 bp + 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 41262782-41272206(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCTCTAGGT
SmilChr02G000653 Chr02 NC_080388.1:9882660-9882674promoter 内 583-597 bp + 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 9875624-9879256(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAAAAAAA
SmilChr08G003421 Chr08 NC_080394.1:36424313-36424327promoter 内 572-586 bp + 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 36417882-36420898(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACGATGCT
SmilChr04G003255 Chr04 NC_080390.1:49298758-49298772promoter 内 564-578 bp - 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 49293159-49295335(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTTTTAAACCGTTG
SmilChr02G000273 Chr02 NC_080388.1:3519257-3519271promoter 内 547-561 bp - 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3515075-3515817(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTTTTAAACCGTTG
SmilChr01G000539 Chr01 NC_080387.1:11069339-11069353promoter 内 516-530 bp - 3471 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 11072824-11074457(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAACCATC
SmilChr06G000141 Chr06 NC_080392.1:991348-991362promoter 内 498-512 bp - 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 994851-996320(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCAGCTCC
SmilChr07G003570 Chr07 NC_080393.1:41675293-41675307promoter 内 494-508 bp - 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 41668697-41671800(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTTTTAAACCGTTG
SmilChr01G000724 Chr01 NC_080387.1:16176220-16176234promoter 内 385-399 bp + 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 16169824-16172618(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACGATGCT
SmilChr02G004113 Chr02 NC_080388.1:63423075-63423089promoter 内 372-386 bp - 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 63426704-63431794(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGCTCGTC
SmilChr06G002486 Chr06 NC_080392.1:35727701-35727715promoter 内 361-375 bp - 3626 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 35731341-35736123(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATGAAAAT
SmilChr06G000317 Chr06 NC_080392.1:2313415-2313429promoter 内 359-373 bp - 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2307547-2309787(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTTTTTGACCGTTT
SmilChr01G002772 Chr01 NC_080387.1:46157174-46157188promoter 内 336-350 bp + 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 46160839-46164424(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTTTTAAACCGTTG
SmilChr01G000407 Chr01 NC_080387.1:8296494-8296508promoter 内 311-325 bp + 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 8300184-8301169(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGCATCGTACCGTTG
SmilChr08G002461 Chr08 NC_080394.1:23436703-23436717promoter 内 227-241 bp - 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23440477-23442727(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGTCTAGG
SmilChr04G001366 Chr04 NC_080390.1:22171091-22171105promoter 内 213-227 bp - 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 22174879-22175848(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTTGTAAT
SmilChr04G003351 Chr04 NC_080390.1:50127740-50127754promoter 内 183-197 bp - 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 50121532-50123936(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCCATGCTACCGTTG
SmilChr01G000468 Chr01 NC_080387.1:9594716-9594730promoter 内 158-172 bp - 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 9583561-9590887(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTGAAATGACCGTTT
SmilChr01G001442 Chr01 NC_080387.1:28112885-28112899promoter 内 98-112 bp + 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 28102489-28108996(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCTGGAAAC