转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 94 / 138 下载 TSV

上一页 94 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002833 Chr02 NC_080388.1:48472649-48472661promoter 内 1568-1580 bp - 2421 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 48475082-48484788(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCTAGTCAAAAGA
SmilChr03G003230 Chr03 NC_080389.1:50020366-50020378promoter 内 1527-1539 bp + 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50022840-50025478(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCTTTTGACTATG
SmilChr01G002487 Chr01 NC_080387.1:42598674-42598686promoter 内 1439-1451 bp - 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42601236-42602303(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAACTA
SmilChr01G004223 Chr01 NC_080387.1:60591517-60591529promoter 内 1427-1439 bp - 2562 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60594091-60597526(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACTAGTCAAAACA
SmilChr01G000300 Chr01 NC_080387.1:5907279-5907291promoter 内 1405-1417 bp - 2584 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5900921-5904695(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTTTTGACTATT
SmilChr01G005995 Chr01 NC_080387.1:75549276-75549288promoter 内 1354-1366 bp + 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 75543753-75546641(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGAAGTCAACTGT
SmilChr03G001014 Chr03 NC_080389.1:11671816-11671828promoter 内 1314-1326 bp + 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11668818-11669141(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAAACA
SmilChr01G001404 Chr01 NC_080387.1:27662920-27662932promoter 内 1306-1318 bp - 2683 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 27652810-27660237(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTTTTGACTATT
SmilChr01G001198 Chr01 NC_080387.1:24132351-24132363promoter 内 1281-1293 bp + 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 24128820-24129643(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAAACA
SmilChr01G003766 Chr01 NC_080387.1:56040341-56040353promoter 内 1248-1260 bp + 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56035765-56037600(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCAAGTCAACTAA
SmilChr01G004228 Chr01 NC_080387.1:60660124-60660136promoter 内 1234-1246 bp - 2755 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60662891-60664457(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATAGTCAAAAGA
SmilChr03G000771 Chr03 NC_080389.1:8806285-8806297promoter 内 1135-1147 bp + 2854 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 8809151-8810054(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATGTTGACTGCA
SmilChr03G000178 Chr03 NC_080389.1:1918805-1918817promoter 内 1088-1100 bp - 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1921718-1923415(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GAAAGTCAACATG
SmilChr01G000117 Chr01 NC_080387.1:2034974-2034986promoter 内 1081-1093 bp + 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 2031059-2032066(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAAACA
SmilChr03G001414 Chr03 NC_080389.1:16793446-16793458promoter 内 879-891 bp - 3110 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 16796568-16796649(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAAACA
SmilChr03G003100 Chr03 NC_080389.1:48062002-48062014promoter 内 874-886 bp - 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 48065129-48068124(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAAACA
SmilChr01G005726 Chr01 NC_080387.1:73405918-73405930promoter 内 796-808 bp + 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73409123-73409703(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTTGTTGACTAGA
SmilChr01G004095 Chr01 NC_080387.1:59417368-59417380promoter 内 784-796 bp + 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 59411201-59414163(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAAACA
SmilChr03G000512 Chr03 NC_080389.1:5508487-5508499promoter 内 690-702 bp + 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5511798-5516423(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATGTTGACTTTC
SmilChr02G000710 Chr02 NC_080388.1:11460338-11460350promoter 内 676-688 bp + 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11455871-11457025(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAAATC
SmilChr01G001781 Chr01 NC_080387.1:32688225-32688237promoter 内 672-684 bp - 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 32691554-32693498(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCTAGTCAAAAGA
SmilChr01G001731 Chr01 NC_080387.1:31904257-31904269promoter 内 618-630 bp - 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 31898722-31900886(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCAGTTGACTGGA
SmilChr01G001847 Chr01 NC_080387.1:33413048-33413060promoter 内 598-610 bp + 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 33416451-33417809(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTTTTGACTATG
SmilChr01G000084 Chr01 NC_080387.1:1598641-1598653promoter 内 595-607 bp - 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1589839-1595247(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAGGTTGACTCAA
SmilChr01G006075 Chr01 NC_080387.1:76201520-76201532promoter 内 591-603 bp + 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 76204930-76207442(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCAGTTGACTTAG
SmilChr02G001832 Chr02 NC_080388.1:33337478-33337490promoter 内 477-489 bp - 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 33341002-33345584(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAACTA
SmilChr03G002928 Chr03 NC_080389.1:46040537-46040549promoter 内 408-420 bp + 3581 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 46035383-46036956(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAACTA
SmilChr01G004227 Chr01 NC_080387.1:60649223-60649235promoter 内 332-344 bp - 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60643350-60645566(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCTTTTGACTATG
SmilChr01G001887 Chr01 NC_080387.1:33987160-33987172promoter 内 308-320 bp - 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 33975491-33983479(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTTTTGACTATT
SmilChr03G003033 Chr03 NC_080389.1:47235554-47235566promoter 内 282-294 bp + 3707 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47239273-47243559(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TATGTTGACTAAA
SmilChr01G003682 Chr01 NC_080387.1:55215858-55215870promoter 内 250-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55219609-55220499(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTTTTGACTATG
SmilChr01G001407 Chr01 NC_080387.1:27662920-27662932promoter 内 226-238 bp - 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 27666695-27667429(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAAACA
SmilChr01G002196 Chr01 NC_080387.1:38115906-38115918promoter 内 225-237 bp + 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 38110169-38112142(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCAGTCAACAAT
SmilChr01G005212 Chr01 NC_080387.1:69736759-69736771promoter 内 201-213 bp - 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 69740559-69741209(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTTAGTCAAACCT
SmilChr01G004097 Chr01 NC_080387.1:59417368-59417380promoter 内 140-152 bp + 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 59421229-59424877(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTTTTGACTATT
SmilChr03G002802 Chr03 NC_080389.1:44496190-44496202promoter 内 119-131 bp + 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 44500072-44508118(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTTTTGACTATT
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