转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012717-RA_Salv SmilChr01G004114 WRKY XP_057781125.1 MP00284 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6552 个候选靶基因 第 95 / 132 下载 TSV

上一页 95 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004054 Chr01 NC_080387.1:58981759-58981769promoter 内 2886-2896 bp - 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 58982874-58984511(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr02G004014 Chr02 NC_080388.1:62447972-62447982promoter 内 2856-2866 bp - 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 62444752-62446837(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAAAA
SmilChr01G005359 Chr01 NC_080387.1:70812085-70812095promoter 内 2841-2851 bp + 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 70809376-70810935(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr02G000300 Chr02 NC_080388.1:3791643-3791653promoter 内 2836-2846 bp - 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 3792808-3794739(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr01G002639 Chr01 NC_080387.1:44677903-44677913promoter 内 2822-2832 bp + 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 44675989-44676734(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr02G000510 Chr02 NC_080388.1:7046022-7046032promoter 内 2778-2788 bp - 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 7047245-7048232(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTTTGACTTGT
SmilChr02G002624 Chr02 NC_080388.1:45564115-45564125promoter 内 2717-2727 bp - 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 45558756-45562841(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr01G002858 Chr01 NC_080387.1:47159605-47159615promoter 内 2648-2658 bp + 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 47160958-47163601(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAAAA
SmilChr01G002531 Chr01 NC_080387.1:43326547-43326557promoter 内 2524-2534 bp - 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 43323101-43325080(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr01G006119 Chr01 NC_080387.1:76717330-76717340promoter 内 2419-2429 bp + 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 76718912-76777689(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAAAG
SmilChr02G003529 Chr02 NC_080388.1:56434139-56434149promoter 内 2284-2294 bp - 1707 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 56431079-56432432(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAAAA
SmilChr02G005035 Chr02 NC_080388.1:72063344-72063354promoter 内 2221-2231 bp - 1770 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 72059711-72061574(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr03G001403 Chr03 NC_080389.1:16622477-16622487promoter 内 2132-2142 bp - 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 16617433-16620618(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr02G000501 Chr02 NC_080388.1:6887085-6887095promoter 内 2113-2123 bp - 1878 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 6883782-6885207(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr02G003087 Chr02 NC_080388.1:51761886-51761896promoter 内 2042-2052 bp + 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 51758673-51759937(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr02G005471 Chr02 NC_080388.1:74981537-74981547promoter 内 2033-2043 bp + 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 74977964-74979579(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr01G003273 Chr01 NC_080387.1:51441895-51441905promoter 内 2004-2014 bp + 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 51433922-51439908(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTATA
SmilChr02G004430 Chr02 NC_080388.1:66654420-66654430promoter 内 1834-1844 bp - 2157 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 66646396-66652263(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr02G000192 Chr02 NC_080388.1:2408755-2408765promoter 内 1832-1842 bp + 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 2410924-2412487(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TATAGTCAACA
SmilChr01G004835 Chr01 NC_080387.1:66486538-66486548promoter 内 1744-1754 bp - 2247 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 66481641-66484291(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr03G000162 Chr03 NC_080389.1:1782707-1782717promoter 内 1721-1731 bp + 2270 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 1784987-1786606(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 AGAAGTCAATG
SmilChr02G002021 Chr02 NC_080388.1:36435470-36435480promoter 内 1641-1651 bp + 2350 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 36437830-36440922(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ATGAGTCAACC
SmilChr01G002594 Chr01 NC_080387.1:44072393-44072403promoter 内 1602-1612 bp + 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 44074792-44079642(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAAAG
SmilChr02G002200 Chr02 NC_080388.1:39232806-39232816promoter 内 1389-1399 bp + 2602 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 39230132-39230204(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr02G001777 Chr02 NC_080388.1:32547252-32547262promoter 内 1355-1365 bp + 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 32538679-32544616(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAA
SmilChr03G000141 Chr03 NC_080389.1:1548578-1548588promoter 内 1321-1331 bp + 2670 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 1537730-1545908(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CATTGACTTCT
SmilChr01G002857 Chr01 NC_080387.1:47159605-47159615promoter 内 1288-1298 bp + 2703 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 47154333-47156902(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTC
SmilChr02G004015 Chr02 NC_080388.1:62447972-62447982promoter 内 1229-1239 bp - 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 62450744-62453944(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTC
SmilChr02G003663 Chr02 NC_080388.1:58018012-58018022promoter 内 1206-1216 bp + 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 58020807-58022294(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr02G003930 Chr02 NC_080388.1:61370228-61370238promoter 内 1164-1174 bp + 2827 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 61373065-61374600(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CCATGTCAACG
SmilChr01G003842 Chr01 NC_080387.1:56755805-56755815promoter 内 1114-1124 bp + 2877 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 56751999-56752928(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTC
SmilChr01G003802 Chr01 NC_080387.1:56409680-56409690promoter 内 1095-1105 bp + 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 56402452-56406784(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr01G003822 Chr01 NC_080387.1:56559816-56559826promoter 内 1019-1029 bp - 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 56553834-56556844(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAAAA
SmilChr01G001280 Chr01 NC_080387.1:25588800-25588810promoter 内 970-980 bp - 3021 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 25591831-25593134(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAA
SmilChr02G001369 Chr02 NC_080388.1:25807136-25807146promoter 内 969-979 bp + 3022 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 25810168-25810274(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 AGAAGTCAATG
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