转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 95 / 128 下载 TSV

上一页 95 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002371 Chr07 NC_080393.1:22016190-22016204promoter 内 2218-2232 bp - 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 22017973-22018823(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGTGGTGGAGGTGG
SmilChr04G001641 Chr04 NC_080390.1:27334151-27334165promoter 内 2216-2230 bp + 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 27325996-27332380(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGTCGGTGGACGAGG
SmilChr03G002630 Chr03 NC_080389.1:41753497-41753511promoter 内 2113-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 41755385-41756770(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTACCTGCACCGCCG
SmilChr02G003556 Chr02 NC_080388.1:56733205-56733219promoter 内 2039-2053 bp - 1948 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56735167-56739212(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGTGGTGGAGGTGG
SmilChr08G003096 Chr08 NC_080394.1:31142580-31142594promoter 内 1945-1959 bp + 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 31144636-31148411(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACTCGCCACCGCTG
SmilChr07G003980 Chr07 NC_080393.1:50769350-50769364promoter 内 1920-1934 bp - 2067 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 50766185-50767283(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGTCTCCACCGCTA
SmilChr01G003085 Chr01 NC_080387.1:49687534-49687548promoter 内 1807-1821 bp - 2180 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 49689728-49693147(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCTCC
SmilChr06G002885 Chr06 NC_080392.1:41681555-41681569promoter 内 1802-1816 bp - 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 41677201-41679370(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGAGCGCCACCGCTG
SmilChr07G004662 Chr07 NC_080393.1:59523470-59523484promoter 内 1768-1782 bp + 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 59525703-59530717(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACAACCACCGCCT
SmilChr03G003059 Chr03 NC_080389.1:47482785-47482799promoter 内 1765-1779 bp + 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 47479371-47480563(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGTTTG
SmilChr04G000443 Chr04 NC_080390.1:4741366-4741380promoter 内 1764-1778 bp + 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 4712574-4739143(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTCGTGC
SmilChr02G001239 Chr02 NC_080388.1:22776798-22776812promoter 内 1763-1777 bp - 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 22779036-22780009(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGTTTG
SmilChr04G002009 Chr04 NC_080390.1:32588826-32588840promoter 内 1757-1771 bp + 2230 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 32585835-32586596(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGTTTG
SmilChr01G001871 Chr01 NC_080387.1:33736863-33736877promoter 内 1752-1766 bp + 2235 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 33733246-33734628(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGTTTG
SmilChr02G005057 Chr02 NC_080388.1:72275561-72275575promoter 内 1750-1764 bp - 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 72277812-72279187(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTAGAAG
SmilChr07G000274 Chr07 NC_080393.1:1776909-1776923promoter 内 1708-1722 bp + 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1779202-1782438(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCTCCACCGCAA
SmilChr01G003142 Chr01 NC_080387.1:50250440-50250454promoter 内 1641-1655 bp + 2346 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 50252800-50259192(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCAGCACCGCCG
SmilChr01G005415 Chr01 NC_080387.1:71373843-71373857promoter 内 1615-1629 bp + 2372 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 71369824-71371471(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGACC
SmilChr02G002712 Chr02 NC_080388.1:46965384-46965398promoter 内 1574-1588 bp + 2413 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 46967811-46970940(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACTTCACCACCGCCG
SmilChr02G002131 Chr02 NC_080388.1:38150747-38150761promoter 内 1549-1563 bp - 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 38153199-38200690(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTCTGA
SmilChr02G000594 Chr02 NC_080388.1:8526979-8526993promoter 内 1503-1517 bp + 2484 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8523336-8524495(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGTCGT
SmilChr08G003126 Chr08 NC_080394.1:31601702-31601716promoter 内 1445-1459 bp - 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 31595409-31599160(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCTCCACCGCAA
SmilChr03G001194 Chr03 NC_080389.1:13750588-13750602promoter 内 1420-1434 bp - 2567 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 13753169-13757650(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGATTTGG
SmilChr01G002527 Chr01 NC_080387.1:43286255-43286269promoter 内 1380-1394 bp + 2607 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 43278640-43283648(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGATC
SmilChr01G003958 Chr01 NC_080387.1:57952232-57952246promoter 内 1238-1252 bp - 2749 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 57954995-57958129(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGATGGCG
SmilChr06G002305 Chr06 NC_080392.1:33285604-33285618promoter 内 1231-1245 bp - 2756 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 33288374-33290749(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGTGGTGGAGGTGG
SmilChr04G003458 Chr04 NC_080390.1:51065558-51065572promoter 内 1092-1106 bp + 2895 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 51059169-51062663(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGAAGT
SmilChr08G002828 Chr08 NC_080394.1:28128051-28128065promoter 内 1045-1059 bp + 2942 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 28131007-28136192(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGTCTCCACCACCT
SmilChr04G004143 Chr04 NC_080390.1:56193174-56193188promoter 内 1022-1036 bp - 2965 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56196153-56197718(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGTGGTGGAGGTGG
SmilChr01G004891 Chr01 NC_080387.1:66981773-66981787promoter 内 1009-1023 bp - 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 66977992-66978795(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGAGCGCCACCGCCG
SmilChr02G002887 Chr02 NC_080388.1:49167556-49167570promoter 内 985-999 bp - 3002 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 49170572-49173761(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCGGTGGAGGCTG
SmilChr02G002130 Chr02 NC_080388.1:38150747-38150761promoter 内 976-990 bp - 3011 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 38146714-38147736(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCAGAGCCACCGCCG
SmilChr01G003380 Chr01 NC_080387.1:52486534-52486548promoter 内 975-989 bp + 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 52489560-52494862(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCTCCACCGTTG
SmilChr07G002894 Chr07 NC_080393.1:29306873-29306887promoter 内 937-951 bp + 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 29301331-29303823(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGTGGTGGAGACGG
SmilChr02G003711 Chr02 NC_080388.1:58686374-58686388promoter 内 868-882 bp + 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 58689507-58689580(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCTTCACCGCCG
SmilChr05G001653 Chr05 NC_080391.1:15606578-15606592promoter 内 516-530 bp + 3471 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 15610063-15611712(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCACCC
SmilChr08G000864 Chr08 NC_080394.1:6406573-6406587promoter 内 475-489 bp - 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 6393585-6403061(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAATTGCCACCGCCA
SmilChr07G003382 Chr07 NC_080393.1:36641878-36641892promoter 内 367-381 bp + 3620 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 36634903-36638258(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGTGGTGGAGATGG
SmilChr06G001760 Chr06 NC_080392.1:20584821-20584835promoter 内 340-354 bp - 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 20588482-20591157(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCGGTGGCTGTGG
SmilChr04G001217 Chr04 NC_080390.1:19002483-19002497promoter 内 224-238 bp + 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 18996105-18998720(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTAGAAG
SmilChr06G003135 Chr06 NC_080392.1:44251678-44251692promoter 内 216-230 bp + 3771 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 44255463-44258418(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGAACTCCACCGCCT
SmilChr03G004043 Chr03 NC_080389.1:59431526-59431540promoter 内 211-225 bp - 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 59424271-59427750(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCTGACCACCGCCA
SmilChr01G003772 Chr01 NC_080387.1:56079203-56079217promoter 内 188-202 bp - 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56083016-56085836(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGACGGCGT
SmilChr02G000414 Chr02 NC_080388.1:5254286-5254300promoter 内 184-198 bp - 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 5258103-5261633(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGTTTG
SmilChr01G005805 Chr01 NC_080387.1:74101904-74101918promoter 内 156-170 bp - 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 74105749-74106857(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGTGGTGGAGGTGG
SmilChr02G003555 Chr02 NC_080388.1:56733205-56733219promoter 内 129-143 bp - 3858 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56728232-56729347(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCACCC
SmilChr03G002473 Chr03 NC_080389.1:39187375-39187389promoter 内 73-87 bp - 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 39191303-39193092(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGAACG
SmilChr04G000032 Chr04 NC_080390.1:322226-322240promoter 内 2865-2879 bp - 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 317204-321104(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCTCCACCGCGA
SmilChr01G005906 Chr01 NC_080387.1:74923031-74923045promoter 内 3778-3792 bp - 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 74923254-74924003(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGAGGCGGAGGTGG
SmilChr04G000605 Chr04 NC_080390.1:6851675-6851689promoter 内 3462-3476 bp - 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 6849602-6851150(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCTCCACCACCA