转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003119; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008313-RA_Salv SmilChr04G003119 bZIP XP_057809542.1 MP00039 TGACGTGGCA

可能结合的靶基因

9936 个结合位点 6610 个候选靶基因 第 95 / 133 下载 TSV

上一页 95 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000687 Chr03 NC_080389.1:7675771-7675780promoter 内 278-287 bp - 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 7679494-7680619(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTTG
SmilChr01G001902 Chr01 NC_080387.1:34125560-34125569promoter 内 275-284 bp - 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 34129286-34130890(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTTG
SmilChr01G000206 Chr01 NC_080387.1:3591527-3591536promoter 内 269-278 bp + 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 3595259-3598970(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CAACGTGGCA
SmilChr02G004662 Chr02 NC_080388.1:69010892-69010901promoter 内 171-180 bp - 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 69014722-69016535(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTTG
SmilChr03G004617 Chr03 NC_080389.1:63870831-63870840promoter 内 118-127 bp - 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 63874714-63876863(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTTG
SmilChr03G002415 Chr03 NC_080389.1:38384001-38384010promoter 内 39-48 bp - 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 38378930-38380048(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CAACGTGGCA
SmilChr01G001036 Chr01 NC_080387.1:21547426-21547435promoter 内 12-21 bp + 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 21551415-21557729(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CAACGTGGCA
SmilChr02G002913 Chr02 NC_080388.1:49437611-49437620promoter 内 8-17 bp + 3984 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 49428195-49433627(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTAT
SmilChr03G000853 Chr03 NC_080389.1:9763205-9763214promoter 内 910-919 bp + 3082 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 9757011-9760123(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTCCACGTCT
SmilChr03G001429 Chr03 NC_080389.1:16953993-16954002promoter 内 3785-3794 bp + 207 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 16947341-16953786(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCA
SmilChr03G001315 Chr03 NC_080389.1:15427404-15427413promoter 内 3783-3792 bp - 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 15427622-15431093(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCA
SmilChr01G002408 Chr01 NC_080387.1:41549734-41549743promoter 内 3723-3732 bp + 269 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 41455579-41549465(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCA
SmilChr03G002605 Chr03 NC_080389.1:41438456-41438465promoter 内 3495-3504 bp + 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 41438962-41444298(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TAACGTGGCC
SmilChr03G004134 Chr03 NC_080389.1:60179532-60179541promoter 内 3372-3381 bp - 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 60180161-60183575(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTCCACGTCT
SmilChr01G000778 Chr01 NC_080387.1:16979980-16979989promoter 内 3230-3239 bp - 762 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 16980751-16982877(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTCCACGTCT
SmilChr03G002968 Chr03 NC_080389.1:46460350-46460359promoter 内 2922-2931 bp + 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 46461429-46465359(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGGCGTGGCA
SmilChr03G001488 Chr03 NC_080389.1:17951301-17951310promoter 内 2854-2863 bp + 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 17948018-17950163(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TACCACGTCG
SmilChr03G001427 Chr03 NC_080389.1:16904667-16904676promoter 内 2642-2651 bp - 1350 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 16906026-16907941(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GACCACGTCA
SmilChr02G005532 Chr02 NC_080388.1:75371384-75371393promoter 内 2545-2554 bp + 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 75367749-75369937(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTCCACGTCT
SmilChr03G002424 Chr03 NC_080389.1:38511640-38511649promoter 内 2481-2490 bp + 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 38506408-38510129(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTCCACGTCT
SmilChr03G001904 Chr03 NC_080389.1:26601955-26601964promoter 内 2169-2178 bp - 1823 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 26595830-26600132(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGTA
SmilChr02G000594 Chr02 NC_080388.1:8526337-8526346promoter 内 2150-2159 bp + 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 8523336-8524495(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTCCACGTCT
SmilChr04G000535 Chr04 NC_080390.1:5940803-5940812promoter 内 1663-1672 bp + 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 5943141-5955004(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGGTC
SmilChr03G002746 Chr03 NC_080389.1:43641167-43641176promoter 内 1632-1641 bp - 2360 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 43643536-43646067(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCA
SmilChr03G000202 Chr03 NC_080389.1:2299882-2299891promoter 内 1481-1490 bp - 2511 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 2296226-2297371(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGACGTGGAA
SmilChr03G002814 Chr03 NC_080389.1:44602126-44602135promoter 内 924-933 bp - 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 44605203-44609089(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TACCACGTCG
SmilChr03G000204 Chr03 NC_080389.1:2299882-2299891promoter 内 637-646 bp - 3355 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 2303246-2315523(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTCCACGTCT
SmilChr02G002492 Chr02 NC_080388.1:43363898-43363907promoter 内 482-491 bp - 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 43353388-43360388(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGGCGTGGCA
SmilChr02G004924 Chr02 NC_080388.1:71256540-71256549promoter 内 482-491 bp - 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 71252206-71253030(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGGCGTGGCA
SmilChr01G005424 Chr01 NC_080387.1:71427738-71427747promoter 内 446-455 bp - 3546 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 71419189-71424192(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGACGTGGAA
SmilChr03G001426 Chr03 NC_080389.1:16904667-16904676promoter 内 291-300 bp - 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 16900895-16900966(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGGTC
SmilChr04G000466 Chr04 NC_080390.1:4994846-4994855promoter 内 77-86 bp - 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 4998770-5000404(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTCCACGTCT
SmilChr01G001398 Chr01 NC_080387.1:27480658-27480667promoter 内 42-51 bp + 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 27475464-27476708(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GACCACGTCA
SmilChr01G002987 Chr01 NC_080387.1:48791035-48791044promoter 内 13-22 bp + 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 48795023-48814661(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGGTC
SmilChr01G003272 Chr01 NC_080387.1:51436162-51436171promoter 内 6-15 bp - 3986 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 51428178-51432176(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGACGTGGAA
SmilChr01G004064 Chr01 NC_080387.1:59057870-59057879promoter 内 3983-3992 bp - 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 59050577-59057861(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGACGTGGAA
SmilChr03G001182 Chr03 NC_080389.1:13574550-13574559promoter 内 3973-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 13574578-13577024(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGGTC
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SmilChr01G004823 Chr01 NC_080387.1:66405980-66405989promoter 内 3931-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 66406050-66412791(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGCCACGTTA
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SmilChr02G004608 Chr02 NC_080388.1:68580379-68580388promoter 内 3463-3472 bp - 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 68580917-68585265(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GACCACGTCA