转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G001978; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00026506-RA_Salv SmilChr07G001978 SBP XP_057776996.1 MP00555 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9805 个结合位点 7648 个候选靶基因 第 95 / 153 下载 TSV

上一页 95 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003527 Chr01 NC_080387.1:53910533-53910543promoter 内 3877-3887 bp - 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 53910657-53912621(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTACGTACAAT
SmilChr01G003471 Chr01 NC_080387.1:53251969-53251979promoter 内 3774-3784 bp - 217 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 53252196-53253778(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTACGTACAAT
SmilChr03G000481 Chr03 NC_080389.1:5122697-5122707promoter 内 3774-3784 bp - 217 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 5118033-5122480(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGAAT
SmilChr04G000393 Chr04 NC_080390.1:4010042-4010052promoter 内 3770-3780 bp + 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 4010273-4015739(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTAG
SmilChr02G003099 Chr02 NC_080388.1:51888970-51888980promoter 内 3732-3742 bp + 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 51889239-51889311(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AAAGTACGGAG
SmilChr01G005045 Chr01 NC_080387.1:68382274-68382284promoter 内 3729-3739 bp - 262 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 68382546-68386868(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACAGTACAAT
SmilChr04G002665 Chr04 NC_080390.1:42052265-42052275promoter 内 3701-3711 bp - 290 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 42052565-42058974(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTCCGTACTTT
SmilChr04G003994 Chr04 NC_080390.1:55329113-55329123promoter 内 3682-3692 bp + 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 55329432-55329831(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTAG
SmilChr05G002250 Chr05 NC_080391.1:24173980-24173990promoter 内 3665-3675 bp - 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 24171213-24173654(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGTT
SmilChr01G002282 Chr01 NC_080387.1:39609149-39609159promoter 内 3661-3671 bp - 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 39607158-39608819(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AAAGTACGGAG
SmilChr01G005536 Chr01 NC_080387.1:72204423-72204433promoter 内 3661-3671 bp + 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 72201162-72204093(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTCGTACAAG
SmilChr01G005519 Chr01 NC_080387.1:72013256-72013266promoter 内 3654-3664 bp + 337 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 72006554-72012919(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTCGTACAAG
SmilChr02G001007 Chr02 NC_080388.1:17754689-17754699promoter 内 3636-3646 bp + 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 17755054-17762670(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGTACGGGT
SmilChr04G002621 Chr04 NC_080390.1:41627089-41627099promoter 内 3621-3631 bp - 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 41627469-41633803(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTCCGTACTTT
SmilChr03G001615 Chr03 NC_080389.1:20539327-20539337promoter 内 3620-3630 bp - 371 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 20533969-20538956(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGTT
SmilChr05G000833 Chr05 NC_080391.1:6556278-6556288promoter 内 3587-3597 bp + 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 6556692-6557778(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTAG
SmilChr03G003199 Chr03 NC_080389.1:49534412-49534422promoter 内 3530-3540 bp + 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 49534883-49535998(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGTT
SmilChr01G001531 Chr01 NC_080387.1:29303910-29303920promoter 内 3462-3472 bp - 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 29304449-29306676(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACAGTACAAT
SmilChr01G004047 Chr01 NC_080387.1:58901775-58901785promoter 内 3433-3443 bp + 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 58902343-58908090(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AAAGTACGGAG
SmilChr02G003369 Chr02 NC_080388.1:54818859-54818869promoter 内 3411-3421 bp + 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54812407-54818279(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTACGTACAAT
SmilChr02G003718 Chr02 NC_080388.1:58802857-58802867promoter 内 3407-3417 bp - 584 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 58803451-58803524(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACAGTACAAT
SmilChr04G002005 Chr04 NC_080390.1:32485562-32485572promoter 内 3406-3416 bp + 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 32482842-32484977(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTACGTACAAT
SmilChr04G001864 Chr04 NC_080390.1:30391966-30391976promoter 内 3267-3277 bp - 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 30389043-30391242(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGAAT
SmilChr05G000619 Chr05 NC_080391.1:4678560-4678570promoter 内 3236-3246 bp - 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 4676178-4677805(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTAG
SmilChr04G000193 Chr04 NC_080390.1:1715663-1715673promoter 内 3055-3065 bp + 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1711053-1714727(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACAGTACAAT
SmilChr01G006091 Chr01 NC_080387.1:76396152-76396162promoter 内 3027-3037 bp + 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 76397126-76481394(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTAGTACGGAG
SmilChr01G005766 Chr01 NC_080387.1:73748316-73748326promoter 内 2905-2915 bp + 1086 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 73749412-73754693(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTAG
SmilChr05G001278 Chr05 NC_080391.1:10938733-10938743promoter 内 2903-2913 bp - 1088 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 10939831-10947231(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACAGTACAAT
SmilChr03G003313 Chr03 NC_080389.1:51372320-51372330promoter 内 2767-2777 bp - 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 51370311-51371096(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGTT
SmilChr01G003642 Chr01 NC_080387.1:54923028-54923038promoter 内 2741-2751 bp - 1250 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54919370-54921778(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AAAGTACGGAG
SmilChr01G001322 Chr01 NC_080387.1:26258243-26258253promoter 内 2708-2718 bp - 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 26259536-26262315(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTCCGTACTTT
SmilChr02G003799 Chr02 NC_080388.1:59622037-59622047promoter 内 2705-2715 bp + 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 59619165-59620751(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACAGTACAAT
SmilChr01G004070 Chr01 NC_080387.1:59112850-59112860promoter 内 2635-2645 bp + 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 59114216-59116540(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AAAGTACGGAG
SmilChr01G005826 Chr01 NC_080387.1:74261395-74261405promoter 内 2602-2612 bp + 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 74262794-74267868(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTAG
SmilChr04G004099 Chr04 NC_080390.1:55963104-55963114promoter 内 2581-2591 bp + 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 55964524-55966188(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTAG
SmilChr02G001321 Chr02 NC_080388.1:24550762-24550772promoter 内 2556-2566 bp - 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 24552207-24555159(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACAGTACAAT
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