转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002039; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014715-RA_Salv SmilChr01G002039 bHLH XP_057808459.1 MP00660 CCACGTGC

可能结合的靶基因

9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 96 / 134 下载 TSV

上一页 96 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G004383 Chr05 NC_080391.1:57322641-57322648promoter 内 133-140 bp - 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 57310871-57318780(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr02G003770 Chr02 NC_080388.1:59389239-59389246promoter 内 130-137 bp + 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 59393110-59398775(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr05G001656 Chr05 NC_080391.1:15652463-15652470promoter 内 127-134 bp + 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 15656337-15656442(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr01G000149 Chr01 NC_080387.1:2550960-2550967promoter 内 121-128 bp + 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 2554840-2563158(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr04G001582 Chr04 NC_080390.1:26306086-26306093promoter 内 117-124 bp - 3877 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 26301584-26302209(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr03G002307 Chr03 NC_080389.1:36319502-36319509promoter 内 116-123 bp + 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 36323387-36324470(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr01G004104 Chr01 NC_080387.1:59555973-59555980promoter 内 113-120 bp - 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 59542606-59552092(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr03G003736 Chr03 NC_080389.1:56390897-56390904promoter 内 103-110 bp - 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 56383169-56387006(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr02G001467 Chr02 NC_080388.1:27410912-27410919promoter 内 102-109 bp - 3892 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 27403928-27407020(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr02G004093 Chr02 NC_080388.1:63223772-63223779promoter 内 88-95 bp - 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 63216526-63219866(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr04G002199 Chr04 NC_080390.1:35603432-35603439promoter 内 87-94 bp + 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 35607346-35610055(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr03G002433 Chr03 NC_080389.1:38626643-38626650promoter 内 84-91 bp + 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 38630560-38633258(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr01G000809 Chr01 NC_080387.1:17478744-17478751promoter 内 83-90 bp - 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 17474079-17474833(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr02G001296 Chr02 NC_080388.1:23977208-23977215promoter 内 78-85 bp - 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 23972360-23973292(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr02G002106 Chr02 NC_080388.1:37756058-37756065promoter 内 76-83 bp + 3918 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 37759983-37770656(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr01G002617 Chr01 NC_080387.1:44458772-44458779promoter 内 75-82 bp - 3919 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 44448117-44454853(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr01G004889 Chr01 NC_080387.1:66937896-66937903promoter 内 72-79 bp + 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 66941825-66945978(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr01G002040 Chr01 NC_080387.1:36067269-36067276promoter 内 68-75 bp + 3926 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 36071202-36076483(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr03G000852 Chr03 NC_080389.1:9740073-9740080promoter 内 64-71 bp - 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 9733194-9736143(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr05G002245 Chr05 NC_080391.1:24126045-24126052promoter 内 64-71 bp - 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 24119845-24122115(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr04G001877 Chr04 NC_080390.1:30643832-30643839promoter 内 60-67 bp + 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 30647773-30649053(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr01G003490 Chr01 NC_080387.1:53450159-53450166promoter 内 53-60 bp + 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 53454107-53456184(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr04G000354 Chr04 NC_080390.1:3374743-3374750promoter 内 48-55 bp - 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 3367829-3370797(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr04G001831 Chr04 NC_080390.1:29855964-29855971promoter 内 48-55 bp + 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 29859917-29862172(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr01G000226 Chr01 NC_080387.1:4017339-4017346promoter 内 46-53 bp - 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 4010354-4013391(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr01G005291 Chr01 NC_080387.1:70227908-70227915promoter 内 28-35 bp + 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 70231881-70234315(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr02G003404 Chr02 NC_080388.1:55219253-55219260promoter 内 24-31 bp - 3970 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 55212150-55215283(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr02G000365 Chr02 NC_080388.1:4676463-4676470promoter 内 23-30 bp - 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 4667837-4672492(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr03G003544 Chr03 NC_080389.1:54086398-54086405promoter 内 21-28 bp - 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 54081136-54082425(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr02G000633 Chr02 NC_080388.1:9532340-9532347promoter 内 19-26 bp + 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 9536322-9536798(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr02G005124 Chr02 NC_080388.1:72714298-72714305promoter 内 8-15 bp - 3986 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 72706994-72710312(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr03G002644 Chr03 NC_080389.1:42067137-42067144promoter 内 1-8 bp - 3993 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 42061571-42063144(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr04G000025 Chr04 NC_080390.1:268887-268894promoter 内 3993-4000 bp + 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 264758-268886(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr02G003241 Chr02 NC_080388.1:53678822-53678829promoter 内 3992-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 53678831-53681910(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr02G003492 Chr02 NC_080388.1:56163076-56163083promoter 内 3991-3998 bp - 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 56163086-56165043(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr03G004291 Chr03 NC_080389.1:61319707-61319714promoter 内 3990-3997 bp + 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 61317423-61319703(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr04G003907 Chr04 NC_080390.1:54819745-54819752promoter 内 3990-3997 bp - 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 54819756-54824337(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
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