转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002757; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005037-RA_Salv SmilChr04G002757 MIKC_MADS XP_057807158.1 MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG

可能结合的靶基因

9889 个结合位点 7172 个候选靶基因 第 96 / 144 下载 TSV

上一页 96 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004383 Chr01 NC_080387.1:62008717-62008731promoter 内 2090-2104 bp - 1897 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 62010628-62013104(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGCATGC
SmilChr01G002286 Chr01 NC_080387.1:39669621-39669635promoter 内 2015-2029 bp - 1972 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 39664252-39667649(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCTATTTTTGG
SmilChr03G003214 Chr03 NC_080389.1:49750758-49750772promoter 内 1883-1897 bp + 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 49752876-49754132(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 AATTTCCTTATTGAG
SmilChr02G001946 Chr02 NC_080388.1:35084694-35084708promoter 内 1835-1849 bp + 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 35080855-35082542(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAGAAAGGAAAGT
SmilChr05G002601 Chr05 NC_080391.1:29220703-29220717promoter 内 1804-1818 bp + 2183 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 29222900-29223946(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTATTTGT
SmilChr05G003339 Chr05 NC_080391.1:43836819-43836833promoter 内 1786-1800 bp + 2201 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 43839034-43842514(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 AGTTACCTTTTTGGT
SmilChr03G004587 Chr03 NC_080389.1:63718359-63718373promoter 内 1726-1740 bp - 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 63714468-63716098(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATTTTCCTTAATTGG
SmilChr03G004656 Chr03 NC_080389.1:64060121-64060135promoter 内 1694-1708 bp + 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 64062428-64063687(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATTGTCCTTTTTAGG
SmilChr03G003870 Chr03 NC_080389.1:57799889-57799903promoter 内 1664-1678 bp - 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 57802226-57804769(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGCATGC
SmilChr03G002216 Chr03 NC_080389.1:34907816-34907830promoter 内 1648-1662 bp - 2339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 34910169-34913099(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACAAAAAAGGTAAGA
SmilChr01G001975 Chr01 NC_080387.1:35165010-35165024promoter 内 1634-1648 bp - 2353 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 35160349-35162657(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTCTTGG
SmilChr06G000399 Chr06 NC_080392.1:3209470-3209484promoter 内 1537-1551 bp - 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3204180-3207020(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCTATTTTTGG
SmilChr03G004240 Chr03 NC_080389.1:60934979-60934993promoter 内 1288-1302 bp + 2699 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 60928567-60932280(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTGGAAAAGGAAAGT
SmilChr01G004776 Chr01 NC_080387.1:65941229-65941243promoter 内 1271-1285 bp + 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 65943959-65944705(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GCATGCCTTTTTTGG
SmilChr04G002596 Chr04 NC_080390.1:41387583-41387597promoter 内 1250-1264 bp - 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 41390334-41391570(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCCAAAAGGAAATC
SmilChr01G000612 Chr01 NC_080387.1:13518665-13518679promoter 内 1211-1225 bp + 2776 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 13514420-13515889(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAGAAAGGAAAGT
SmilChr01G004926 Chr01 NC_080387.1:67338398-67338412promoter 内 1169-1183 bp + 2818 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 67332558-67335580(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAACA
SmilChr04G002290 Chr04 NC_080390.1:37188429-37188443promoter 内 1061-1075 bp + 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 37184289-37185503(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAACA
SmilChr04G000653 Chr04 NC_080390.1:7375943-7375957promoter 内 1048-1062 bp + 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 7378896-7382441(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCACTTTGAG
SmilChr01G001463 Chr01 NC_080387.1:28432017-28432031promoter 内 966-980 bp + 3021 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 28435052-28435123(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTCTTCCATTTTTGG
SmilChr02G000360 Chr02 NC_080388.1:4640420-4640434promoter 内 948-962 bp - 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4643473-4647673(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTCGAAAAGGAAAAT
SmilChr02G003967 Chr02 NC_080388.1:61800882-61800896promoter 内 881-895 bp + 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 61804002-61804074(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTATTTGT
SmilChr06G000018 Chr06 NC_080392.1:256451-256465promoter 内 735-749 bp - 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 250254-253199(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCTATTTTTGG
SmilChr04G001276 Chr04 NC_080390.1:20288333-20288347promoter 内 639-653 bp - 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 20291695-20292501(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAGAGAAAAG
SmilChr02G003298 Chr02 NC_080388.1:54253870-54253884promoter 内 631-645 bp + 3356 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 54248813-54250514(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACCAAAGAGGAAAGT
SmilChr02G003293 Chr02 NC_080388.1:54216300-54216314promoter 内 622-636 bp - 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 54206696-54212935(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTCTTTGGT
SmilChr03G001681 Chr03 NC_080389.1:22158561-22158575promoter 内 599-613 bp - 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 22161963-22169280(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCACAAAAGGAAACG
SmilChr06G000995 Chr06 NC_080392.1:9825901-9825915promoter 内 586-600 bp + 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9821263-9822500(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGCATGC
SmilChr04G000172 Chr04 NC_080390.1:1545096-1545110promoter 内 467-481 bp + 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1539963-1541576(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAACA
SmilChr01G003740 Chr01 NC_080387.1:55720655-55720669promoter 内 385-399 bp + 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 55715353-55717053(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTGGAAAAGGAAAGT
SmilChr02G003965 Chr02 NC_080388.1:61800882-61800896promoter 内 322-336 bp + 3665 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 61796813-61797217(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACAAATAAGGAAAGA
SmilChr01G000201 Chr01 NC_080387.1:3463212-3463226promoter 内 270-284 bp + 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3466943-3469274(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GCATGCCTTTTTTGG
SmilChr05G003948 Chr05 NC_080391.1:53239065-53239079promoter 内 186-200 bp - 3801 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 53232960-53235264(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATCTTCCTTTTTAGG
SmilChr01G002912 Chr01 NC_080387.1:47849000-47849014promoter 内 30-44 bp - 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 47841294-47845043(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCCTTTTTCAG
SmilChr03G004456 Chr03 NC_080389.1:62659301-62659315promoter 内 2369-2383 bp + 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 62660933-62664423(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CGTTTCTTTTTTTGG
SmilChr03G004454 Chr03 NC_080389.1:62659301-62659315promoter 内 238-252 bp + 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 62654128-62655552(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAAGAAACG
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