转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 97 / 167 下载 TSV

上一页 97 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003178 Chr02 NC_080388.1:52936717-52936737promoter 内 3475-3495 bp + 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 52937243-52940759(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAGGTTTGGATATAGATGTT
SmilChr04G003187 Chr04 NC_080390.1:48573020-48573040promoter 内 3427-3447 bp + 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 48573594-48576812(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATAGTATTGGATAATATTGTA
SmilChr07G004322 Chr07 NC_080393.1:55766301-55766321promoter 内 3411-3431 bp + 570 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 55766891-55770998(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAACAATAGGATAAGATCGGA
SmilChr01G005053 Chr01 NC_080387.1:68470763-68470783promoter 内 3396-3416 bp - 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 68471368-68474383(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATACTCTTTATCCAATCTTGA
SmilChr03G002538 Chr03 NC_080389.1:40532773-40532793promoter 内 3319-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 40533455-40533874(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGGAGTCAAGATAAGGAAGTT
SmilChr07G004094 Chr07 NC_080393.1:52479107-52479127promoter 内 3311-3331 bp + 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 52474809-52478437(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGCCACCTTATCATGTCCCTT
SmilChr01G005107 Chr01 NC_080387.1:68858161-68858181promoter 内 3303-3323 bp - 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 68855458-68857483(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAGCAGCAGATAAGGATTCA
SmilChr03G002272 Chr03 NC_080389.1:35865734-35865754promoter 内 3299-3319 bp + 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 35866436-35868613(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTGGAAAGGATAAGGTGTAT
SmilChr03G003379 Chr03 NC_080389.1:52130592-52130612promoter 内 3282-3302 bp + 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 52131311-52133848(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAATATGGATAAACTAAGA
SmilChr02G005222 Chr02 NC_080388.1:73431971-73431991promoter 内 3275-3295 bp - 706 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 73432697-73435402(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGTTTGTTTATCCATATTTTT
SmilChr07G000825 Chr07 NC_080393.1:5822413-5822433promoter 内 3265-3285 bp - 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 5817557-5821697(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAATGAGTGGATAAAAATTGT
SmilChr07G004364 Chr07 NC_080393.1:56185050-56185070promoter 内 3183-3203 bp + 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 56185868-56188598(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GACATCATGGATAAGAAGAAA
SmilChr03G001127 Chr03 NC_080389.1:13027377-13027397promoter 内 3172-3192 bp - 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 13024837-13026568(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGGAAATTGGAGAAGAATTAG
SmilChr04G003328 Chr04 NC_080390.1:50003872-50003892promoter 内 3165-3185 bp - 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 50001144-50003056(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAATAATTGGATAAGTTGCTA
SmilChr05G002713 Chr05 NC_080391.1:31251504-31251524promoter 内 3129-3149 bp + 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 31249526-31250652(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTTTTGTTATCCATTATTTT
SmilChr07G002890 Chr07 NC_080393.1:29219840-29219860promoter 内 3116-3136 bp + 865 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 29214952-29218975(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGGATTTTTATCCAATCCACA
SmilChr08G000335 Chr08 NC_080394.1:2350750-2350770promoter 内 3091-3111 bp + 890 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2348034-2349860(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTTTTATTATCCACATTTAC
SmilChr04G002902 Chr04 NC_080390.1:45297655-45297675promoter 内 3068-3088 bp - 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 45295783-45296742(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAAAAATGATAAGGATATT
SmilChr04G003233 Chr04 NC_080390.1:49153841-49153861promoter 内 3047-3067 bp - 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 49151594-49152907(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAATAATTGGATAAGTTGCTA
SmilChr03G000009 Chr03 NC_080389.1:98137-98157promoter 内 3030-3050 bp - 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 99108-101875(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACATCTTTATCCATAAAATA
SmilChr05G000015 Chr05 NC_080391.1:68869-68889promoter 内 2974-2994 bp + 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 64443-67862(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTATGTTATCCACTTCTTT
SmilChr08G000461 Chr08 NC_080394.1:3302276-3302296promoter 内 2941-2961 bp - 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 3303336-3305546(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGTAATTTTATCCATTATATT
SmilChr04G000648 Chr04 NC_080390.1:7314209-7314229promoter 内 2929-2949 bp + 1052 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 7309589-7313157(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCAAACATTATCCAATAATTG
SmilChr02G000275 Chr02 NC_080388.1:3524965-3524985promoter 内 2922-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 3519795-3523906(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTTTCTTATCCATAAAGTA
SmilChr05G001873 Chr05 NC_080391.1:18910566-18910586promoter 内 2879-2899 bp + 1102 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 18911688-18916452(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATAAATATGGATAATTATCAT
SmilChr08G000566 Chr08 NC_080394.1:4101420-4101440promoter 内 2762-2782 bp + 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 4102659-4102869(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGAAAAGAGGATAAGGTAATT
SmilChr07G001322 Chr07 NC_080393.1:10163853-10163873promoter 内 2730-2750 bp - 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 10160886-10162602(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCAATTGTGGATAAATTAAGG
SmilChr07G001723 Chr07 NC_080393.1:14682918-14682938promoter 内 2625-2645 bp + 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 14677835-14681562(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACGTACCTTATCTTCTTATTC
SmilChr01G000793 Chr01 NC_080387.1:17223712-17223732promoter 内 2622-2642 bp + 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 17214513-17222353(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAATACTTATCCTGATCTAT
SmilChr05G002848 Chr05 NC_080391.1:33952556-33952576promoter 内 2618-2638 bp + 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 33953939-33967574(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACAGAAATGATAAGGTCAGG
SmilChr01G004218 Chr01 NC_080387.1:60570544-60570564promoter 内 2593-2613 bp + 1388 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 60571952-60575509(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAATTATTGGATAAGAATTTA
SmilChr04G002903 Chr04 NC_080390.1:45297655-45297675promoter 内 2527-2547 bp - 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 45299129-45302584(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATATCCTTATCATTTTTATT
SmilChr02G004718 Chr02 NC_080388.1:69445514-69445534promoter 内 2524-2544 bp + 1457 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 69443605-69444057(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTTATTTTATCCAATCCATC
SmilChr02G002197 Chr02 NC_080388.1:39208968-39208988promoter 内 2425-2445 bp - 1556 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 39210544-39212004(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATAGCATTATCCAGAAATTC
SmilChr02G002196 Chr02 NC_080388.1:39195360-39195380promoter 内 2423-2443 bp - 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 39196938-39198398(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATAGCATTATCCAGAAATTC
SmilChr08G002003 Chr08 NC_080394.1:17814578-17814598promoter 内 2381-2401 bp + 1600 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 17811659-17812978(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGCTTATTTATCCATTACCTC
SmilChr03G000255 Chr03 NC_080389.1:3003086-3003106promoter 内 2376-2396 bp - 1605 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2998412-3001481(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTAATTTGGATAAGGTAACA
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SmilChr06G000933 Chr06 NC_080392.1:8860995-8861015promoter 内 2358-2378 bp - 1623 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 8855261-8859372(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GCAAGATTGGATAAACACACA
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SmilChr03G001329 Chr03 NC_080389.1:15548117-15548137promoter 内 2175-2195 bp - 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 15541355-15546311(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGGGATTGGATATGGTTCCT
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SmilChr03G000256 Chr03 NC_080389.1:3003086-3003106promoter 内 2093-2113 bp - 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 3004994-3009642(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTTACCTTATCCAAATTAAT
SmilChr06G003247 Chr06 NC_080392.1:45151788-45151808promoter 内 2074-2094 bp + 1907 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 45153715-45158845(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAAAAGTTGATAAGGCCGAG