转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 97 / 136 下载 TSV

上一页 97 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003512 Chr03 NC_080389.1:53728767-53728777promoter 内 2743-2753 bp + 1248 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 53721573-53727519(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACGCTGAGGA
SmilChr03G002955 Chr03 NC_080389.1:46303014-46303024promoter 内 2722-2732 bp - 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 46304293-46307288(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCG
SmilChr04G003322 Chr04 NC_080390.1:49964304-49964314promoter 内 2699-2709 bp + 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 49958649-49963012(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGTGCTGAGCG
SmilChr02G001773 Chr02 NC_080388.1:32489681-32489691promoter 内 2632-2642 bp + 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 32484108-32488322(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACGCTGAGGA
SmilChr08G003598 Chr08 NC_080394.1:38988296-38988306promoter 内 2631-2641 bp - 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 38989666-38993663(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAACA
SmilChr05G003289 Chr05 NC_080391.1:42988160-42988170promoter 内 2616-2626 bp + 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 42989545-42990704(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCGTCAGCGCC
SmilChr03G004738 Chr03 NC_080389.1:64498583-64498593promoter 内 2602-2612 bp - 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 64499982-64503334(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAACG
SmilChr05G000269 Chr05 NC_080391.1:2082433-2082443promoter 内 2571-2581 bp - 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 2057143-2081013(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCGTCAGCGCC
SmilChr01G000205 Chr01 NC_080387.1:3553979-3553989promoter 内 2568-2578 bp - 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 3546780-3552556(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCAGCGTT
SmilChr02G000256 Chr02 NC_080388.1:3288419-3288429promoter 内 2382-2392 bp + 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 3290038-3292845(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCCTC
SmilChr03G001490 Chr03 NC_080389.1:17954210-17954220promoter 内 2369-2379 bp + 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 17955842-17956975(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCGTCAGCGCC
SmilChr02G005403 Chr02 NC_080388.1:74572141-74572151promoter 内 2364-2374 bp - 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 74573778-74575362(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCTGCTGAGCA
SmilChr05G003148 Chr05 NC_080391.1:40229393-40229403promoter 内 2359-2369 bp - 1632 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 40226629-40227761(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCAGG
SmilChr01G003558 Chr01 NC_080387.1:54194408-54194418promoter 内 2354-2364 bp + 1637 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 54196055-54198940(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCAGG
SmilChr05G001666 Chr05 NC_080391.1:15792235-15792245promoter 内 2282-2292 bp - 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 15789540-15790526(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTTCAGCGCC
SmilChr04G001178 Chr04 NC_080390.1:17839782-17839792promoter 内 2246-2256 bp + 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 17836516-17838037(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGTGTG
SmilChr08G000752 Chr08 NC_080394.1:5545421-5545431promoter 内 2218-2228 bp + 1773 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 5547204-5550878(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACACAGCGCG
SmilChr02G002206 Chr02 NC_080388.1:39298694-39298704promoter 内 2211-2221 bp + 1780 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 39296842-39296914(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGTGCTGAGCG
SmilChr04G004094 Chr04 NC_080390.1:55935726-55935736promoter 内 2158-2168 bp - 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 55930171-55933893(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATTCAGCGCG
SmilChr07G003189 Chr07 NC_080393.1:33956678-33956688promoter 内 2121-2131 bp + 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 33953404-33954808(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAACA
SmilChr07G000717 Chr07 NC_080393.1:4984967-4984977promoter 内 2102-2112 bp + 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 4986866-4990424(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCGTCAGCGCC
SmilChr03G001226 Chr03 NC_080389.1:14147019-14147029promoter 内 2100-2110 bp + 1891 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 14148920-14152203(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTTCAGCGCC
SmilChr05G002826 Chr05 NC_080391.1:33528001-33528011promoter 内 2092-2102 bp - 1899 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 33524746-33526102(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCACT
SmilChr02G002205 Chr02 NC_080388.1:39298694-39298704promoter 内 2074-2084 bp + 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 39292843-39296777(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGTGCTGAGCG
SmilChr05G002020 Chr05 NC_080391.1:20935856-20935866promoter 内 2055-2065 bp - 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 20937802-20940939(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCTGCTGAGCA
SmilChr08G003276 Chr08 NC_080394.1:33872925-33872935promoter 内 2018-2028 bp - 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 33867680-33870952(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTTCAGCGCC
SmilChr06G000987 Chr06 NC_080392.1:9654931-9654941promoter 内 1983-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 9656949-9659585(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGCCG
SmilChr03G003184 Chr03 NC_080389.1:49296665-49296675promoter 内 1915-1925 bp + 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 49291943-49294589(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAACA
SmilChr01G000455 Chr01 NC_080387.1:9257830-9257840promoter 内 1835-1845 bp - 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 9247288-9255674(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACACAGCGCG
SmilChr01G000069 Chr01 NC_080387.1:1190894-1190904promoter 内 1820-1830 bp + 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1193075-1195895(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCACT
SmilChr02G000742 Chr02 NC_080388.1:11996261-11996271promoter 内 1790-1800 bp - 2201 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 11998472-11998578(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAACA
SmilChr04G001291 Chr04 NC_080390.1:20571927-20571937promoter 内 1775-1785 bp - 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 20574153-20576371(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACGCTGAGGA
SmilChr03G002959 Chr03 NC_080389.1:46358690-46358700promoter 内 1728-1738 bp - 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 46354258-46356427(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCAGG
SmilChr01G004211 Chr01 NC_080387.1:60547932-60547942promoter 内 1701-1711 bp - 2290 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 60544261-60545642(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCCTC
SmilChr05G003150 Chr05 NC_080391.1:40229393-40229403promoter 内 1594-1604 bp - 2397 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 40231800-40236246(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCTGCTGAGCA
SmilChr01G002527 Chr01 NC_080387.1:43286047-43286057promoter 内 1592-1602 bp + 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 43278640-43283648(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCG
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SmilChr08G000697 Chr08 NC_080394.1:5178665-5178675promoter 内 1273-1283 bp + 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 5175327-5175947(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCG
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