转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 98 / 152 下载 TSV

上一页 98 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003717 Chr04 NC_080390.1:53476115-53476133promoter 内 2403-2421 bp - 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53477713-53481957(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAAAGGTAGTTGAATGTA
SmilChr01G000814 Chr01 NC_080387.1:17596782-17596800promoter 内 2398-2416 bp - 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 17594313-17595197(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGAGTCAACCACCAGAGC
SmilChr02G001120 Chr02 NC_080388.1:20208348-20208366promoter 内 2377-2395 bp - 1606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20204191-20206742(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAGCCCAACCACAGAAGC
SmilChr03G002019 Chr03 NC_080389.1:30225751-30225769promoter 内 2377-2395 bp - 1606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 30221594-30224145(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAGCCCAACCACAGAAGC
SmilChr04G003336 Chr04 NC_080390.1:50039648-50039666promoter 内 2314-2332 bp - 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50034402-50037979(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACAACCTTTTC
SmilChr02G002676 Chr02 NC_080388.1:46343901-46343919promoter 内 2291-2309 bp + 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 46345611-46348957(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCTTATCAACCACTGCTTC
SmilChr03G001522 Chr03 NC_080389.1:18660273-18660291promoter 内 2289-2307 bp + 1694 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 18657009-18658579(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCAGGGGTGGTTGTTGAAG
SmilChr02G004303 Chr02 NC_080388.1:65417952-65417970promoter 内 2256-2274 bp - 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 65419697-65421066(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATAATGTGGTTGGGTGGC
SmilChr03G001378 Chr03 NC_080389.1:16309789-16309807promoter 内 2239-2257 bp - 1744 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 16307235-16308045(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAGCTACAACCACTTATTT
SmilChr04G001041 Chr04 NC_080390.1:14826193-14826211promoter 内 2235-2253 bp - 1748 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 14821370-14824445(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATTTCCAACCACCGGGAA
SmilChr02G004231 Chr02 NC_080388.1:64504230-64504248promoter 内 2205-2223 bp + 1778 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 64501118-64502452(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCATAGTGGTTGAGTAAG
SmilChr01G001175 Chr01 NC_080387.1:23811828-23811846promoter 内 2201-2219 bp - 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 23813628-23815370(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGAGTGGTTGTCGCGG
SmilChr03G003205 Chr03 NC_080389.1:49593723-49593741promoter 内 2196-2214 bp + 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49589777-49591936(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAGATGTGGTTGTGAATT
SmilChr04G003355 Chr04 NC_080390.1:50161546-50161564promoter 内 2181-2199 bp - 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50156991-50159744(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGAGCTCAACCACAACTTT
SmilChr03G004233 Chr03 NC_080389.1:60860167-60860185promoter 内 2114-2132 bp + 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60855138-60858298(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGATAGTGGTTGATATTA
SmilChr05G000431 Chr05 NC_080391.1:3247634-3247652promoter 内 2096-2114 bp + 1887 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3243931-3245747(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATAATTGGTTGGGAAAA
SmilChr02G004702 Chr02 NC_080388.1:69328059-69328077promoter 内 2090-2108 bp - 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 69329970-69333125(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGAATTGTGGTTGGCCAAG
SmilChr01G003196 Chr01 NC_080387.1:50732047-50732065promoter 内 2071-2089 bp + 1912 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50723368-50730135(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GACTTATTGGTTGGAGGAG
SmilChr02G002706 Chr02 NC_080388.1:46913073-46913091promoter 内 2068-2086 bp + 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 46906815-46911158(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAGATGTGGTTGTGAATT
SmilChr03G000977 Chr03 NC_080389.1:11054625-11054643promoter 内 2060-2078 bp + 1923 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 11050404-11052702(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTTGGGTGGTTGAATATC
SmilChr02G005489 Chr02 NC_080388.1:75072028-75072046promoter 内 2047-2065 bp - 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 75065089-75070092(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTTCCCAACCACAAATAA
SmilChr01G002071 Chr01 NC_080387.1:36579997-36580015promoter 内 2029-2047 bp - 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 36581969-36584586(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAATGTGGTTGCCGATC
SmilChr04G003662 Chr04 NC_080390.1:53084618-53084636promoter 内 2024-2042 bp + 1959 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53086595-53086666(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCAAACCAACCACCCTCTG
SmilChr04G000872 Chr04 NC_080390.1:11027047-11027065promoter 内 1994-2012 bp - 1989 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 11029054-11030131(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAAGGTGGTGGCGGAGG
SmilChr03G003873 Chr03 NC_080389.1:57841525-57841543promoter 内 1973-1991 bp - 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57838942-57839515(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATTTCAACCACTCATTT
SmilChr03G003217 Chr03 NC_080389.1:49801548-49801566promoter 内 1912-1930 bp + 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49803637-49810617(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCAACCAACCACCACATT
SmilChr01G005456 Chr01 NC_080387.1:71596281-71596299promoter 内 1841-1859 bp + 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 71598441-71600735(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTTCACAACCACCCTAAT
SmilChr02G004356 Chr02 NC_080388.1:65850034-65850052promoter 内 1837-1855 bp - 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 65852198-65853308(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTTTGGTGGTTGAGTGGT
SmilChr03G000298 Chr03 NC_080389.1:3412937-3412955promoter 内 1780-1798 bp - 2203 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3409304-3410734(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACACACAACCACTTTATT
SmilChr01G005466 Chr01 NC_080387.1:71652515-71652533promoter 内 1724-1742 bp - 2259 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 71654792-71658420(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGAATGTGGTTGAATAAA
SmilChr05G001771 Chr05 NC_080391.1:17405775-17405793promoter 内 1721-1739 bp + 2262 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 17408055-17411873(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGCAACAACCACTTCAAT
SmilChr04G003054 Chr04 NC_080390.1:47108886-47108904promoter 内 1678-1696 bp + 2305 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 47102009-47106581(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATGAGTGGTTGAAATTG
SmilChr05G001168 Chr05 NC_080391.1:9800330-9800348promoter 内 1672-1690 bp - 2311 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9796933-9798019(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTTTCCAACCAACATAAA
SmilChr02G001157 Chr02 NC_080388.1:21110033-21110051promoter 内 1662-1680 bp - 2321 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21112372-21115555(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGGCGGCGGTTGGAAAGT
SmilChr05G002281 Chr05 NC_080391.1:24540642-24540660promoter 内 1652-1670 bp - 2331 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 24536172-24538311(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACACTCAACCACACACAC
SmilChr02G002864 Chr02 NC_080388.1:48805720-48805738promoter 内 1643-1661 bp + 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 48808078-48808711(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATTTCAACCACTCATTT
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