靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr02G001791; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00007112-RA_Salv |
SmilChr02G001791 |
TCP | XP_057795933.1 |
MP00062 |
GGGACCAC |
7249 个结合位点 6454 个候选靶基因 第 98 / 130 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr06G002217 |
Chr06 | NC_080392.1:31019878-31019885promoter 内 1548-1555 bp |
+ | 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 31013419-31017432(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr02G005009 |
Chr02 | NC_080388.1:71901892-71901899promoter 内 1547-1554 bp |
+ | 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 71896415-71899445(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCA |
SmilChr06G001250 |
Chr06 | NC_080392.1:13003452-13003459promoter 内 1547-1554 bp |
- | 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 12999972-13001005(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr01G002233 |
Chr01 | NC_080387.1:38810744-38810751promoter 内 1544-1551 bp |
+ | 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 38807842-38808294(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr08G004077 |
Chr08 | NC_080394.1:49390884-49390891promoter 内 1544-1551 bp |
+ | 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 49393341-49395215(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr02G003281 |
Chr02 | NC_080388.1:54117191-54117198promoter 内 1543-1550 bp |
+ | 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 54119649-54123277(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr04G003545 |
Chr04 | NC_080390.1:51804014-51804021promoter 内 1543-1550 bp |
+ | 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 51806472-51810664(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr05G002668 |
Chr05 | NC_080391.1:30167826-30167833promoter 内 1543-1550 bp |
+ | 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 30170284-30172952(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr01G003468 |
Chr01 | NC_080387.1:53231036-53231043promoter 内 1542-1549 bp |
+ | 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 53233495-53234247(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr02G004278 |
Chr02 | NC_080388.1:64973803-64973810promoter 内 1541-1548 bp |
+ | 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 64976263-64976652(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr08G003942 |
Chr08 | NC_080394.1:47174420-47174427promoter 内 1541-1548 bp |
+ | 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 47168078-47171967(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCA |
SmilChr02G000591 |
Chr02 | NC_080388.1:8463394-8463401promoter 内 1540-1547 bp |
+ | 2454 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 8465855-8466898(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr02G004762 |
Chr02 | NC_080388.1:69798271-69798278promoter 内 1540-1547 bp |
+ | 2454 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 69800732-69803068(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr05G001632 |
Chr05 | NC_080391.1:15251279-15251286promoter 内 1540-1547 bp |
- | 2454 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 15253740-15258311(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCA |
SmilChr01G005109 |
Chr01 | NC_080387.1:68887049-68887056promoter 内 1539-1546 bp |
- | 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 68889511-68891477(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCA |
SmilChr08G002565 |
Chr08 | NC_080394.1:24996680-24996687promoter 内 1539-1546 bp |
- | 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 24991426-24994225(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr01G002462 |
Chr01 | NC_080387.1:42296263-42296270promoter 内 1537-1544 bp |
+ | 2457 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 42298727-42301733(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr07G000514 |
Chr07 | NC_080393.1:3607774-3607781promoter 内 1536-1543 bp |
+ | 2458 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 3610239-3612450(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr07G002167 |
Chr07 | NC_080393.1:19846919-19846926promoter 内 1536-1543 bp |
- | 2458 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 19842915-19844461(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr08G002646 |
Chr08 | NC_080394.1:25933115-25933122promoter 内 1536-1543 bp |
+ | 2458 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 25935580-25936688(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr01G006019 |
Chr01 | NC_080387.1:75778376-75778383promoter 内 1535-1542 bp |
+ | 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 75780842-75781189(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr03G003335 |
Chr03 | NC_080389.1:51621008-51621015promoter 内 1535-1542 bp |
+ | 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 51614051-51618549(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCA |
SmilChr05G002015 |
Chr05 | NC_080391.1:20897662-20897669promoter 内 1534-1541 bp |
+ | 2460 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 20900129-20900494(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr02G001830 |
Chr02 | NC_080388.1:33318489-33318496promoter 内 1532-1539 bp |
+ | 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 33311729-33316027(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr03G001146 |
Chr03 | NC_080389.1:13213907-13213914promoter 内 1531-1538 bp |
- | 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 13208625-13211444(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr06G002132 |
Chr06 | NC_080392.1:28706744-28706751promoter 内 1531-1538 bp |
- | 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 28701691-28704281(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr01G000223 |
Chr01 | NC_080387.1:3958219-3958226promoter 内 1529-1536 bp |
+ | 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 3953812-3955754(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr03G002791 |
Chr03 | NC_080389.1:44411069-44411076promoter 内 1529-1536 bp |
- | 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 44406262-44408604(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr04G002059 |
Chr04 | NC_080390.1:33336425-33336432promoter 内 1529-1536 bp |
- | 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 33338897-33344546(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr08G003369 |
Chr08 | NC_080394.1:35308079-35308086promoter 内 1529-1536 bp |
- | 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 35304985-35305614(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr01G000360 |
Chr01 | NC_080387.1:7428248-7428255promoter 内 1528-1535 bp |
+ | 2466 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 7425677-7425782(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr01G004595 |
Chr01 | NC_080387.1:63937204-63937211promoter 内 1528-1535 bp |
- | 2466 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 63932171-63934738(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr04G001021 |
Chr04 | NC_080390.1:14302828-14302835promoter 内 1527-1534 bp |
- | 2467 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 14305302-14306364(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr04G002432 |
Chr04 | NC_080390.1:38964308-38964315promoter 内 1527-1534 bp |
+ | 2467 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 38966782-38968770(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr02G005085 |
Chr02 | NC_080388.1:72478452-72478459promoter 内 1526-1533 bp |
- | 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 72474431-72475984(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr03G000286 |
Chr03 | NC_080389.1:3261329-3261336promoter 内 1526-1533 bp |
- | 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 3256730-3258861(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr08G002261 |
Chr08 | NC_080394.1:20873679-20873686promoter 内 1526-1533 bp |
- | 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 20876154-20877303(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr02G005156 |
Chr02 | NC_080388.1:72925733-72925740promoter 内 1524-1531 bp |
+ | 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 72920166-72923263(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCA |
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Chr06 | NC_080392.1:26009357-26009364promoter 内 1523-1530 bp |
+ | 2471 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 26006024-26006886(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr04G003507 |
Chr04 | NC_080390.1:51455265-51455272promoter 内 1521-1528 bp |
+ | 2473 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 51452705-51452792(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCA |
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- | 2474 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 49130916-49131502(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
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Chr08 | NC_080394.1:9796361-9796368promoter 内 1519-1526 bp |
- | 2475 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 9798843-9800981(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
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- | 2478 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 7249144-7252026(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCA |
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- | 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 66353008-66353603(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
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- | 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 38912981-38915528(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
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SMil_00007112-RA_Salv |
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AGGACCAC |
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- | 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 848625-850513(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
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+ | 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 14127820-14127891(-) |
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+ | 2485 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 74566804-74569571(+) |
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MP00062 |
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