转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004708; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00017834-RA_Salv SmilChr01G004708 WRKY XP_057787833.1 MP00251 AACGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9713 个结合位点 6140 个候选靶基因 第 1 / 123 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001805 Chr01 NC_080387.1:32973272-32973286promoter 内 218-232 bp + 3769 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 32977055-32979274(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCCGTTGACTTTCCC
SmilChr01G001065 Chr01 NC_080387.1:22009496-22009510promoter 内 2037-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 5 22002683-22007546(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACCGTTGACTTTTCC
SmilChr01G000971 Chr01 NC_080387.1:20582250-20582264promoter 内 2762-2776 bp + 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 4 20571972-20581025(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGAAAAGTCAACGGT
SmilChr02G000738 Chr02 NC_080388.1:11955755-11955769promoter 内 3931-3945 bp - 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 11952330-11955699(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTCGTTGACTTTGCC
SmilChr01G005847 Chr01 NC_080387.1:74436929-74436943promoter 内 2507-2521 bp - 1480 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 74432516-74435449(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGCGTTGACTTTTTT
SmilChr01G003452 Chr01 NC_080387.1:53090769-53090783promoter 内 500-514 bp - 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 3 53086481-53087282(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCCGTTGACTTTTCA
SmilChr02G001749 Chr02 NC_080388.1:32106557-32106571promoter 内 1474-1488 bp + 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 5 32109084-32110010(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GACGTTGACTTTTTG
SmilChr01G002996 Chr01 NC_080387.1:48915175-48915189promoter 内 2837-2851 bp - 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 48916339-48918397(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GACCAAGTCAACGCC
SmilChr02G004276 Chr02 NC_080388.1:64957671-64957685promoter 内 2757-2771 bp + 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 64954210-64956441(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAAAAAGTCAACGCG
SmilChr02G003714 Chr02 NC_080388.1:58747087-58747101promoter 内 343-357 bp - 3644 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 3 58741135-58743443(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATCGTTGACTTTTTC
SmilChr02G001687 Chr02 NC_080388.1:31114620-31114634promoter 内 247-261 bp - 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 31109680-31110880(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGCGTTGACTTTTTG
SmilChr02G001688 Chr02 NC_080388.1:31114620-31114634promoter 内 1508-1522 bp - 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 31111086-31112141(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGCGTTGACTTTTTG
SmilChr01G003216 Chr01 NC_080387.1:50947237-50947251promoter 内 3354-3368 bp + 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 50942992-50946604(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AACAAAGTCAACGAC
SmilChr01G004229 Chr01 NC_080387.1:60671424-60671438promoter 内 1919-1933 bp - 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 60673506-60674711(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAGCAAGTCAACGGC
SmilChr01G005346 Chr01 NC_080387.1:70700393-70700407promoter 内 2336-2350 bp - 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 12 70702058-70714857(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCCAAAGTCAACGCT
SmilChr01G002278 Chr01 NC_080387.1:39545639-39545653promoter 内 1716-1730 bp - 2271 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 39547924-39548787(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CACAAGGTCAACGGC
SmilChr01G005661 Chr01 NC_080387.1:72944710-72944724promoter 内 1383-1397 bp - 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 72947328-72949283(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAGCAAGTCAACGCC
SmilChr02G000642 Chr02 NC_080388.1:9707432-9707446promoter 内 853-867 bp + 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 6 9710580-9716954(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GACGTTGACTTTTGT
SmilChr02G001391 Chr02 NC_080388.1:26405673-26405687promoter 内 3934-3948 bp + 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 26402064-26405620(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGAAAAGTCAAGGTC
SmilChr02G001365 Chr02 NC_080388.1:25721583-25721597promoter 内 2384-2398 bp + 1603 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 25723200-25723790(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGCTTTGACTTTGTC
SmilChr02G001418 Chr02 NC_080388.1:26808066-26808080promoter 内 2303-2317 bp - 1684 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 26809764-26810826(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGCAAAGTCAACGCA
SmilChr02G003060 Chr02 NC_080388.1:51413159-51413173promoter 内 1091-1105 bp + 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 51388125-51410263(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CCAAAAGTCAACGGT
SmilChr02G004329 Chr02 NC_080388.1:65566657-65566671promoter 内 2622-2636 bp + 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 65568036-65572115(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCCGTTGACTTTTTA
SmilChr01G000204 Chr01 NC_080387.1:3520330-3520344promoter 内 1498-1512 bp - 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 3514613-3517841(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCCGTTGACTATGTC
SmilChr02G001479 Chr02 NC_080388.1:27663276-27663290promoter 内 3902-3916 bp - 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 27659998-27663191(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GACTTTGACTTTTCC
SmilChr01G002768 Chr01 NC_080387.1:46132684-46132698promoter 内 3826-3840 bp + 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 46131516-46132523(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCGCAAGTCAACGGC
SmilChr01G005080 Chr01 NC_080387.1:68668258-68668272promoter 内 1181-1195 bp - 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 68671078-68671149(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAAAAAGTCAAGGAC
SmilChr01G001434 Chr01 NC_080387.1:28012292-28012306promoter 内 2889-2903 bp + 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 28010553-28011194(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAAAAAGTCAACGTT
SmilChr02G002446 Chr02 NC_080388.1:42692259-42692273promoter 内 1058-1072 bp + 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 42688073-42689330(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAAGAAGTCAACGGC
SmilChr02G003899 Chr02 NC_080388.1:61074790-61074804promoter 内 1825-1839 bp + 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 61076966-61079679(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGCGTTGACTTTGCA
SmilChr01G003638 Chr01 NC_080387.1:54870879-54870893promoter 内 2931-2945 bp - 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 54871949-54872876(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGCAAAGTCAACGCA
SmilChr02G004521 Chr02 NC_080388.1:67738501-67738515promoter 内 1885-1899 bp - 2102 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 67734728-67736399(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GACTTTGACTTTTTC
SmilChr01G003508 Chr01 NC_080387.1:53665717-53665731promoter 内 3290-3304 bp - 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 53666428-53671839(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCAAAAGTCAACACC
SmilChr01G003969 Chr01 NC_080387.1:58138829-58138843promoter 内 3154-3168 bp + 833 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 58134832-58137996(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CAAAAAGTCAACAGC
SmilChr01G002841 Chr01 NC_080387.1:46982525-46982539promoter 内 2943-2957 bp - 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 46983583-46984509(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGCAAAGTCAACGCA
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