转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000070; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001046-RA_Salv SmilChr04G000070 bHLH XP_057807324.1 MP00034 CCACGTGC

可能结合的靶基因

9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 1 / 134 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002046 Chr03 NC_080389.1:30976586-30976593promoter 内 2976-2983 bp + 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 7 30977611-30980781(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
SmilChr02G004844 Chr02 NC_080388.1:70569860-70569867promoter 内 3197-3204 bp + 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 6 70570664-70571957(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
SmilChr01G000172 Chr01 NC_080387.1:2831913-2831920promoter 内 2446-2453 bp - 1548 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 6 2833468-2836431(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGG
SmilChr04G001530 Chr04 NC_080390.1:25221485-25221492promoter 内 2349-2356 bp + 1645 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 6 25223137-25225362(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
SmilChr04G001855 Chr04 NC_080390.1:30191105-30191112promoter 内 852-859 bp - 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 6 30186711-30187963(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
SmilChr02G000319 Chr02 NC_080388.1:4004476-4004483promoter 内 3614-3621 bp - 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 5 4004863-4005674(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGG
SmilChr02G002668 Chr02 NC_080388.1:46186504-46186511promoter 内 3580-3587 bp - 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 5 46186925-46187875(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGG
SmilChr01G002038 Chr01 NC_080387.1:36007128-36007135promoter 内 2877-2884 bp + 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 5 36008252-36008563(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
SmilChr01G005972 Chr01 NC_080387.1:75401281-75401288promoter 内 1529-1536 bp - 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 5 75397096-75398816(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
SmilChr06G000091 Chr06 NC_080392.1:658693-658700promoter 内 904-911 bp - 3090 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 5 654629-655603(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
SmilChr03G001788 Chr03 NC_080389.1:24428119-24428126promoter 内 762-769 bp + 3232 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 5 24422338-24424887(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGG
SmilChr01G001856 Chr01 NC_080387.1:33512817-33512824promoter 内 3898-3905 bp - 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 33511321-33512721(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
SmilChr01G001896 Chr01 NC_080387.1:34086595-34086602promoter 内 3874-3881 bp - 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 34081061-34086475(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
SmilChr02G004852 Chr02 NC_080388.1:70679846-70679853promoter 内 3862-3869 bp + 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 70678035-70679714(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGG
SmilChr02G005189 Chr02 NC_080388.1:73196416-73196423promoter 内 3817-3824 bp - 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 73189492-73196239(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
SmilChr04G002305 Chr04 NC_080390.1:37326372-37326379promoter 内 3788-3795 bp - 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 37326585-37327405(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGG
SmilChr02G000388 Chr02 NC_080388.1:4815782-4815789promoter 内 3619-3626 bp - 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 4810835-4815407(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
SmilChr04G002320 Chr04 NC_080390.1:37493600-37493607promoter 内 3589-3596 bp + 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 37490730-37493195(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGG
SmilChr01G001897 Chr01 NC_080387.1:34086595-34086602promoter 内 3514-3521 bp - 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 34085428-34086115(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
SmilChr05G003022 Chr05 NC_080391.1:37759608-37759615promoter 内 3484-3491 bp - 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 37760125-37763087(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGG
SmilChr01G002942 Chr01 NC_080387.1:48202827-48202834promoter 内 3392-3399 bp + 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 48199708-48202225(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGG
SmilChr02G002603 Chr02 NC_080388.1:45157430-45157437promoter 内 3300-3307 bp - 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 45158131-45159911(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGG
SmilChr05G000471 Chr05 NC_080391.1:3574781-3574788promoter 内 3268-3275 bp - 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 3571933-3574055(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
SmilChr01G001898 Chr01 NC_080387.1:34088752-34088759promoter 内 2777-2784 bp + 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 34089976-34090299(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
SmilChr02G004777 Chr02 NC_080388.1:69947333-69947340promoter 内 2450-2457 bp - 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 69943037-69945789(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
SmilChr02G005434 Chr02 NC_080388.1:74760422-74760429promoter 内 2136-2143 bp - 1858 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 74755413-74758564(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
SmilChr05G003394 Chr05 NC_080391.1:44973362-44973369promoter 内 2021-2028 bp - 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 44975342-44977063(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGG
SmilChr04G002107 Chr04 NC_080390.1:34016391-34016398promoter 内 1841-1848 bp - 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 34013504-34014238(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
SmilChr02G001022 Chr02 NC_080388.1:18092642-18092649promoter 内 1530-1537 bp + 2464 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 18087031-18090178(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGG
SmilChr05G002160 Chr05 NC_080391.1:22846655-22846662promoter 内 1420-1427 bp + 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 22841559-22844081(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGG
SmilChr02G005233 Chr02 NC_080388.1:73536937-73536944promoter 内 1016-1023 bp - 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 73532384-73533959(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
SmilChr01G005001 Chr01 NC_080387.1:68049335-68049342promoter 内 1015-1022 bp - 2979 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 68052321-68052394(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGG
SmilChr02G004778 Chr02 NC_080388.1:69947333-69947340promoter 内 822-829 bp - 3172 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 69950512-69956552(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGG
SmilChr04G003256 Chr04 NC_080390.1:49304206-49304213promoter 内 611-618 bp + 3383 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 49299723-49300823(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGG
SmilChr01G003568 Chr01 NC_080387.1:54249886-54249893promoter 内 539-546 bp - 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 54253348-54255051(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGG
SmilChr06G000058 Chr06 NC_080392.1:477511-477518promoter 内 531-538 bp + 3463 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 480981-484553(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGC
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