靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr04G000070; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00001046-RA_Salv |
SmilChr04G000070 |
bHLH | XP_057807324.1 |
MP00034 |
CCACGTGC |
9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 1 / 134 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr03G002046 |
Chr03 | NC_080389.1:30976586-30976593promoter 内 2976-2983 bp |
+ | 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 7 | 30977611-30980781(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr02G004844 |
Chr02 | NC_080388.1:70569860-70569867promoter 内 3197-3204 bp |
+ | 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 6 | 70570664-70571957(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr01G000172 |
Chr01 | NC_080387.1:2831913-2831920promoter 内 2446-2453 bp |
- | 1548 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 6 | 2833468-2836431(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
SmilChr04G001530 |
Chr04 | NC_080390.1:25221485-25221492promoter 内 2349-2356 bp |
+ | 1645 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 6 | 25223137-25225362(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr04G001855 |
Chr04 | NC_080390.1:30191105-30191112promoter 内 852-859 bp |
- | 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 6 | 30186711-30187963(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr02G000319 |
Chr02 | NC_080388.1:4004476-4004483promoter 内 3614-3621 bp |
- | 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 5 | 4004863-4005674(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
SmilChr02G002668 |
Chr02 | NC_080388.1:46186504-46186511promoter 内 3580-3587 bp |
- | 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 5 | 46186925-46187875(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
SmilChr01G002038 |
Chr01 | NC_080387.1:36007128-36007135promoter 内 2877-2884 bp |
+ | 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 5 | 36008252-36008563(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr01G005972 |
Chr01 | NC_080387.1:75401281-75401288promoter 内 1529-1536 bp |
- | 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 5 | 75397096-75398816(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr06G000091 |
Chr06 | NC_080392.1:658693-658700promoter 内 904-911 bp |
- | 3090 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 5 | 654629-655603(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr03G001788 |
Chr03 | NC_080389.1:24428119-24428126promoter 内 762-769 bp |
+ | 3232 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 5 | 24422338-24424887(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
SmilChr01G001856 |
Chr01 | NC_080387.1:33512817-33512824promoter 内 3898-3905 bp |
- | 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 33511321-33512721(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr01G001896 |
Chr01 | NC_080387.1:34086595-34086602promoter 内 3874-3881 bp |
- | 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 34081061-34086475(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr02G004852 |
Chr02 | NC_080388.1:70679846-70679853promoter 内 3862-3869 bp |
+ | 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 70678035-70679714(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
SmilChr02G005189 |
Chr02 | NC_080388.1:73196416-73196423promoter 内 3817-3824 bp |
- | 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 73189492-73196239(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr04G002305 |
Chr04 | NC_080390.1:37326372-37326379promoter 内 3788-3795 bp |
- | 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 37326585-37327405(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
SmilChr02G000388 |
Chr02 | NC_080388.1:4815782-4815789promoter 内 3619-3626 bp |
- | 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 4810835-4815407(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr04G002320 |
Chr04 | NC_080390.1:37493600-37493607promoter 内 3589-3596 bp |
+ | 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 37490730-37493195(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
SmilChr01G001897 |
Chr01 | NC_080387.1:34086595-34086602promoter 内 3514-3521 bp |
- | 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 34085428-34086115(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr05G003022 |
Chr05 | NC_080391.1:37759608-37759615promoter 内 3484-3491 bp |
- | 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 37760125-37763087(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
SmilChr01G002942 |
Chr01 | NC_080387.1:48202827-48202834promoter 内 3392-3399 bp |
+ | 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 48199708-48202225(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
SmilChr02G002603 |
Chr02 | NC_080388.1:45157430-45157437promoter 内 3300-3307 bp |
- | 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 45158131-45159911(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
SmilChr05G000471 |
Chr05 | NC_080391.1:3574781-3574788promoter 内 3268-3275 bp |
- | 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 3571933-3574055(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr01G001898 |
Chr01 | NC_080387.1:34088752-34088759promoter 内 2777-2784 bp |
+ | 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 34089976-34090299(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr02G004777 |
Chr02 | NC_080388.1:69947333-69947340promoter 内 2450-2457 bp |
- | 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 69943037-69945789(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr02G005434 |
Chr02 | NC_080388.1:74760422-74760429promoter 内 2136-2143 bp |
- | 1858 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 74755413-74758564(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr05G003394 |
Chr05 | NC_080391.1:44973362-44973369promoter 内 2021-2028 bp |
- | 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 44975342-44977063(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
SmilChr04G002107 |
Chr04 | NC_080390.1:34016391-34016398promoter 内 1841-1848 bp |
- | 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 34013504-34014238(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr02G001022 |
Chr02 | NC_080388.1:18092642-18092649promoter 内 1530-1537 bp |
+ | 2464 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 18087031-18090178(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
SmilChr05G002160 |
Chr05 | NC_080391.1:22846655-22846662promoter 内 1420-1427 bp |
+ | 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 22841559-22844081(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
SmilChr02G005233 |
Chr02 | NC_080388.1:73536937-73536944promoter 内 1016-1023 bp |
- | 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 73532384-73533959(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr01G005001 |
Chr01 | NC_080387.1:68049335-68049342promoter 内 1015-1022 bp |
- | 2979 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 68052321-68052394(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
SmilChr02G004778 |
Chr02 | NC_080388.1:69947333-69947340promoter 内 822-829 bp |
- | 3172 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 69950512-69956552(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
SmilChr04G003256 |
Chr04 | NC_080390.1:49304206-49304213promoter 内 611-618 bp |
+ | 3383 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 49299723-49300823(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
SmilChr01G003568 |
Chr01 | NC_080387.1:54249886-54249893promoter 内 539-546 bp |
- | 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 54253348-54255051(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
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Chr06 | NC_080392.1:477511-477518promoter 内 531-538 bp |
+ | 3463 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 480981-484553(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
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Chr03 | NC_080389.1:59585713-59585720promoter 内 495-502 bp |
- | 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 59589219-59592862(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
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Chr01 | NC_080387.1:72478102-72478109promoter 内 486-493 bp |
+ | 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 72481617-72483066(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
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Chr01 | NC_080387.1:2035613-2035620promoter 内 447-454 bp |
+ | 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 2031059-2032066(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
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Chr01 | NC_080387.1:24938000-24938007promoter 内 295-302 bp |
+ | 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 24933517-24934301(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
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Chr02 | NC_080388.1:68856928-68856935promoter 内 249-256 bp |
+ | 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 68860680-68866969(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
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Chr02 | NC_080388.1:70610206-70610213promoter 内 107-114 bp |
- | 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 4 | 70614100-70617083(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
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Chr03 | NC_080389.1:25665473-25665480promoter 内 3962-3969 bp |
- | 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 25665512-25673179(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
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- | 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 39751381-39754707(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
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- | 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 32677657-32680011(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
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Chr02 | NC_080388.1:71036517-71036524promoter 内 3926-3933 bp |
+ | 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 71033826-71036449(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
GCACGTGG |
SmilChr03G003989 |
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- | 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 58911799-58917142(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGC |
SmilChr04G002076 |
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+ | 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 33505098-33509447(+) |
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SmilChr05G004176 |
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- | 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 55681295-55684000(-) |
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MP00034 |
CCACGTGC |