转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 100 / 149 下载 TSV

上一页 100 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001664 Chr03 NC_080389.1:21583683-21583697promoter 内 3345-3359 bp - 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 21584339-21587644(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAATTGGATAAAAAT
SmilChr02G002289 Chr02 NC_080388.1:40432697-40432711promoter 内 3325-3339 bp - 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 40431150-40432035(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTCCTTATCCTCTCT
SmilChr02G002774 Chr02 NC_080388.1:47810335-47810349promoter 内 3314-3328 bp - 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 47811022-47814544(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAAATGGATAATCTA
SmilChr04G003482 Chr04 NC_080390.1:51269170-51269184promoter 内 3290-3304 bp - 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 51269881-51274182(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTAGGATAAGTTC
SmilChr01G002371 Chr01 NC_080387.1:40903380-40903394promoter 内 3269-3283 bp - 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 40893647-40902662(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGATTATCCATTTG
SmilChr02G000104 Chr02 NC_080388.1:1338804-1338818promoter 内 3257-3271 bp + 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1329777-1338074(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAGTGGATAATTTT
SmilChr03G001435 Chr03 NC_080389.1:17032608-17032622promoter 内 3244-3258 bp + 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 17027282-17031865(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAGTGGATAATTTT
SmilChr02G000105 Chr02 NC_080388.1:1345008-1345022promoter 内 3232-3246 bp + 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1341105-1344253(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAGTGGATAATTTT
SmilChr01G004657 Chr01 NC_080387.1:64664402-64664416promoter 内 3199-3213 bp + 788 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 64665204-64666374(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GACCATATCCATAAT
SmilChr02G004065 Chr02 NC_080388.1:62944381-62944395promoter 内 3148-3162 bp + 839 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 62942366-62943542(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAAATGGATAATCTA
SmilChr02G004505 Chr02 NC_080388.1:67582853-67582867promoter 内 3125-3139 bp - 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 67583729-67588518(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAAATGGATAATCTA
SmilChr01G000919 Chr01 NC_080387.1:19421798-19421812promoter 内 3095-3109 bp + 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 19419939-19420906(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAAATGGATAATCTA
SmilChr01G001976 Chr01 NC_080387.1:35168365-35168379promoter 内 3091-3105 bp + 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 35163307-35167469(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATTTGGATAATAAG
SmilChr01G000689 Chr01 NC_080387.1:15419509-15419523promoter 内 3054-3068 bp + 933 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 15420456-15425703(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACGCTATCCATATT
SmilChr02G002698 Chr02 NC_080388.1:46751799-46751813promoter 内 3053-3067 bp + 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 46752747-46759935(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGATTATCCATTTG
SmilChr02G005498 Chr02 NC_080388.1:75132023-75132037promoter 内 3031-3045 bp - 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 75132993-75137687(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATTTGGATAATAAA
SmilChr01G001144 Chr01 NC_080387.1:23383483-23383497promoter 内 3007-3021 bp - 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 23382398-23382503(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTATTATCCAAAAT
SmilChr04G004024 Chr04 NC_080390.1:55478896-55478910promoter 内 3001-3015 bp - 986 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 55479896-55481306(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATTTGGATAAATTT
SmilChr04G002377 Chr04 NC_080390.1:38292714-38292728promoter 内 2966-2980 bp - 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 38281427-38291693(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATATTATCCATTCG
SmilChr02G000981 Chr02 NC_080388.1:17262728-17262742promoter 内 2935-2949 bp + 1052 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 17263794-17268668(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGATTATCCATTTG
SmilChr04G000316 Chr04 NC_080390.1:2902118-2902132promoter 内 2923-2937 bp + 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 2903196-2906187(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTATTATCCACACA
SmilChr04G001443 Chr04 NC_080390.1:23723008-23723022promoter 内 2915-2929 bp + 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 23724094-23726709(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATTATCCACTAA
SmilChr02G001989 Chr02 NC_080388.1:35943919-35943933promoter 内 2905-2919 bp - 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 35945015-35949222(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAGTGGATAATTTT
SmilChr01G001575 Chr01 NC_080387.1:29793382-29793396promoter 内 2900-2914 bp - 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 29794483-29797350(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGAATGGATAAGCAC
SmilChr01G003385 Chr01 NC_080387.1:52530113-52530127promoter 内 2850-2864 bp - 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 52531264-52532222(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAAATGGATAAAACA
SmilChr04G000175 Chr04 NC_080390.1:1581397-1581411promoter 内 2830-2844 bp - 1157 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1574599-1580240(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TCCCTTATCCTCTCC
SmilChr01G000873 Chr01 NC_080387.1:18606909-18606923promoter 内 2818-2832 bp + 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 18604931-18605740(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAACCAT
SmilChr01G001543 Chr01 NC_080387.1:29441729-29441743promoter 内 2800-2814 bp - 1187 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 29442930-29445692(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGAATGGATAAGCAC
SmilChr02G001500 Chr02 NC_080388.1:28045179-28045193promoter 内 2797-2811 bp + 1190 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 28041638-28043989(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGTGTGGATAATAAT
SmilChr04G003602 Chr04 NC_080390.1:52461456-52461470promoter 内 2782-2796 bp + 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 52453474-52460251(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATATTGGATAAAACT
SmilChr01G002932 Chr01 NC_080387.1:48092702-48092716promoter 内 2753-2767 bp + 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48093950-48097012(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACCCTTATCCATGAT
SmilChr04G001588 Chr04 NC_080390.1:26396168-26396182promoter 内 2750-2764 bp + 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 26389526-26394931(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATATGGATAATTAT
SmilChr01G000870 Chr01 NC_080387.1:18570590-18570604promoter 内 2728-2742 bp + 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 18567168-18569331(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAACCAT
SmilChr02G001542 Chr02 NC_080388.1:28675644-28675658promoter 内 2718-2732 bp - 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 28676927-28682190(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATGGATAACACA
SmilChr03G001835 Chr03 NC_080389.1:25182221-25182235promoter 内 2705-2719 bp - 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 25179806-25180939(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATAATTATCCATATC
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