转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021741-RA_Salv SmilChr01G004920 MYB_related XP_057788125.1 MP00607 TTTAGGTTG

可能结合的靶基因

9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 100 / 128 下载 TSV

上一页 100 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000889 Chr01 NC_080387.1:18946907-18946915promoter 内 2699-2707 bp - 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 18935863-18945613(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr02G000190 Chr02 NC_080388.1:2369786-2369794promoter 内 2493-2501 bp - 1500 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 2366670-2368286(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr01G005019 Chr01 NC_080387.1:68187094-68187102promoter 内 2194-2202 bp + 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 68182488-68185295(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAG
SmilChr01G006022 Chr01 NC_080387.1:75807815-75807823promoter 内 1870-1878 bp - 2123 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 75800542-75805692(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr01G000655 Chr01 NC_080387.1:14569647-14569655promoter 内 1647-1655 bp - 2346 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 14572001-14574106(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAG
SmilChr01G003876 Chr01 NC_080387.1:57026180-57026188promoter 内 1167-1175 bp - 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 57029014-57033755(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAG
SmilChr02G004684 Chr02 NC_080388.1:69152618-69152626promoter 内 1121-1129 bp - 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 69146806-69149746(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr01G000783 Chr01 NC_080387.1:17050252-17050260promoter 内 859-867 bp - 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 17046258-17047118(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr01G006163 Chr01 NC_080387.1:77058992-77059000promoter 内 800-808 bp - 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 77045680-77055799(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr01G004946 Chr01 NC_080387.1:67562128-67562136promoter 内 501-509 bp - 3492 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 67555120-67558636(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr02G004023 Chr02 NC_080388.1:62522923-62522931promoter 内 179-187 bp + 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 62518392-62519109(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAG
SmilChr01G000743 Chr01 NC_080387.1:16431129-16431137promoter 内 102-110 bp + 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 16435028-16436925(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr01G002624 Chr01 NC_080387.1:44515103-44515111promoter 内 35-43 bp + 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 44508084-44511145(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAG
SmilChr02G005112 Chr02 NC_080388.1:72643932-72643940promoter 内 3893-3901 bp + 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 72633139-72643832(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAG
SmilChr01G001113 Chr01 NC_080387.1:22741912-22741920promoter 内 3835-3843 bp + 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 22737791-22741754(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAG
SmilChr02G001491 Chr02 NC_080388.1:27877657-27877665promoter 内 3755-3763 bp + 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 27874088-27877419(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAG
SmilChr01G004575 Chr01 NC_080387.1:63797924-63797932promoter 内 3742-3750 bp + 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 63793365-63797673(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAG
SmilChr01G005463 Chr01 NC_080387.1:71636694-71636702promoter 内 3658-3666 bp - 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 71637037-71641223(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAG
SmilChr02G003240 Chr02 NC_080388.1:53671420-53671428promoter 内 3549-3557 bp + 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 53671872-53674998(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr02G000979 Chr02 NC_080388.1:17172209-17172217promoter 内 3377-3385 bp - 616 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 17172833-17173870(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAG
SmilChr01G005462 Chr01 NC_080387.1:71636694-71636702promoter 内 3361-3369 bp - 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 71632959-71636062(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr01G005127 Chr01 NC_080387.1:69070469-69070477promoter 内 3329-3337 bp + 664 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 69064746-69069805(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAG
SmilChr02G003482 Chr02 NC_080388.1:56096156-56096164promoter 内 3310-3318 bp - 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 56095078-56095473(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr01G003003 Chr01 NC_080387.1:49024958-49024966promoter 内 3307-3315 bp - 686 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 49021629-49024272(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr02G005463 Chr02 NC_080388.1:74932662-74932670promoter 内 3171-3179 bp - 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 74928194-74931840(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr02G003366 Chr02 NC_080388.1:54783873-54783881promoter 内 3158-3166 bp - 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 54780957-54783038(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr02G005319 Chr02 NC_080388.1:74066603-74066611promoter 内 3150-3158 bp + 843 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 74067454-74069023(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr02G002516 Chr02 NC_080388.1:43660339-43660347promoter 内 3099-3107 bp + 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 43657037-43659445(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAG
SmilChr02G000789 Chr02 NC_080388.1:12987206-12987214promoter 内 2967-2975 bp + 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 12985385-12986180(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAG
SmilChr01G005196 Chr01 NC_080387.1:69647760-69647768promoter 内 2927-2935 bp + 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 69646200-69646694(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAG
SmilChr01G003840 Chr01 NC_080387.1:56743329-56743337promoter 内 2921-2929 bp + 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 56744409-56745452(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr02G000854 Chr02 NC_080388.1:14549088-14549096promoter 内 2882-2890 bp - 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 14546214-14547977(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr02G003829 Chr02 NC_080388.1:59945184-59945192promoter 内 2872-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 59946313-59947037(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr01G005459 Chr01 NC_080387.1:71615252-71615260promoter 内 2778-2786 bp - 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 71609114-71614037(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTC
SmilChr02G001156 Chr02 NC_080388.1:21110817-21110825promoter 内 2670-2678 bp + 1323 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 21105216-21109494(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAG
SmilChr02G001796 Chr02 NC_080388.1:32764483-32764491promoter 内 2667-2675 bp + 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 32760123-32763157(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAG
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