转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005851; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011948-RA_Salv SmilChr01G005851 MYB XP_057789306.1 MP00055 CAGATAAGGT

可能结合的靶基因

9685 个结合位点 6638 个候选靶基因 第 103 / 133 下载 TSV

上一页 103 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005561 Chr02 NC_080388.1:75543750-75543759promoter 内 1318-1327 bp - 2674 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 75546433-75548590(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GACTTATCTC
SmilChr02G002323 Chr02 NC_080388.1:40923099-40923108promoter 内 1309-1318 bp + 2683 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 40919547-40920416(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GTCTTATCTC
SmilChr02G000901 Chr02 NC_080388.1:15469878-15469887promoter 内 1288-1297 bp + 2704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 15472591-15473370(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAC
SmilChr03G000351 Chr03 NC_080389.1:3932506-3932515promoter 内 1200-1209 bp + 2792 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 3935307-3936363(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGTC
SmilChr01G000494 Chr01 NC_080387.1:10070662-10070671promoter 内 1150-1159 bp - 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 10073513-10076671(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGCTTATCTT
SmilChr01G001006 Chr01 NC_080387.1:21186350-21186359promoter 内 1140-1149 bp + 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 21189211-21192925(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGTC
SmilChr02G000593 Chr02 NC_080388.1:8490606-8490615promoter 内 1129-1138 bp - 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 8493478-8565262(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGCTTATCTT
SmilChr01G004182 Chr01 NC_080387.1:60269532-60269541promoter 内 1044-1053 bp + 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 60257728-60266584(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GTCTTATCTC
SmilChr03G000416 Chr03 NC_080389.1:4500424-4500433promoter 内 1009-1018 bp - 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 4496579-4497441(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGTC
SmilChr02G002021 Chr02 NC_080388.1:36434794-36434803promoter 内 965-974 bp + 3027 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 36437830-36440922(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAC
SmilChr02G003500 Chr02 NC_080388.1:56213870-56213879promoter 内 923-932 bp - 3069 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 56206043-56210801(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAC
SmilChr02G003226 Chr02 NC_080388.1:53520414-53520423promoter 内 832-841 bp + 3160 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 53511675-53517254(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GACTTATCTC
SmilChr01G000089 Chr01 NC_080387.1:1643521-1643530promoter 内 754-763 bp - 3238 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1638153-1640283(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGTC
SmilChr01G001840 Chr01 NC_080387.1:33342502-33342511promoter 内 745-754 bp + 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 33337817-33339255(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GACTTATCTC
SmilChr02G000552 Chr02 NC_080388.1:7745593-7745602promoter 内 726-735 bp - 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 7741022-7742327(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGCC
SmilChr02G001260 Chr02 NC_080388.1:23120326-23120335promoter 内 689-698 bp - 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 23115866-23117023(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAC
SmilChr02G003554 Chr02 NC_080388.1:56725924-56725933promoter 内 614-623 bp - 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 56717584-56722546(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAC
SmilChr01G000341 Chr01 NC_080387.1:6954025-6954034promoter 内 515-524 bp + 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 6957511-6976830(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGTC
SmilChr02G002848 Chr02 NC_080388.1:48654713-48654722promoter 内 514-523 bp - 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 48658200-48662685(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGCTTATCTT
SmilChr01G005816 Chr01 NC_080387.1:74156996-74157005promoter 内 447-456 bp + 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 74152452-74153451(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GACTTATCTC
SmilChr02G003446 Chr02 NC_080388.1:55713931-55713940promoter 内 388-397 bp + 3604 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 55717544-55720811(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGCC
SmilChr01G005585 Chr01 NC_080387.1:72534030-72534039promoter 内 340-349 bp - 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 72537691-72539146(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GACTTATCTC
SmilChr01G006012 Chr01 NC_080387.1:75694599-75694608promoter 内 299-308 bp + 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 75698301-75699155(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAC
SmilChr03G000684 Chr03 NC_080389.1:7631458-7631467promoter 内 227-236 bp + 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 7635232-7652488(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAC
SmilChr01G002385 Chr01 NC_080387.1:41081886-41081895promoter 内 178-187 bp - 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 41085709-41094762(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGCTTATCTT
SmilChr02G000472 Chr02 NC_080388.1:6454491-6454500promoter 内 148-157 bp + 3844 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 6458344-6465931(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAC
SmilChr02G002589 Chr02 NC_080388.1:45012969-45012978promoter 内 107-116 bp + 3885 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 45004944-45009084(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GACTTATCTC
SmilChr03G000774 Chr03 NC_080389.1:8829518-8829527promoter 内 101-110 bp - 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 8824486-8825627(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGTC
SmilChr01G001763 Chr01 NC_080387.1:32410912-32410921promoter 内 58-67 bp + 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 32414855-32420349(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGCC
SmilChr01G000582 Chr01 NC_080387.1:12594536-12594545promoter 内 12-21 bp + 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 12588195-12590556(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GACTTATCTC
SmilChr01G001369 Chr01 NC_080387.1:27040069-27040078promoter 内 3896-3905 bp + 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 27040174-27042785(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACGATAAGGA
SmilChr02G005394 Chr02 NC_080388.1:74540860-74540869promoter 内 3465-3474 bp + 527 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 74538795-74540333(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCGT
SmilChr03G000144 Chr03 NC_080389.1:1575669-1575678promoter 内 3335-3344 bp + 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 1576335-1579231(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACGATAAGGA
SmilChr01G002239 Chr01 NC_080387.1:38939870-38939879promoter 内 2461-2470 bp - 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 38935535-38938339(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACGATAAGGA
SmilChr02G001696 Chr02 NC_080388.1:31237197-31237206promoter 内 1978-1987 bp + 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 31239220-31241502(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACGATAAGGA
SmilChr03G000143 Chr03 NC_080389.1:1575669-1575678promoter 内 1695-1704 bp + 2297 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 1569688-1573372(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCGT
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SmilChr02G004469 Chr02 NC_080388.1:67091521-67091530promoter 内 2110-2119 bp + 1882 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 67093412-67237173(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACGATAAGGA
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