转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005012; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013472-RA_Salv SmilChr02G005012 TALE XP_057792191.1 MP00670 AGTGACGGCA

可能结合的靶基因

9906 个结合位点 7758 个候选靶基因 第 103 / 156 下载 TSV

上一页 103 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002556 Chr03 NC_080389.1:40738035-40738044promoter 内 3536-3545 bp + 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 40738500-40741310(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGACC
SmilChr04G002732 Chr04 NC_080390.1:42973711-42973720promoter 内 3494-3503 bp + 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 42974218-42975671(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGACG
SmilChr01G003782 Chr01 NC_080387.1:56202051-56202060promoter 内 3482-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 56198461-56201541(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ACACGTCACT
SmilChr06G001402 Chr06 NC_080392.1:14712855-14712864promoter 内 3468-3477 bp - 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 14713388-14716470(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTCGTCACT
SmilChr01G003205 Chr01 NC_080387.1:50813948-50813957promoter 内 3453-3462 bp + 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 50811557-50813409(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ACACGTCACT
SmilChr04G000083 Chr04 NC_080390.1:734633-734642promoter 内 3431-3440 bp + 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 732895-734072(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ACACGTCACT
SmilChr03G000244 Chr03 NC_080389.1:2904952-2904961promoter 内 3423-3432 bp - 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 2901348-2904383(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGACG
SmilChr01G001588 Chr01 NC_080387.1:29908777-29908786promoter 内 3356-3365 bp + 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 29909422-29911316(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGACC
SmilChr04G002740 Chr04 NC_080390.1:43069229-43069238promoter 内 3353-3362 bp + 639 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 43068506-43068590(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGTCGTCACT
SmilChr06G000656 Chr06 NC_080392.1:5764967-5764976promoter 内 3326-3335 bp - 666 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 5763483-5764301(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGACG
SmilChr01G001548 Chr01 NC_080387.1:29463580-29463589promoter 内 3305-3314 bp + 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 29464276-29470344(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGACG
SmilChr05G001120 Chr05 NC_080391.1:9338012-9338021promoter 内 3289-3298 bp + 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 9338724-9343085(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGACC
SmilChr01G000539 Chr01 NC_080387.1:11072076-11072085promoter 内 3253-3262 bp - 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 11072824-11074457(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ACACGTCACT
SmilChr05G001414 Chr05 NC_080391.1:12761554-12761563promoter 内 3225-3234 bp - 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 12762330-12763252(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGTCGTCACT
SmilChr02G002609 Chr02 NC_080388.1:45268524-45268533promoter 内 3208-3217 bp + 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 45269317-45270675(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTGT
SmilChr05G001020 Chr05 NC_080391.1:8364124-8364133promoter 内 3175-3184 bp + 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 8359900-8363307(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ACACGTCACT
SmilChr01G003393 Chr01 NC_080387.1:52661451-52661460promoter 内 3092-3101 bp - 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 52657385-52660551(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTGT
SmilChr05G002106 Chr05 NC_080391.1:22068533-22068542promoter 内 3074-3083 bp + 918 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 22065041-22067615(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ACACGTCACT
SmilChr05G001962 Chr05 NC_080391.1:20175977-20175986promoter 内 3063-3072 bp + 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 20176915-20178102(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGACG
SmilChr01G003345 Chr01 NC_080387.1:52223069-52223078promoter 内 3034-3043 bp + 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 52220336-52222111(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTCGTCACT
SmilChr01G004189 Chr01 NC_080387.1:60342178-60342187promoter 内 2955-2964 bp - 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 60343224-60344979(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ACACGTCACT
SmilChr03G003053 Chr03 NC_080389.1:47418428-47418437promoter 内 2955-2964 bp - 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 47413081-47417391(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTGT
SmilChr04G002549 Chr04 NC_080390.1:40768795-40768804promoter 内 2930-2939 bp + 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 40769866-40774424(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGACG
SmilChr02G002364 Chr02 NC_080388.1:41420341-41420350promoter 内 2910-2919 bp + 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 41417183-41419259(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGTCGTCACT
SmilChr02G002148 Chr02 NC_080388.1:38626002-38626011promoter 内 2902-2911 bp + 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 38623208-38624912(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGTCGTCACT
SmilChr03G000773 Chr03 NC_080389.1:8811657-8811666promoter 内 2883-2892 bp - 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 8812775-8814487(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGTCGTCACT
SmilChr05G003038 Chr05 NC_080391.1:38128914-38128923promoter 内 2869-2878 bp - 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 38130046-38135401(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTCGTCACT
SmilChr02G005273 Chr02 NC_080388.1:73811357-73811366promoter 内 2821-2830 bp + 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 73812537-73813490(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGACG
SmilChr04G002637 Chr04 NC_080390.1:41784404-41784413promoter 内 2805-2814 bp + 1187 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 41785600-41786599(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGACG
SmilChr04G004087 Chr04 NC_080390.1:55902723-55902732promoter 内 2787-2796 bp - 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 55897961-55901518(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTGT
SmilChr03G001976 Chr03 NC_080389.1:28602313-28602322promoter 内 2740-2749 bp + 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 28603574-28609243(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGACC
SmilChr04G002975 Chr04 NC_080390.1:46138259-46138268promoter 内 2724-2733 bp - 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 46139536-46144539(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGTCGTCACT
SmilChr03G004726 Chr03 NC_080389.1:64452516-64452525promoter 内 2716-2725 bp - 1276 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 64448037-64451240(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTGT
SmilChr05G004215 Chr05 NC_080391.1:56045055-56045064promoter 内 2705-2714 bp + 1287 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 56041046-56043768(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGTCGTCACT
SmilChr03G004611 Chr03 NC_080389.1:63840192-63840201promoter 内 2638-2647 bp + 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 63836493-63838838(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGTCGTCACT
SmilChr02G001093 Chr02 NC_080388.1:19697119-19697128promoter 内 2622-2631 bp + 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 19698498-19699654(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGACG
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SmilChr03G000530 Chr03 NC_080389.1:5664147-5664156promoter 内 2035-2044 bp + 1957 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 5654198-5662190(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGTCGTCACT
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