靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00016341-RA_Salv |
SmilChr05G001395 |
WRKY | XP_057765344.1 |
MP00071 |
CGGTCAAC |
9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 106 / 149 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr04G003477 |
Chr04 | NC_080390.1:51231915-51231922promoter 内 3870-3877 bp |
+ | 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 51232046-51234859(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr01G001393 |
Chr01 | NC_080387.1:27429137-27429144promoter 内 3865-3872 bp |
+ | 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 27429273-27430251(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr02G003198 |
Chr02 | NC_080388.1:53141514-53141521promoter 内 3862-3869 bp |
+ | 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 53138855-53141382(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr02G002630 |
Chr02 | NC_080388.1:45684021-45684028promoter 内 3861-3868 bp |
- | 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 45684161-45685721(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr04G001457 |
Chr04 | NC_080390.1:23979208-23979215promoter 内 3840-3847 bp |
- | 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 23974953-23979054(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr02G000906 |
Chr02 | NC_080388.1:15637213-15637220promoter 内 3838-3845 bp |
- | 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 15637376-15638997(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr04G002058 |
Chr04 | NC_080390.1:33315765-33315772promoter 内 3829-3836 bp |
- | 165 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 33315937-33320180(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr01G003525 |
Chr01 | NC_080387.1:53877828-53877835promoter 内 3822-3829 bp |
+ | 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 53878007-53885531(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr02G000235 |
Chr02 | NC_080388.1:3014266-3014273promoter 内 3821-3828 bp |
+ | 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 3014446-3015135(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr03G002213 |
Chr03 | NC_080389.1:34894489-34894496promoter 内 3816-3823 bp |
- | 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 34892182-34894311(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr01G000935 |
Chr01 | NC_080387.1:19829346-19829353promoter 内 3811-3818 bp |
+ | 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 19827940-19829163(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr04G000097 |
Chr04 | NC_080390.1:880424-880431promoter 内 3797-3804 bp |
- | 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 876169-880227(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr01G001738 |
Chr01 | NC_080387.1:31982976-31982983promoter 内 3795-3802 bp |
+ | 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 31981239-31982777(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr03G004073 |
Chr03 | NC_080389.1:59692012-59692019promoter 内 3793-3800 bp |
+ | 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 59692220-59697900(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr01G001459 |
Chr01 | NC_080387.1:28356262-28356269promoter 内 3783-3790 bp |
- | 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 28356480-28359703(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr01G004339 |
Chr01 | NC_080387.1:61563573-61563580promoter 内 3781-3788 bp |
+ | 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 61558126-61563360(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr05G001167 |
Chr05 | NC_080391.1:9794882-9794889promoter 内 3780-3787 bp |
- | 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 9793050-9794668(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr04G003312 |
Chr04 | NC_080390.1:49843316-49843323promoter 内 3768-3775 bp |
+ | 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 49842026-49843090(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr03G004096 |
Chr03 | NC_080389.1:59829881-59829888promoter 内 3766-3773 bp |
- | 228 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 59830116-59832213(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr01G005388 |
Chr01 | NC_080387.1:71174952-71174959promoter 内 3745-3752 bp |
- | 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 71175208-71178122(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr05G000774 |
Chr05 | NC_080391.1:6035813-6035820promoter 内 3745-3752 bp |
- | 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 6034367-6035564(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr02G001453 |
Chr02 | NC_080388.1:27193391-27193398promoter 内 3732-3739 bp |
+ | 262 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 27193660-27194373(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr01G001861 |
Chr01 | NC_080387.1:33569992-33569999promoter 内 3714-3721 bp |
- | 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 33570279-33572198(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr01G001101 |
Chr01 | NC_080387.1:22530139-22530146promoter 内 3698-3705 bp |
+ | 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 22530442-22532019(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr02G001087 |
Chr02 | NC_080388.1:19496521-19496528promoter 内 3694-3701 bp |
- | 300 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 19496828-19501964(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr02G000983 |
Chr02 | NC_080388.1:17294806-17294813promoter 内 3693-3700 bp |
- | 301 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 17293506-17294505(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr03G001812 |
Chr03 | NC_080389.1:24740390-24740397promoter 内 3684-3691 bp |
- | 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 24738227-24740080(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr02G001673 |
Chr02 | NC_080388.1:30987653-30987660promoter 内 3674-3681 bp |
+ | 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 30987980-30989248(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr04G002963 |
Chr04 | NC_080390.1:46011783-46011790promoter 内 3661-3668 bp |
+ | 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 46010779-46011450(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr05G000626 |
Chr05 | NC_080391.1:4730399-4730406promoter 内 3653-3660 bp |
- | 341 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 4728857-4730058(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr03G004217 |
Chr03 | NC_080389.1:60746348-60746355promoter 内 3644-3651 bp |
+ | 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 60745839-60745998(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr04G000652 |
Chr04 | NC_080390.1:7365646-7365653promoter 内 3644-3651 bp |
- | 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 7363294-7365296(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr05G000656 |
Chr05 | NC_080391.1:4943709-4943716promoter 内 3636-3643 bp |
- | 358 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 4942157-4943351(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr05G001236 |
Chr05 | NC_080391.1:10478222-10478229promoter 内 3631-3638 bp |
+ | 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 10474775-10477859(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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SmilChr01G001638 |
Chr01 | NC_080387.1:30417002-30417009promoter 内 3627-3634 bp |
- | 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 30417376-30420460(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr05G000179 |
Chr05 | NC_080391.1:1412966-1412973promoter 内 3620-3627 bp |
- | 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 1413347-1417718(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr01G003467 |
Chr01 | NC_080387.1:53232350-53232357promoter 内 3615-3622 bp |
+ | 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 53232736-53233425(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr04G004139 |
Chr04 | NC_080390.1:56181027-56181034promoter 内 3615-3622 bp |
+ | 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 56177962-56180648(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr03G003534 |
Chr03 | NC_080389.1:53946701-53946708promoter 内 3614-3621 bp |
+ | 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 53947088-53948198(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
AGGTCAAC |
SmilChr04G002433 |
Chr04 | NC_080390.1:38983698-38983705promoter 内 3611-3618 bp |
+ | 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 38977216-38983315(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
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- | 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 1403058-1406475(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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Chr04 | NC_080390.1:37405399-37405406promoter 内 3609-3616 bp |
- | 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 37405791-37411721(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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- | 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 22666725-22668194(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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+ | 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 2707620-2709519(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr01G004297 |
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+ | 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 61157986-61163010(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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SmilChr01G004382 |
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- | 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 62003325-62006255(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCT |
SmilChr02G002119 |
Chr02 | NC_080388.1:37953402-37953409promoter 内 3591-3598 bp |
+ | 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 37953812-37955934(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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- | 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 32242239-32243324(-) |
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Chr04 | NC_080390.1:26207962-26207969promoter 内 3589-3596 bp |
+ | 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 26208374-26209459(+) |
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SmilChr02G001226 |
Chr02 | NC_080388.1:22543666-22543673promoter 内 3588-3595 bp |
+ | 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 22542391-22543260(-) |
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MP00071 |
GTTGACCT |