转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016341-RA_Salv SmilChr05G001395 WRKY XP_057765344.1 MP00071 CGGTCAAC

可能结合的靶基因

9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 106 / 149 下载 TSV

上一页 106 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003477 Chr04 NC_080390.1:51231915-51231922promoter 内 3870-3877 bp + 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 51232046-51234859(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 AGGTCAAC
SmilChr01G001393 Chr01 NC_080387.1:27429137-27429144promoter 内 3865-3872 bp + 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 27429273-27430251(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 AGGTCAAC
SmilChr02G003198 Chr02 NC_080388.1:53141514-53141521promoter 内 3862-3869 bp + 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 53138855-53141382(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCT
SmilChr02G002630 Chr02 NC_080388.1:45684021-45684028promoter 内 3861-3868 bp - 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 45684161-45685721(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCT
SmilChr04G001457 Chr04 NC_080390.1:23979208-23979215promoter 内 3840-3847 bp - 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 23974953-23979054(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 AGGTCAAC
SmilChr02G000906 Chr02 NC_080388.1:15637213-15637220promoter 内 3838-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 15637376-15638997(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCT
SmilChr04G002058 Chr04 NC_080390.1:33315765-33315772promoter 内 3829-3836 bp - 165 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 33315937-33320180(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCT
SmilChr01G003525 Chr01 NC_080387.1:53877828-53877835promoter 内 3822-3829 bp + 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 53878007-53885531(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 AGGTCAAC
SmilChr02G000235 Chr02 NC_080388.1:3014266-3014273promoter 内 3821-3828 bp + 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 3014446-3015135(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 AGGTCAAC
SmilChr03G002213 Chr03 NC_080389.1:34894489-34894496promoter 内 3816-3823 bp - 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 34892182-34894311(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 AGGTCAAC
SmilChr01G000935 Chr01 NC_080387.1:19829346-19829353promoter 内 3811-3818 bp + 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 19827940-19829163(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCT
SmilChr04G000097 Chr04 NC_080390.1:880424-880431promoter 内 3797-3804 bp - 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 876169-880227(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 AGGTCAAC
SmilChr01G001738 Chr01 NC_080387.1:31982976-31982983promoter 内 3795-3802 bp + 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 31981239-31982777(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCT
SmilChr03G004073 Chr03 NC_080389.1:59692012-59692019promoter 内 3793-3800 bp + 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 59692220-59697900(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 AGGTCAAC
SmilChr01G001459 Chr01 NC_080387.1:28356262-28356269promoter 内 3783-3790 bp - 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 28356480-28359703(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCT
SmilChr01G004339 Chr01 NC_080387.1:61563573-61563580promoter 内 3781-3788 bp + 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 61558126-61563360(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCT
SmilChr05G001167 Chr05 NC_080391.1:9794882-9794889promoter 内 3780-3787 bp - 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 9793050-9794668(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 AGGTCAAC
SmilChr04G003312 Chr04 NC_080390.1:49843316-49843323promoter 内 3768-3775 bp + 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 49842026-49843090(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCT
SmilChr03G004096 Chr03 NC_080389.1:59829881-59829888promoter 内 3766-3773 bp - 228 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 59830116-59832213(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCT
SmilChr01G005388 Chr01 NC_080387.1:71174952-71174959promoter 内 3745-3752 bp - 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 71175208-71178122(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCT
SmilChr05G000774 Chr05 NC_080391.1:6035813-6035820promoter 内 3745-3752 bp - 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 6034367-6035564(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 AGGTCAAC
SmilChr02G001453 Chr02 NC_080388.1:27193391-27193398promoter 内 3732-3739 bp + 262 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 27193660-27194373(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 AGGTCAAC
SmilChr01G001861 Chr01 NC_080387.1:33569992-33569999promoter 内 3714-3721 bp - 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 33570279-33572198(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCT
SmilChr01G001101 Chr01 NC_080387.1:22530139-22530146promoter 内 3698-3705 bp + 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 22530442-22532019(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 AGGTCAAC
SmilChr02G001087 Chr02 NC_080388.1:19496521-19496528promoter 内 3694-3701 bp - 300 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 19496828-19501964(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCT
SmilChr02G000983 Chr02 NC_080388.1:17294806-17294813promoter 内 3693-3700 bp - 301 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 17293506-17294505(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 AGGTCAAC
SmilChr03G001812 Chr03 NC_080389.1:24740390-24740397promoter 内 3684-3691 bp - 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 24738227-24740080(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 AGGTCAAC
SmilChr02G001673 Chr02 NC_080388.1:30987653-30987660promoter 内 3674-3681 bp + 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 30987980-30989248(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 AGGTCAAC
SmilChr04G002963 Chr04 NC_080390.1:46011783-46011790promoter 内 3661-3668 bp + 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 46010779-46011450(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCT
SmilChr05G000626 Chr05 NC_080391.1:4730399-4730406promoter 内 3653-3660 bp - 341 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 4728857-4730058(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 AGGTCAAC
SmilChr03G004217 Chr03 NC_080389.1:60746348-60746355promoter 内 3644-3651 bp + 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 60745839-60745998(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCT
SmilChr04G000652 Chr04 NC_080390.1:7365646-7365653promoter 内 3644-3651 bp - 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 7363294-7365296(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 AGGTCAAC
SmilChr05G000656 Chr05 NC_080391.1:4943709-4943716promoter 内 3636-3643 bp - 358 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 4942157-4943351(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 AGGTCAAC
SmilChr05G001236 Chr05 NC_080391.1:10478222-10478229promoter 内 3631-3638 bp + 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 10474775-10477859(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCT
SmilChr01G001638 Chr01 NC_080387.1:30417002-30417009promoter 内 3627-3634 bp - 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 30417376-30420460(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCT
SmilChr05G000179 Chr05 NC_080391.1:1412966-1412973promoter 内 3620-3627 bp - 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 1413347-1417718(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCT
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