转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 106 / 151 下载 TSV

上一页 106 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000105 Chr03 NC_080389.1:1169156-1169168promoter 内 1099-1111 bp - 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1172058-1175844(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTTTTAGGTAAA
SmilChr02G005175 Chr02 NC_080388.1:73046861-73046873promoter 内 995-1007 bp + 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 73049867-73053673(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTTA
SmilChr04G003748 Chr04 NC_080390.1:53763763-53763775promoter 内 888-900 bp - 3101 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 53766876-53769333(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTAGG
SmilChr04G003088 Chr04 NC_080390.1:47508038-47508050promoter 内 791-803 bp + 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 47503546-47504840(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATAGTAGGTATC
SmilChr02G000276 Chr02 NC_080388.1:3534688-3534700promoter 内 693-705 bp - 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3529212-3531392(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTTA
SmilChr03G000856 Chr03 NC_080389.1:9792526-9792538promoter 内 637-649 bp + 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 9788275-9789174(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAATTAGGTAAT
SmilChr01G000030 Chr01 NC_080387.1:549278-549290promoter 内 621-633 bp + 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 544795-545910(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTTTTAGGTAAA
SmilChr02G003689 Chr02 NC_080388.1:58280351-58280363promoter 内 583-595 bp - 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 58283769-58293795(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACGGTTAGGTAAT
SmilChr02G002217 Chr02 NC_080388.1:39411550-39411562promoter 内 579-591 bp - 3410 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 39414972-39421699(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAATTAGGTAAT
SmilChr03G004438 Chr03 NC_080389.1:62520622-62520634promoter 内 522-534 bp + 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 62524101-62526501(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTTAC
SmilChr02G002299 Chr02 NC_080388.1:40577348-40577360promoter 内 516-528 bp - 3473 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 40580833-40588306(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAGGTAGGTGTC
SmilChr04G000530 Chr04 NC_080390.1:5839405-5839417promoter 内 433-445 bp - 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 5828579-5835849(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAAAC
SmilChr01G004830 Chr01 NC_080387.1:66432594-66432606promoter 内 390-402 bp + 3599 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 66436205-66438902(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTGCCTACCTCC
SmilChr05G001498 Chr05 NC_080391.1:13750295-13750307promoter 内 368-380 bp - 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 13753928-13755172(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAATTAGGTAAT
SmilChr02G001143 Chr02 NC_080388.1:20728441-20728453promoter 内 244-256 bp + 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 20718475-20724696(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAGGTAGGTGTC
SmilChr04G001800 Chr04 NC_080390.1:29474884-29474896promoter 内 153-165 bp + 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 29465572-29471048(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAATTTAGGTAAA
SmilChr03G003439 Chr03 NC_080389.1:52789379-52789391promoter 内 131-143 bp + 3858 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 52782533-52785521(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAATTTAGGTAAA
SmilChr05G001244 Chr05 NC_080391.1:10562884-10562896promoter 内 97-109 bp + 3892 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 10555588-10558992(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAATTAGGTAAT
SmilChr03G004516 Chr03 NC_080389.1:63200057-63200069promoter 内 46-58 bp + 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 63204012-63205192(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAAAC
SmilChr02G000503 Chr02 NC_080388.1:6912040-6912052promoter 内 37-49 bp - 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6906871-6908088(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTACCTACTGTA
SmilChr01G001442 Chr01 NC_080387.1:28110546-28110558promoter 内 2439-2451 bp - 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 4 28102489-28108996(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTTCA
SmilChr02G000817 Chr02 NC_080388.1:13659383-13659395promoter 内 3837-3849 bp + 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 13659547-13666006(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTACAAGG
SmilChr02G004182 Chr02 NC_080388.1:64134967-64134979promoter 内 3129-3141 bp - 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 64130316-64134107(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTTTA
SmilChr02G005305 Chr02 NC_080388.1:73979884-73979896promoter 内 2665-2677 bp - 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 73976678-73978560(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTTTA
SmilChr01G004293 Chr01 NC_080387.1:61140027-61140039promoter 内 1998-2010 bp + 1991 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 61135024-61138036(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTGGGAGGTAAA
SmilChr03G003244 Chr03 NC_080389.1:50336407-50336419promoter 内 1599-1611 bp + 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 50331753-50334017(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAAGTAGGTATA
SmilChr01G003004 Chr01 NC_080387.1:49038384-49038396promoter 内 1435-1447 bp - 2554 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 49027842-49035830(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTTTA
SmilChr02G004856 Chr02 NC_080388.1:70712438-70712450promoter 内 898-910 bp + 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 70707559-70709347(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATATTAGGTAAT
SmilChr02G005213 Chr02 NC_080388.1:73339396-73339408promoter 内 3970-3982 bp - 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73339427-73341167(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACGGGTAGGTATA
SmilChr03G000730 Chr03 NC_080389.1:8215108-8215120promoter 内 3935-3947 bp + 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 8212387-8215054(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAAGTAGGTATA
SmilChr05G000961 Chr05 NC_080391.1:7756062-7756074promoter 内 3892-3904 bp - 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7752882-7755965(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTTTA
SmilChr03G003967 Chr03 NC_080389.1:58722643-58722655promoter 内 3891-3903 bp - 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 58720553-58722545(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACACAG
SmilChr05G000896 Chr05 NC_080391.1:7090802-7090814promoter 内 3879-3891 bp - 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7087559-7090692(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTTTA
SmilChr04G000900 Chr04 NC_080390.1:11623190-11623202promoter 内 3806-3818 bp + 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11623385-11626005(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTTTA
SmilChr03G003870 Chr03 NC_080389.1:57802000-57802012promoter 内 3775-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 57802226-57804769(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAATA
SmilChr01G004969 Chr01 NC_080387.1:67794512-67794524promoter 内 3762-3774 bp - 227 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 67793183-67794285(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATACCTACCTGG
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SmilChr01G002167 Chr01 NC_080387.1:37759931-37759943promoter 内 3581-3593 bp - 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 37760351-37763466(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATTTTAGGTAAA
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SmilChr03G003898 Chr03 NC_080389.1:58072328-58072340promoter 内 3557-3569 bp + 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 58059440-58071896(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATTTTAGGTAAA
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