转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 107 / 128 下载 TSV

上一页 107 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003921 Chr03 NC_080389.1:58309495-58309509promoter 内 1268-1282 bp - 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 58306075-58306776(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAATCTCCACCGCCA
SmilChr07G003231 Chr07 NC_080393.1:34312763-34312777promoter 内 1251-1265 bp + 2736 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 34302185-34310027(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGCTGACGG
SmilChr03G003152 Chr03 NC_080389.1:48882953-48882967promoter 内 1192-1206 bp - 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 48879391-48880158(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCTCTCCACCGCTC
SmilChr04G001754 Chr04 NC_080390.1:28867407-28867421promoter 内 1180-1194 bp + 2807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 28860724-28864600(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGAGAA
SmilChr06G001935 Chr06 NC_080392.1:23554610-23554624promoter 内 1113-1127 bp + 2874 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 23557498-23560563(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAGTTCCACCGCTG
SmilChr03G000728 Chr03 NC_080389.1:8200768-8200782promoter 内 1065-1079 bp - 2922 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 8203704-8205971(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGCTGGTGG
SmilChr02G004406 Chr02 NC_080388.1:66390627-66390641promoter 内 1028-1042 bp + 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 66385204-66387668(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGTGGTGGAGGAGG
SmilChr01G005302 Chr01 NC_080387.1:70299851-70299865promoter 内 977-991 bp + 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 70302875-70303435(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCGACCACCGCCG
SmilChr02G003634 Chr02 NC_080388.1:57688347-57688361promoter 内 924-938 bp - 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 57677485-57685284(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGACTCCACCACCG
SmilChr06G000724 Chr06 NC_080392.1:6661125-6661139promoter 内 878-892 bp - 3109 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 6664248-6665279(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCTTCGC
SmilChr01G003357 Chr01 NC_080387.1:52322963-52322977promoter 内 847-861 bp + 3140 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 52318677-52319823(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGTGGTGGAGCTGG
SmilChr02G000042 Chr02 NC_080388.1:556214-556228promoter 内 846-860 bp + 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 548685-553073(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGGATGA
SmilChr05G003483 Chr05 NC_080391.1:46240170-46240184promoter 内 789-803 bp + 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 46243382-46243853(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGACTCCACCACCG
SmilChr02G004276 Chr02 NC_080388.1:64959706-64959720promoter 内 722-736 bp + 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 64954210-64956441(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGCTGCTGG
SmilChr01G002517 Chr01 NC_080387.1:43125832-43125846promoter 内 715-729 bp - 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 43118565-43122560(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCACTG
SmilChr02G004404 Chr02 NC_080388.1:66379040-66379054promoter 内 711-725 bp + 3276 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 66373233-66375764(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGTGGTGGAGGAGG
SmilChr04G001994 Chr04 NC_080390.1:32244733-32244747promoter 内 683-697 bp + 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 32237019-32241429(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCGGCGGAGGTGA
SmilChr06G001528 Chr06 NC_080392.1:16513231-16513245promoter 内 645-659 bp + 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 16505408-16509889(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGATGGTGGAGGGGG
SmilChr01G004606 Chr01 NC_080387.1:64032769-64032783promoter 内 602-616 bp + 3385 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 64036168-64040572(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCTCCACCACCT
SmilChr08G000927 Chr08 NC_080394.1:6838493-6838507promoter 内 585-599 bp + 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 6841909-6845305(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCTTCCACCGTCA
SmilChr02G002905 Chr02 NC_080388.1:49354842-49354856promoter 内 572-586 bp - 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 49358271-49373202(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGTAGGCGC
SmilChr08G001422 Chr08 NC_080394.1:11368114-11368128promoter 内 563-577 bp + 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 11371552-11375094(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCGCTTCACCGCCA
SmilChr04G003482 Chr04 NC_080390.1:51266440-51266454promoter 内 560-574 bp - 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 51269881-51274182(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTTGAGGAGG
SmilChr02G002953 Chr02 NC_080388.1:50084338-50084352promoter 内 536-550 bp + 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 50065498-50080887(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGTAGGCGC
SmilChr06G001593 Chr06 NC_080392.1:17610254-17610268promoter 内 518-532 bp - 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 17602652-17606785(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACTAGCCACCGCCG
SmilChr07G000362 Chr07 NC_080393.1:2477602-2477616promoter 内 421-435 bp + 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 2481182-2483742(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCATTTCCACCGCCA
SmilChr03G004457 Chr03 NC_080389.1:62666065-62666079promoter 内 405-419 bp - 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 62669661-62674843(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGTATG
SmilChr03G003923 Chr03 NC_080389.1:58309495-58309509promoter 内 308-322 bp - 3679 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 58313188-58319474(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGATTA
SmilChr06G001080 Chr06 NC_080392.1:10749655-10749669promoter 内 305-319 bp - 3682 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 10753351-10754692(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGCTGGCGC
SmilChr07G001600 Chr07 NC_080393.1:13344297-13344311promoter 内 201-215 bp + 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 13348097-13348651(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCTGCCACCGCCG
SmilChr07G003234 Chr07 NC_080393.1:34312763-34312777promoter 内 184-198 bp + 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 34304733-34308960(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGCTGACGG
SmilChr02G001270 Chr02 NC_080388.1:23261421-23261435promoter 内 175-189 bp + 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 23248477-23257609(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGAAC
SmilChr04G003919 Chr04 NC_080390.1:54877020-54877034promoter 内 168-182 bp + 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 54880853-54883102(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCATTTCCACCGCCA
SmilChr01G006000 Chr01 NC_080387.1:75593640-75593654promoter 内 145-159 bp + 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 75581816-75589798(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGAAC
SmilChr08G003187 Chr08 NC_080394.1:32623092-32623106promoter 内 143-157 bp + 3844 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 32615589-32619248(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGAAC
SmilChr02G000420 Chr02 NC_080388.1:5321147-5321161promoter 内 139-153 bp - 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 5325009-5328111(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGTGGTGGAGTCGG
SmilChr01G000617 Chr01 NC_080387.1:13607644-13607658promoter 内 111-125 bp - 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 13611534-13614649(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTGTCA
SmilChr04G003138 Chr04 NC_080390.1:47960483-47960497promoter 内 111-125 bp - 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 47964373-47973384(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGAAGAAGG
SmilChr01G005300 Chr01 NC_080387.1:70299851-70299865promoter 内 85-99 bp + 3902 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 70295068-70295949(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTCGGCG
SmilChr01G003993 Chr01 NC_080387.1:58356184-58356198promoter 内 77-91 bp + 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 58360108-58362362(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCGCTCCACCGCCC
SmilChr06G001934 Chr06 NC_080392.1:23554610-23554624promoter 内 71-85 bp + 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 23545456-23550694(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGAACTGG
SmilChr07G003146 Chr07 NC_080393.1:33363378-33363392promoter 内 37-51 bp + 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 33367342-33369404(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTTCTCCACCACCG
SmilChr03G001093 Chr03 NC_080389.1:12619129-12619143promoter 内 8-22 bp + 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 12623122-12624957(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTGCGACACCGCCA
SmilChr04G001205 Chr04 NC_080390.1:18638257-18638271promoter 内 3560-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 3 18638698-18649252(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGAAGG
SmilChr01G005375 Chr01 NC_080387.1:70980312-70980326promoter 内 3807-3821 bp - 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 70973790-70980132(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTTCTCCACCACCA
SmilChr01G003198 Chr01 NC_080387.1:50752129-50752143promoter 内 3573-3587 bp - 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 50752557-50757349(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGTCTA
SmilChr07G003903 Chr07 NC_080393.1:49134571-49134585promoter 内 3406-3420 bp + 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 49132595-49133990(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGAAGG
SmilChr03G002760 Chr03 NC_080389.1:43883253-43883267promoter 内 3175-3189 bp - 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 43880518-43882441(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTTCTGCCACCGCCA
SmilChr03G001117 Chr03 NC_080389.1:12883117-12883131promoter 内 2442-2456 bp - 1545 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 12884676-12886638(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGTGCGA
SmilChr02G005419 Chr02 NC_080388.1:74648630-74648644promoter 内 2298-2312 bp - 1689 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 74643948-74646941(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGTGCGCCACCGCCG