转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 108 / 140 下载 TSV

上一页 108 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001553 Chr02 NC_080388.1:28837738-28837752promoter 内 486-500 bp - 3501 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 28829532-28834237(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTGTGTAGGTGAAA
SmilChr01G004349 Chr01 NC_080387.1:61696397-61696411promoter 内 327-341 bp + 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 61690687-61692737(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCAAACCTAATTTTC
SmilChr01G005182 Chr01 NC_080387.1:69533249-69533263promoter 内 313-327 bp + 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 69536937-69538900(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCTATTAGGTGAGA
SmilChr03G003931 Chr03 NC_080389.1:58382449-58382463promoter 内 302-316 bp - 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 58377911-58378764(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGGAATTAGGTTAAT
SmilChr01G006183 Chr01 NC_080387.1:77354990-77355004promoter 内 290-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 77347535-77351293(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAAATCAAA
SmilChr01G002646 Chr01 NC_080387.1:44767972-44767986promoter 内 209-223 bp - 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 44771764-44773241(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAACACTTT
SmilChr02G000725 Chr02 NC_080388.1:11789122-11789136promoter 内 132-146 bp - 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 11784668-11785267(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTATTTAGGTGCAA
SmilChr03G001419 Chr03 NC_080389.1:16813410-16813424promoter 内 124-138 bp - 3863 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16817287-16817412(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGCACCTAAATACA
SmilChr02G003821 Chr02 NC_080388.1:59836229-59836243promoter 内 120-134 bp - 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 59823695-59832362(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTATTTAGGTGCAA
SmilChr02G000756 Chr02 NC_080388.1:12341427-12341441promoter 内 107-121 bp + 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 12333233-12337547(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGATACCTAATTATC
SmilChr03G003710 Chr03 NC_080389.1:56050365-56050379promoter 内 17-31 bp - 3970 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 56054349-56056859(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCTGACCTAATCTAC
SmilChr01G001403 Chr01 NC_080387.1:27643303-27643317promoter 内 13-27 bp - 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 27628802-27639329(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAATATTAGGTGGTT
SmilChr03G003409 Chr03 NC_080389.1:52427849-52427863promoter 内 3210-3224 bp + 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 52426249-52427072(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTACCCAATTTTT
SmilChr03G000176 Chr03 NC_080389.1:1909631-1909645promoter 内 1375-1389 bp - 2612 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 1903647-1907019(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTGATTAGGTGCGG
SmilChr03G000177 Chr03 NC_080389.1:1912431-1912445promoter 内 1292-1306 bp - 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 1915140-1916637(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCGCACCTAATCACA
SmilChr03G000199 Chr03 NC_080389.1:2265734-2265748promoter 内 3388-3402 bp + 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 2266347-2275551(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTGGGTGAAT
SmilChr01G006064 Chr01 NC_080387.1:76062326-76062340promoter 内 3209-3223 bp + 778 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 76063118-76066924(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TATTATTAGGTATAA
SmilChr02G000981 Chr02 NC_080388.1:17262960-17262974promoter 内 3167-3181 bp + 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 17263794-17268668(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCGAATTAGGTTCGC
SmilChr02G004383 Chr02 NC_080388.1:66180029-66180043promoter 内 2885-2899 bp - 1102 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 66181145-66184559(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTACCCAATTTTT
SmilChr02G002278 Chr02 NC_080388.1:40266978-40266992promoter 内 2512-2526 bp - 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 40268467-40269588(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGAGACCTAATTTGT
SmilChr01G001783 Chr01 NC_080387.1:32705494-32705508promoter 内 1589-1603 bp + 2398 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 32699486-32703096(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAACAAATT
SmilChr02G005379 Chr02 NC_080388.1:74470526-74470540promoter 内 1466-1480 bp + 2521 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 74461454-74468005(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGTAACCTAATACCC
SmilChr03G003878 Chr03 NC_080389.1:57890234-57890248promoter 内 1310-1324 bp - 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 57883768-57887557(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTCATGTAGGTGAAG
SmilChr01G003970 Chr01 NC_080387.1:58145650-58145664promoter 内 1302-1316 bp - 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 58141071-58142965(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACTTTTTAGGTGCAC
SmilChr02G000516 Chr02 NC_080388.1:7125482-7125496promoter 内 1253-1267 bp - 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 7120527-7122748(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTAATTAGGTTGAT
SmilChr03G001277 Chr03 NC_080389.1:14947059-14947073promoter 内 1234-1248 bp - 2753 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 14949826-14953038(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCCAACCTAATACCC
SmilChr02G002239 Chr02 NC_080388.1:39733404-39733418promoter 内 1081-1095 bp - 2906 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 39736324-39742802(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGTTACCTAATATAG
SmilChr02G005311 Chr02 NC_080388.1:74001707-74001721promoter 内 834-848 bp + 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 74004874-74006424(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATGTGTAGGTGAAT
SmilChr02G003658 Chr02 NC_080388.1:57960547-57960561promoter 内 707-721 bp - 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 57955652-57957267(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTTGTTGCAA
SmilChr02G003657 Chr02 NC_080388.1:57960547-57960561promoter 内 676-690 bp - 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 57954958-57957236(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTTGTTGCAA
SmilChr02G004062 Chr02 NC_080388.1:62918192-62918206promoter 内 667-681 bp + 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 62911482-62914872(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTCACCTACACATT
SmilChr01G004651 Chr01 NC_080387.1:64635122-64635136promoter 内 568-582 bp - 3419 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 64629285-64631703(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTGATTAGGTCAAC
SmilChr01G005871 Chr01 NC_080387.1:74653761-74653775promoter 内 303-317 bp + 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 74645371-74650077(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGGCACCTAATCCGA
SmilChr03G003671 Chr03 NC_080389.1:55554885-55554899promoter 内 3905-3919 bp + 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 55547875-55554803(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTAACCTAATTTAG
SmilChr01G005857 Chr01 NC_080387.1:74506812-74506826promoter 内 3899-3913 bp + 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 74497938-74506724(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGGCACCTAATCCGA
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SmilChr03G000349 Chr03 NC_080389.1:3920984-3920998promoter 内 3793-3807 bp - 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3919408-3920790(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TATTATTAGGTATAA
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