转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G004480; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00029285-RA_Salv SmilChr07G004480 WRKY XP_057776222.1 MP00531 CTTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9784 个结合位点 6663 个候选靶基因 第 109 / 134 下载 TSV

上一页 109 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000768 Chr03 NC_080389.1:8790642-8790654promoter 内 182-194 bp - 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 8780555-8786835(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTATTAT
SmilChr01G006035 Chr01 NC_080387.1:75872987-75872999promoter 内 175-187 bp + 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 75867731-75869173(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGACAAGTCAATG
SmilChr03G001505 Chr03 NC_080389.1:18402162-18402174promoter 内 135-147 bp + 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 18406028-18407845(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTATTGA
SmilChr01G003615 Chr01 NC_080387.1:54689019-54689031promoter 内 46-58 bp - 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54682165-54685076(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTATTCA
SmilChr01G001488 Chr01 NC_080387.1:28658268-28658280promoter 内 3901-3913 bp - 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 28658368-28662849(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GATCAAGTCAAAG
SmilChr01G004167 Chr01 NC_080387.1:60182906-60182918promoter 内 3184-3196 bp + 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 60180378-60182101(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTGAAAGTCAATA
SmilChr02G000987 Chr02 NC_080388.1:17362423-17362435promoter 内 2955-2967 bp + 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 17363469-17366231(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CATTGACTTTAAA
SmilChr01G003560 Chr01 NC_080387.1:54208425-54208437promoter 内 2451-2463 bp + 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 54203024-54206887(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTGGAAGTCAAAG
SmilChr02G005250 Chr02 NC_080388.1:73645006-73645018promoter 内 2313-2325 bp - 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 73646694-73649996(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCAGAAGTCAAGT
SmilChr02G005510 Chr02 NC_080388.1:75224198-75224210promoter 内 2239-2251 bp - 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 75222342-75222448(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr02G001814 Chr02 NC_080388.1:32981174-32981186promoter 内 2081-2093 bp + 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 32983094-32987735(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACCTTGAT
SmilChr02G004441 Chr02 NC_080388.1:66782362-66782374promoter 内 1964-1976 bp - 2025 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 66784399-66786844(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CAAAGAGTCAAAT
SmilChr01G002309 Chr01 NC_080387.1:40063773-40063785promoter 内 1607-1619 bp + 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 40066167-40066763(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTCTTGG
SmilChr01G001883 Chr01 NC_080387.1:33865012-33865024promoter 内 1285-1297 bp - 2704 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 33867728-33868929(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTAAAGTCAATG
SmilChr01G005066 Chr01 NC_080387.1:68559195-68559207promoter 内 1221-1233 bp - 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 68550983-68556427(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GGATGACTTTTTT
SmilChr01G003639 Chr01 NC_080387.1:54893107-54893119promoter 内 3932-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54890600-54893050(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CAACAAGTCAAGA
SmilChr02G000733 Chr02 NC_080388.1:11901836-11901848promoter 内 3910-3922 bp - 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 11901927-11905414(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCCCAAGTCAACC
SmilChr01G003621 Chr01 NC_080387.1:54768212-54768224promoter 内 3903-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54765630-54768126(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CAACAAGTCAAGA
SmilChr02G005228 Chr02 NC_080388.1:73484009-73484021promoter 内 3898-3910 bp + 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 73479839-73483918(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GAGTAAGTCAAAA
SmilChr01G002997 Chr01 NC_080387.1:48921224-48921236promoter 内 3897-3909 bp - 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 48921328-48923133(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAGAAGTCAATA
SmilChr01G004436 Chr01 NC_080387.1:62453345-62453357promoter 内 3866-3878 bp + 123 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 62453480-62462374(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GATTGACTTTGAG
SmilChr03G000462 Chr03 NC_080389.1:4944829-4944841promoter 内 3839-3851 bp + 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 4944991-4950450(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACCATTTC
SmilChr01G004242 Chr01 NC_080387.1:60724481-60724493promoter 内 3766-3778 bp - 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 60723333-60724258(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACCATTTC
SmilChr02G002997 Chr02 NC_080388.1:50657536-50657548promoter 内 3733-3745 bp - 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 50655176-50657280(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTCTTGG
SmilChr02G001649 Chr02 NC_080388.1:30586091-30586103promoter 内 3609-3621 bp - 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 30586483-30588566(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGTAAAGTCAATC
SmilChr02G001631 Chr02 NC_080388.1:30268366-30268378promoter 内 3605-3617 bp - 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 30268762-30270844(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGTAAAGTCAATC
SmilChr03G001285 Chr03 NC_080389.1:15023525-15023537promoter 内 3544-3556 bp + 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 15023982-15027894(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCTTGACTTCGGC
SmilChr01G001403 Chr01 NC_080387.1:27639932-27639944promoter 内 3386-3398 bp + 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 27628802-27639329(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTGAAAGTCAATA
SmilChr01G002594 Chr01 NC_080387.1:44074135-44074147promoter 内 3344-3356 bp + 645 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 44074792-44079642(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTCCTC
SmilChr01G001929 Chr01 NC_080387.1:34455076-34455088promoter 内 3180-3192 bp - 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 34455897-34457066(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTAAAGTCAATG
SmilChr02G002796 Chr02 NC_080388.1:48056525-48056537promoter 内 3065-3077 bp + 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 48039990-48055601(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GGCTAAGTCAACC
SmilChr02G004915 Chr02 NC_080388.1:71126301-71126313promoter 内 3015-3027 bp - 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 71127287-71131478(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CAACAAGTCAAGA
SmilChr01G005026 Chr01 NC_080387.1:68227956-68227968promoter 内 2874-2886 bp + 1115 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 68217077-68226841(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCAGAAGTCAAGT
SmilChr01G000966 Chr01 NC_080387.1:20502132-20502144promoter 内 2850-2862 bp + 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 20503283-20504971(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GGTTGACTTGGCC
SmilChr01G004953 Chr01 NC_080387.1:67605380-67605392promoter 内 2825-2837 bp - 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 67606556-67615522(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTAAAGTCAATG
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