转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005851; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011948-RA_Salv SmilChr01G005851 MYB XP_057789306.1 MP00055 CAGATAAGGT

可能结合的靶基因

9685 个结合位点 6638 个候选靶基因 第 11 / 133 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000249 Chr02 NC_080388.1:3219496-3219505promoter 内 1341-1350 bp + 2651 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 3211379-3216845(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCCA
SmilChr01G001320 Chr01 NC_080387.1:26225600-26225609promoter 内 1307-1316 bp - 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 26228294-26230613(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCCA
SmilChr01G004887 Chr01 NC_080387.1:66930141-66930150promoter 内 1244-1253 bp - 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 66932898-66933727(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCCA
SmilChr02G000628 Chr02 NC_080388.1:9452592-9452601promoter 内 1200-1209 bp - 2792 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 9455393-9456815(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCCA
SmilChr01G003719 Chr01 NC_080387.1:55516628-55516637promoter 内 1101-1110 bp - 2891 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 55519528-55523997(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCCA
SmilChr01G005352 Chr01 NC_080387.1:70766225-70766234promoter 内 633-642 bp + 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 70761623-70762866(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCCA
SmilChr02G002225 Chr02 NC_080388.1:39573051-39573060promoter 内 613-622 bp + 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 39567398-39569672(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCCA
SmilChr01G003820 Chr01 NC_080387.1:56543010-56543019promoter 内 391-400 bp - 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 56546620-56550205(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCCA
SmilChr02G003227 Chr02 NC_080388.1:53530412-53530421promoter 内 229-238 bp - 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 53534184-53541115(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCCA
SmilChr02G002812 Chr02 NC_080388.1:48174558-48174567promoter 内 194-203 bp + 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 48178365-48180165(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGT
SmilChr02G002769 Chr02 NC_080388.1:47755987-47755996promoter 内 154-163 bp - 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 47750368-47752149(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGT
SmilChr02G003471 Chr02 NC_080388.1:56013433-56013442promoter 内 18-27 bp + 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 56017416-56023072(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGT
SmilChr02G002754 Chr02 NC_080388.1:47569064-47569073promoter 内 3678-3687 bp - 314 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 5 47567429-47568750(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CGGATAAGGA
SmilChr02G000601 Chr02 NC_080388.1:8708807-8708816promoter 内 2947-2956 bp + 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 5 8709861-8722322(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGG
SmilChr01G003672 Chr01 NC_080387.1:55163736-55163745promoter 内 739-748 bp + 3253 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 5 55155753-55160483(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCCG
SmilChr02G004584 Chr02 NC_080388.1:68335854-68335863promoter 内 2950-2959 bp + 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 4 68336905-68341258(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGG
SmilChr02G003506 Chr02 NC_080388.1:56247292-56247301promoter 内 2822-2831 bp + 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 4 56244107-56246122(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCCA
SmilChr02G003558 Chr02 NC_080388.1:56750173-56750182promoter 内 2781-2790 bp + 1211 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 4 56746991-56748962(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCCA
SmilChr02G000357 Chr02 NC_080388.1:4606494-4606503promoter 内 601-610 bp + 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 4 4601080-4603103(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCCG
SmilChr03G000987 Chr03 NC_080389.1:11181499-11181508promoter 内 3990-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 11181510-11189568(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCCA
SmilChr01G003770 Chr01 NC_080387.1:56069748-56069757promoter 内 3976-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 56067922-56069732(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCCG
SmilChr01G002173 Chr01 NC_080387.1:37814887-37814896promoter 内 3684-3693 bp + 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 37813497-37814579(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCCA
SmilChr01G004345 Chr01 NC_080387.1:61609483-61609492promoter 内 3379-3388 bp - 613 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 61610105-61613153(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCCG
SmilChr02G003909 Chr02 NC_080388.1:61145751-61145760promoter 内 3161-3170 bp - 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 61141637-61144920(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CGGATAAGGA
SmilChr01G001187 Chr01 NC_080387.1:23986424-23986433promoter 内 2947-2956 bp + 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 23987478-24027590(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGG
SmilChr01G001186 Chr01 NC_080387.1:23986424-23986433promoter 内 2884-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 23982661-23985316(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCCA
SmilChr01G004344 Chr01 NC_080387.1:61609078-61609087promoter 内 2792-2801 bp - 1200 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 61602473-61607878(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CGGATAAGGA
SmilChr02G005233 Chr02 NC_080388.1:73535406-73535415promoter 内 2545-2554 bp - 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 73532384-73533959(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGG
SmilChr01G000527 Chr01 NC_080387.1:10750005-10750014promoter 内 1985-1994 bp - 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 10744899-10747998(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGG
SmilChr01G001163 Chr01 NC_080387.1:23620872-23620881promoter 内 1383-1392 bp + 2609 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 23617057-23618263(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCCA
SmilChr02G003996 Chr02 NC_080388.1:62283963-62283972promoter 内 1322-1331 bp - 2670 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 62286642-62291386(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCCG
SmilChr02G005296 Chr02 NC_080388.1:73928603-73928612promoter 内 962-971 bp + 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 73931642-73942575(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGG
SmilChr01G000327 Chr01 NC_080387.1:6617387-6617396promoter 内 917-926 bp + 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 6620471-6623501(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGG
SmilChr01G000247 Chr01 NC_080387.1:4654096-4654105promoter 内 201-210 bp - 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 4649148-4650305(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CGGATAAGGA
SmilChr01G000105 Chr01 NC_080387.1:1843479-1843488promoter 内 58-67 bp - 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 1837296-1839545(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CGGATAAGGA
SmilChr01G002355 Chr01 NC_080387.1:40738631-40738640promoter 内 3804-3813 bp - 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 40738828-40740898(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCCG
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