转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001252; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025976-RA_Salv SmilChr03G001252 bZIP XP_057802461.1 MP00291 AATGGTCACGTGGCA

可能结合的靶基因

9321 个结合位点 6894 个候选靶基因 第 11 / 138 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000493 Chr04 NC_080390.1:5380698-5380712promoter 内 377-391 bp - 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 5384322-5389410(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGGCACGC
SmilChr03G001816 Chr03 NC_080389.1:24834935-24834949promoter 内 2545-2559 bp + 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 24836391-24838682(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GATGACGACGTGGCG
SmilChr03G002598 Chr03 NC_080389.1:41278634-41278648promoter 内 2337-2351 bp + 1650 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 41280298-41281218(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CCCGGTGACGTGGCA
SmilChr07G003355 Chr07 NC_080393.1:36039215-36039229promoter 内 1755-1769 bp - 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 36041461-36041949(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGAGATCT
SmilChr04G000503 Chr04 NC_080390.1:5502184-5502198promoter 内 1252-1266 bp - 2735 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 5495844-5499449(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTGGATGACGTGGCA
SmilChr03G000707 Chr03 NC_080389.1:7869157-7869171promoter 内 3930-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 7864881-7869100(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGGCACCC
SmilChr08G001381 Chr08 NC_080394.1:11015369-11015383promoter 内 3689-3703 bp + 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 11005805-11015071(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGGCACGC
SmilChr08G000713 Chr08 NC_080394.1:5293743-5293757promoter 内 3685-3699 bp - 302 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 5294059-5297042(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCAGCGGT
SmilChr08G000883 Chr08 NC_080394.1:6533155-6533169promoter 内 3645-3659 bp + 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 6527828-6532813(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCAACTCC
SmilChr01G001878 Chr01 NC_080387.1:33807121-33807135promoter 内 2819-2833 bp - 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 33808303-33811676(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCAACTTC
SmilChr01G005009 Chr01 NC_080387.1:68116781-68116795promoter 内 2503-2517 bp - 1484 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 68118279-68120350(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCGGATTT
SmilChr08G000059 Chr08 NC_080394.1:345341-345355promoter 内 1570-1584 bp + 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 347772-350009(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATCTGCCACGTGGCA
SmilChr08G000057 Chr08 NC_080394.1:345341-345355promoter 内 1498-1512 bp + 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 340434-342852(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGGCAGAT
SmilChr03G004041 Chr03 NC_080389.1:59414424-59414438promoter 内 1306-1320 bp + 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 59417119-59419256(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TCAGGACACGTGGCA
SmilChr01G001360 Chr01 NC_080387.1:26935490-26935504promoter 内 1294-1308 bp - 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 26931747-26932797(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGGTGCCACGTGGCG
SmilChr06G002551 Chr06 NC_080392.1:36649713-36649727promoter 内 3971-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 36649743-36651784(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGGTCCCACGTGGCA
SmilChr03G001278 Chr03 NC_080389.1:14969588-14969602promoter 内 3930-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 14969659-14969730(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCAACACT
SmilChr03G003237 Chr03 NC_080389.1:50272609-50272623promoter 内 3815-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 50272795-50275365(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCATCATA
SmilChr02G003395 Chr02 NC_080388.1:55072532-55072546promoter 内 3486-3500 bp + 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 55063768-55072031(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCAACTTC
SmilChr04G003481 Chr04 NC_080390.1:51254219-51254233promoter 内 3355-3369 bp + 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 51252682-51253587(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCATCACA
SmilChr02G002157 Chr02 NC_080388.1:38796761-38796775promoter 内 2939-2953 bp - 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 38797823-38799308(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCGGATTT
SmilChr04G001686 Chr04 NC_080390.1:27886206-27886220promoter 内 2445-2459 bp + 1542 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 27887762-27890697(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTATGACACGTGGCA
SmilChr04G001137 Chr04 NC_080390.1:16699169-16699183promoter 内 2441-2455 bp + 1546 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 16700729-16708920(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAGGTCGACGTGGCA
SmilChr03G003240 Chr03 NC_080389.1:50308042-50308056promoter 内 1987-2001 bp + 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 50305301-50306042(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCATCATA
SmilChr01G000016 Chr01 NC_080387.1:344166-344180promoter 内 1978-1992 bp - 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 346189-354787(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGATCAAA
SmilChr04G003472 Chr04 NC_080390.1:51192909-51192923promoter 内 1873-1887 bp - 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 51186651-51190795(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGGGCAGACGTGGCA
SmilChr01G000111 Chr01 NC_080387.1:1882506-1882520promoter 内 1682-1696 bp + 2305 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 1871608-1880201(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGATCAAA
SmilChr06G002183 Chr06 NC_080392.1:30181069-30181083promoter 内 1222-1236 bp - 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 30173892-30178304(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAGGTCGACGTGGCA
SmilChr04G003480 Chr04 NC_080390.1:51254219-51254233promoter 内 1210-1224 bp + 2777 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 51247623-51251442(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCATCACA
SmilChr05G001816 Chr05 NC_080391.1:18175688-18175702promoter 内 1074-1088 bp - 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 18178615-18179317(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGATCAAA
SmilChr02G001725 Chr02 NC_080388.1:31759333-31759347promoter 内 815-829 bp - 3172 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 31762519-31763588(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGAGCTCG
SmilChr08G000712 Chr08 NC_080394.1:5292938-5292952promoter 内 767-781 bp + 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 5282715-5289718(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCAGCGGT
SmilChr07G002021 Chr07 NC_080393.1:18161144-18161158promoter 内 633-647 bp + 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 18155188-18157790(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGATCAAA
SmilChr08G004021 Chr08 NC_080394.1:48652304-48652318promoter 内 314-328 bp - 3673 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 48647032-48648631(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAAGTTGACGTGGCA
SmilChr05G002081 Chr05 NC_080391.1:21740666-21740680promoter 内 47-61 bp - 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 21744620-21746183(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCAACACT
SmilChr05G003320 Chr05 NC_080391.1:43492991-43493005promoter 内 3768-3782 bp - 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 5 43491793-43492772(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTGATGACGTGGCG
SmilChr02G000258 Chr02 NC_080388.1:3302842-3302856promoter 内 3744-3758 bp - 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 4 3303099-3307437(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTCAGCGCT
SmilChr08G004850 Chr08 NC_080394.1:57721327-57721341promoter 内 3654-3668 bp + 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 4 57721674-57723930(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTGATGACGTGGCG
SmilChr07G001017 Chr07 NC_080393.1:7385610-7385624promoter 内 3433-3447 bp + 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 4 7386178-7389248(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTGATGACGTGGCG
SmilChr02G001684 Chr02 NC_080388.1:31074165-31074179promoter 内 2896-2910 bp - 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 4 31070324-31073074(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTGATGACGTGGCG
SmilChr08G004161 Chr08 NC_080394.1:50893262-50893276promoter 内 2854-2868 bp + 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 4 50889040-50892129(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTCATCACC
SmilChr07G000923 Chr07 NC_080393.1:6587477-6587491promoter 内 2293-2307 bp - 1694 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 4 6582310-6585783(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTGATGACGTGGCG
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SmilChr03G002330 Chr03 NC_080389.1:36662045-36662059promoter 内 3878-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 36662168-36662685(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CATGTCCACGTGGCA
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SmilChr03G003685 Chr03 NC_080389.1:55708928-55708942promoter 内 3050-3064 bp + 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 55707074-55707991(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTCACTC
SmilChr08G003439 Chr08 NC_080394.1:36714708-36714722promoter 内 3943-3957 bp + 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 36714766-36717843(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAGTGACACGTGGCA
SmilChr06G003104 Chr06 NC_080392.1:43901407-43901421promoter 内 3921-3935 bp - 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 43900909-43901341(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGAGATGACGTGGCA
SmilChr04G002101 Chr04 NC_080390.1:33900204-33900218promoter 内 3828-3842 bp - 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 33895820-33900045(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCGATGACGTGGCA
SmilChr05G001846 Chr05 NC_080391.1:18489271-18489285promoter 内 3765-3779 bp - 222 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 18486971-18489049(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTGATGACGTGGCG