转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 11 / 161 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004059 Chr03 NC_080389.1:59551611-59551625promoter 内 354-368 bp - 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 59539744-59547978(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACTTGTCGGCAGGGG
SmilChr02G000931 Chr02 NC_080388.1:16231280-16231294promoter 内 310-324 bp + 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 16234971-16238879(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCTGTCGGCGGAGT
SmilChr06G001255 Chr06 NC_080392.1:13051022-13051036promoter 内 230-244 bp + 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 13054793-13056103(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCTGTCGGCGGAGT
SmilChr01G005686 Chr01 NC_080387.1:73109098-73109112promoter 内 96-110 bp + 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 73113003-73117631(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TAATGTCGGCGGCGA
SmilChr03G001314 Chr03 NC_080389.1:15404511-15404525promoter 内 33-47 bp + 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 15408479-15412295(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CATCGTCGGCAACGG
SmilChr01G005514 Chr01 NC_080387.1:71977235-71977249promoter 内 24-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 71970230-71973272(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCGCCGCCGACATCC
SmilChr02G000217 Chr02 NC_080388.1:2836510-2836524promoter 内 4-18 bp + 3983 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 2827451-2832527(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCCTCGCCGACACTT
SmilChr02G002379 Chr02 NC_080388.1:41700667-41700681promoter 内 2773-2787 bp + 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 41698427-41699453(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACGCCGCCGACATCA
SmilChr07G000893 Chr07 NC_080393.1:6417668-6417682promoter 内 2626-2640 bp - 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 6419043-6423948(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGCTCGCCGACAGTG
SmilChr06G002711 Chr06 NC_080392.1:39192421-39192435promoter 内 2577-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 39189633-39191011(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GAGCGTCGGCAACGG
SmilChr02G000495 Chr02 NC_080388.1:6835513-6835527promoter 内 1394-1408 bp - 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 6832840-6832920(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGATGTCGGCGAGGG
SmilChr06G000697 Chr06 NC_080392.1:6202490-6202504promoter 内 796-810 bp - 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 6205695-6209469(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTCCGCCGACAAGA
SmilChr07G000537 Chr07 NC_080393.1:3712733-3712747promoter 内 331-345 bp + 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 3716403-3731559(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TAATGTCGGCAGGGG
SmilChr07G002210 Chr07 NC_080393.1:20364963-20364977promoter 内 3850-3864 bp - 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 20365114-20367558(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCAGCCGACACAA
SmilChr04G003229 Chr04 NC_080390.1:49130933-49130947promoter 内 3649-3663 bp - 338 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 49129572-49130595(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTTGTCGGCGAGAG
SmilChr01G004652 Chr01 NC_080387.1:64637068-64637082promoter 内 3527-3541 bp - 460 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 64637542-64637843(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCTCGCCGACATCT
SmilChr06G002365 Chr06 NC_080392.1:34465785-34465799promoter 内 3524-3538 bp + 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 34466262-34470766(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGATGTCGGCGAGGG
SmilChr05G003361 Chr05 NC_080391.1:44406779-44406793promoter 内 3401-3415 bp - 586 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 44407379-44408224(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTCCGCCGACAGTT
SmilChr08G003891 Chr08 NC_080394.1:46252551-46252565promoter 内 3239-3253 bp - 748 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 46250869-46251803(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGTGTCGGCAGTGC
SmilChr04G001013 Chr04 NC_080390.1:14124002-14124016promoter 内 2878-2892 bp - 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 14125125-14125916(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTGTCGCCGACACCA
SmilChr04G001000 Chr04 NC_080390.1:13889279-13889293promoter 内 2853-2867 bp - 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 13890427-13890912(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTGTCGCCGACACCA
SmilChr02G000724 Chr02 NC_080388.1:11706535-11706549promoter 内 2677-2691 bp + 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 11701744-11705225(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGGCGCCGACAGAA
SmilChr01G002408 Chr01 NC_080387.1:41551123-41551137promoter 内 2329-2343 bp - 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 41455579-41549465(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TAATGTCGGCAACGG
SmilChr07G003763 Chr07 NC_080393.1:45985532-45985546promoter 内 1705-1719 bp - 2282 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 45973873-45983250(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGATGTCGGCGAGGG
SmilChr01G002375 Chr01 NC_080387.1:40960966-40960980promoter 内 1592-1606 bp + 2395 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 40963375-40970669(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGTGTCGGCAGTGA
SmilChr02G002071 Chr02 NC_080388.1:37294273-37294287promoter 内 1590-1604 bp + 2397 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 37296684-37298030(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGATGTCGGCGAGGG
SmilChr04G001904 Chr04 NC_080390.1:31110710-31110724promoter 内 1540-1554 bp - 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 31107244-31108263(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTTGTCGGCAGAAG
SmilChr02G002194 Chr02 NC_080388.1:39161782-39161796promoter 内 1231-1245 bp + 2756 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 39158517-39159026(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATCCCGCCGACACAG
SmilChr04G001014 Chr04 NC_080390.1:14124002-14124016promoter 内 1092-1106 bp - 2895 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 14126911-14128089(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTGTCGCCGACACCA
SmilChr08G000353 Chr08 NC_080394.1:2429824-2429838promoter 内 1071-1085 bp + 2916 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 2425433-2426908(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTCCGCCGACAGAT
SmilChr01G000865 Chr01 NC_080387.1:18541254-18541268promoter 内 1051-1065 bp + 2936 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 18544204-18546483(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTTGTCGGCGAGAG
SmilChr01G000867 Chr01 NC_080387.1:18545105-18545119promoter 内 1051-1065 bp + 2936 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 18548055-18550334(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTTGTCGGCGAGAG
SmilChr01G000863 Chr01 NC_080387.1:18537433-18537447promoter 内 853-867 bp + 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 18540581-18542632(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTTGTCGGCGAGAG
SmilChr08G001252 Chr08 NC_080394.1:9942965-9942979promoter 内 559-573 bp + 3428 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 9936875-9939537(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTGTCGCCGACAACG
SmilChr01G000864 Chr01 NC_080387.1:18545105-18545119promoter 内 436-450 bp + 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 18540699-18541554(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTCTCGCCGACAACA
SmilChr01G000866 Chr01 NC_080387.1:18548956-18548970promoter 内 436-450 bp + 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 18544550-18545405(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTCTCGCCGACAACA
SmilChr08G001952 Chr08 NC_080394.1:17179019-17179033promoter 内 231-245 bp + 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 17182789-17184070(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCGTGTCGGCGACCG
SmilChr02G004929 Chr02 NC_080388.1:71293241-71293255promoter 内 999-1013 bp + 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 71296243-71300602(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTTGTCGGCGGCAA
SmilChr02G000384 Chr02 NC_080388.1:4793107-4793121promoter 内 3147-3161 bp - 840 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 4793961-4795480(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTCCGCCGACACTA
SmilChr04G003574 Chr04 NC_080390.1:52161189-52161203promoter 内 2896-2910 bp - 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 52157094-52160098(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAATGTCGGCAGCGA
SmilChr05G000373 Chr05 NC_080391.1:2776055-2776069promoter 内 1749-1763 bp + 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 2778307-2796734(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGTTGTCGGCGGCAA
SmilChr01G001886 Chr01 NC_080387.1:33963568-33963582promoter 内 3679-3693 bp - 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 33959204-33963260(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTTTGTCGGCAAAGA
SmilChr04G003120 Chr04 NC_080390.1:47768004-47768018promoter 内 3496-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 47759909-47767513(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTTCGCCGACAGCA
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SmilChr05G003186 Chr05 NC_080391.1:40767074-40767088promoter 内 2840-2854 bp - 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 40768235-40775102(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCGGCGCCGACACCG
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SmilChr01G003138 Chr01 NC_080387.1:50167884-50167898promoter 内 2692-2706 bp + 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 50165129-50166589(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGGCGCCGACAAAC
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