转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 11 / 151 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003505 Chr02 NC_080388.1:56239030-56239042promoter 内 2441-2453 bp + 1548 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 56240590-56243338(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr04G000305 Chr04 NC_080390.1:2816255-2816267promoter 内 2420-2432 bp + 1569 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 2817836-2820909(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr01G005116 Chr01 NC_080387.1:68946156-68946168promoter 内 2414-2426 bp + 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 68947743-68949016(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr04G000585 Chr04 NC_080390.1:6496431-6496443promoter 内 2403-2415 bp - 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 6498029-6499664(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G005114 Chr01 NC_080387.1:68912898-68912910promoter 内 2400-2412 bp + 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 68914499-68919240(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr04G003611 Chr04 NC_080390.1:52597794-52597806promoter 内 2377-2389 bp - 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 52599418-52601315(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G000543 Chr04 NC_080390.1:6056894-6056906promoter 内 2376-2388 bp + 1613 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 6050741-6055281(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G001404 Chr05 NC_080391.1:12616229-12616241promoter 内 2347-2359 bp - 1642 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 12617883-12617954(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G004174 Chr04 NC_080390.1:56362257-56362269promoter 内 2344-2356 bp + 1645 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 56358324-56360612(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAGGTAGGTAAG
SmilChr02G000343 Chr02 NC_080388.1:4468546-4468558promoter 内 2340-2352 bp + 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 4470207-4470950(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCTACCTACCATT
SmilChr02G005326 Chr02 NC_080388.1:74122960-74122972promoter 内 2328-2340 bp - 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 74118531-74121299(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCATA
SmilChr01G004207 Chr01 NC_080387.1:60508089-60508101promoter 内 2327-2339 bp + 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 60509763-60514700(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr01G002284 Chr01 NC_080387.1:39629730-39629742promoter 内 2321-2333 bp + 1668 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 39631410-39633211(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr05G001128 Chr05 NC_080391.1:9419264-9419276promoter 内 2229-2241 bp + 1760 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 9417052-9417504(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGGA
SmilChr04G000385 Chr04 NC_080390.1:3910762-3910774promoter 内 2227-2239 bp - 1762 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 3912536-3913039(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGAGGTAGGTAGA
SmilChr01G004971 Chr01 NC_080387.1:67809830-67809842promoter 内 2223-2235 bp + 1766 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 67801578-67808064(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G002491 Chr04 NC_080390.1:39798816-39798828promoter 内 2211-2223 bp - 1778 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 39800606-39802346(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G000156 Chr04 NC_080390.1:1365825-1365837promoter 内 2196-2208 bp - 1793 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 1360728-1364032(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr01G005359 Chr01 NC_080387.1:70812749-70812761promoter 内 2175-2187 bp - 1814 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 70809376-70810935(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr05G001922 Chr05 NC_080391.1:19486428-19486440promoter 内 2170-2182 bp - 1819 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 19482742-19484609(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr01G004994 Chr01 NC_080387.1:67984294-67984306promoter 内 2166-2178 bp + 1823 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 67978779-67982471(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr03G003363 Chr03 NC_080389.1:51975627-51975639promoter 内 2162-2174 bp - 1827 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 51977466-51980894(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATGGTAGGTGAA
SmilChr01G002788 Chr01 NC_080387.1:46353670-46353682promoter 内 2161-2173 bp + 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 46347565-46351842(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G003567 Chr02 NC_080388.1:56844778-56844790promoter 内 2125-2137 bp + 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 56846654-56848096(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr01G000731 Chr01 NC_080387.1:16269949-16269961promoter 内 2096-2108 bp + 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 16265866-16268056(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G005090 Chr02 NC_080388.1:72491463-72491475promoter 内 2056-2068 bp - 1933 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 72493408-72500890(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr03G003796 Chr03 NC_080389.1:57047408-57047420promoter 内 2021-2033 bp - 1968 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 57044669-57045440(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr01G000442 Chr01 NC_080387.1:8991483-8991495promoter 内 2019-2031 bp + 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 8993465-8995763(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr05G000865 Chr05 NC_080391.1:6859873-6859885promoter 内 1998-2010 bp + 1991 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 6861876-6864054(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr01G005901 Chr01 NC_080387.1:74906423-74906435promoter 内 1981-1993 bp - 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 74908443-74909244(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G004100 Chr04 NC_080390.1:55973074-55973086promoter 内 1962-1974 bp + 2027 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 55966158-55971047(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G004058 Chr04 NC_080390.1:55736273-55736285promoter 内 1892-1904 bp - 2097 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 55731732-55734176(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCATA
SmilChr03G001392 Chr03 NC_080389.1:16502105-16502117promoter 内 1834-1846 bp - 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 16504272-16507413(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G005028 Chr02 NC_080388.1:72017481-72017493promoter 内 1828-1840 bp + 2161 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 72019654-72023823(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCATA
SmilChr05G001154 Chr05 NC_080391.1:9683740-9683752promoter 内 1827-1839 bp + 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 9685914-9685998(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr05G001496 Chr05 NC_080391.1:13730763-13730775promoter 内 1769-1781 bp - 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 13732995-13734050(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
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SmilChr05G001153 Chr05 NC_080391.1:9683740-9683752promoter 内 1416-1428 bp + 2573 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 9679754-9681167(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA