转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G001791; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007112-RA_Salv SmilChr02G001791 TCP XP_057795933.1 MP00062 GGGACCAC

可能结合的靶基因

7249 个结合位点 6454 个候选靶基因 第 110 / 130 下载 TSV

上一页 110 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003464 Chr08 NC_080394.1:37233328-37233335promoter 内 967-974 bp + 3027 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 37236362-37237661(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr02G003659 Chr02 NC_080388.1:57962003-57962010promoter 内 964-971 bp - 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 57965040-57967019(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr02G000054 Chr02 NC_080388.1:713370-713377promoter 内 963-970 bp - 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 709977-710339(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr06G001446 Chr06 NC_080392.1:15268252-15268259promoter 内 963-970 bp + 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 15271290-15274894(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr06G002930 Chr06 NC_080392.1:42153105-42153112promoter 内 963-970 bp - 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 42156143-42163095(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr07G000392 Chr07 NC_080393.1:2642609-2642616promoter 内 963-970 bp - 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 2645647-2647580(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr02G003796 Chr02 NC_080388.1:59610422-59610429promoter 内 962-969 bp - 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 59604815-59607390(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr07G002405 Chr07 NC_080393.1:22405649-22405656promoter 内 962-969 bp + 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 22408688-22409723(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr08G004463 Chr08 NC_080394.1:54316079-54316086promoter 内 962-969 bp + 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 54310105-54313047(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr07G001316 Chr07 NC_080393.1:10122935-10122942promoter 内 961-968 bp - 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 10118784-10119902(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr04G000618 Chr04 NC_080390.1:6988053-6988060promoter 内 960-967 bp + 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 6991094-6991486(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr07G000457 Chr07 NC_080393.1:3238704-3238711promoter 内 959-966 bp + 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 3233129-3235669(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr05G002028 Chr05 NC_080391.1:21061481-21061488promoter 内 958-965 bp - 3036 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 21064524-21068807(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr02G005237 Chr02 NC_080388.1:73562557-73562564promoter 内 957-964 bp - 3037 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 73555437-73559520(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr03G004228 Chr03 NC_080389.1:60816413-60816420promoter 内 955-962 bp - 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 60810949-60813374(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr04G000704 Chr04 NC_080390.1:8192636-8192643promoter 内 954-961 bp - 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 8195683-8196330(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr02G004515 Chr02 NC_080388.1:67686585-67686592promoter 内 953-960 bp - 3041 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 67679698-67683544(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr04G002072 Chr04 NC_080390.1:33475827-33475834promoter 内 953-960 bp + 3041 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 33467828-33472786(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr07G001714 Chr07 NC_080393.1:14565815-14565822promoter 内 946-953 bp - 3048 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 14551315-14562767(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr05G003669 Chr05 NC_080391.1:49645341-49645348promoter 内 945-952 bp + 3049 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 49641705-49642292(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr08G004490 Chr08 NC_080394.1:54526292-54526299promoter 内 945-952 bp - 3049 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 54529348-54533700(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr01G004566 Chr01 NC_080387.1:63735137-63735144promoter 内 944-951 bp + 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 63727451-63732087(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr02G004961 Chr02 NC_080388.1:71537622-71537629promoter 内 944-951 bp - 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 71540679-71542055(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr01G001347 Chr01 NC_080387.1:26740035-26740042promoter 内 942-949 bp - 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 26733442-26736983(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr05G000293 Chr05 NC_080391.1:2232031-2232038promoter 内 942-949 bp + 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 2235090-2237980(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr08G000552 Chr08 NC_080394.1:4001646-4001653promoter 内 941-948 bp + 3053 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 4004706-4011493(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr08G004663 Chr08 NC_080394.1:56119758-56119765promoter 内 939-946 bp + 3055 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 56122820-56125423(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr02G000563 Chr02 NC_080388.1:7943578-7943585promoter 内 937-944 bp - 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 7939880-7940521(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr03G002517 Chr03 NC_080389.1:40101771-40101778promoter 内 937-944 bp + 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 40097042-40098714(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr03G003244 Chr03 NC_080389.1:50337074-50337081promoter 内 937-944 bp + 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 50331753-50334017(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr03G003262 Chr03 NC_080389.1:50538686-50538693promoter 内 937-944 bp - 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 50541750-50544835(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr01G003418 Chr01 NC_080387.1:52814346-52814353promoter 内 935-942 bp - 3059 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 52817412-52823614(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr05G000385 Chr05 NC_080391.1:2896546-2896553promoter 内 933-940 bp - 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 2899614-2900631(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr03G000063 Chr03 NC_080389.1:706750-706757promoter 内 928-935 bp - 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 701800-703684(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr04G002009 Chr04 NC_080390.1:32589662-32589669promoter 内 928-935 bp - 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 32585835-32586596(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr05G003980 Chr05 NC_080391.1:53584696-53584703promoter 内 928-935 bp + 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 53580388-53581630(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
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