转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G002534; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003982-RA_Salv SmilChr02G002534 TCP XP_057797741.1 MP00169 GTTGGGACCACA

可能结合的靶基因

7295 个结合位点 6498 个候选靶基因 第 110 / 130 下载 TSV

上一页 110 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003022 Chr07 NC_080393.1:31255637-31255648promoter 内 3180-3191 bp - 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 31256458-31263034(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GATGGTCCCAAA
SmilChr04G002773 Chr04 NC_080390.1:43518201-43518212promoter 内 3164-3175 bp + 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 43519038-43526984(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTTGGACCACA
SmilChr04G000064 Chr04 NC_080390.1:575631-575642promoter 内 3161-3172 bp - 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 576471-586022(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCAGAG
SmilChr08G001381 Chr08 NC_080394.1:11015956-11015967promoter 内 3105-3116 bp - 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11005805-11015071(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTTGGACCACA
SmilChr05G001878 Chr05 NC_080391.1:19040766-19040777promoter 内 3099-3110 bp + 891 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 19037772-19039875(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCGGTG
SmilChr03G002337 Chr03 NC_080389.1:36850227-36850238promoter 内 3088-3099 bp + 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 36851140-36852520(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CACCGGACCACC
SmilChr06G001343 Chr06 NC_080392.1:13999545-13999556promoter 内 3077-3088 bp - 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14000469-14003213(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCATAC
SmilChr01G005402 Chr01 NC_080387.1:71272818-71272829promoter 内 3074-3085 bp - 916 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 71273745-71277413(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCTGGT
SmilChr03G001054 Chr03 NC_080389.1:12252545-12252556promoter 内 3066-3077 bp - 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12246577-12251621(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGGAGGACCACG
SmilChr01G002070 Chr01 NC_080387.1:36572270-36572281promoter 内 3062-3073 bp - 928 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 36565220-36571342(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTGAGGACCACT
SmilChr07G003903 Chr07 NC_080393.1:49134922-49134933promoter 内 3058-3069 bp - 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 49132595-49133990(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CACCGGACCACC
SmilChr05G000151 Chr05 NC_080391.1:1227752-1227763promoter 内 2996-3007 bp - 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1223642-1226758(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTGAGGACCACT
SmilChr01G003117 Chr01 NC_080387.1:49970908-49970919promoter 内 2995-3006 bp + 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 49967805-49969913(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TATGGTCCCCAG
SmilChr07G002604 Chr07 NC_080393.1:25029355-25029366promoter 内 2994-3005 bp + 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 25028288-25028359(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GATGGTCCCAAA
SmilChr03G003778 Chr03 NC_080389.1:56927414-56927425promoter 内 2976-2987 bp - 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56925858-56926400(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CGTAGGACCACC
SmilChr01G005974 Chr01 NC_080387.1:75402670-75402681promoter 内 2964-2975 bp - 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75403707-75413345(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCGAGA
SmilChr08G004620 Chr08 NC_080394.1:55744632-55744643promoter 内 2954-2965 bp + 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55740666-55743596(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCAGAG
SmilChr04G001283 Chr04 NC_080390.1:20440979-20440990promoter 内 2924-2935 bp + 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20442056-20445938(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CTCTGGACCACA
SmilChr03G004358 Chr03 NC_080389.1:61801114-61801125promoter 内 2914-2925 bp + 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 61802201-61814273(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCTTGGACCACG
SmilChr04G000092 Chr04 NC_080390.1:823049-823060promoter 内 2900-2911 bp - 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 824150-826076(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TCTGGTCCCAAA
SmilChr04G000956 Chr04 NC_080390.1:12664411-12664422promoter 内 2900-2911 bp + 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12659602-12663321(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TCTGGTCCCTAC
SmilChr03G001968 Chr03 NC_080389.1:28369935-28369946promoter 内 2864-2875 bp - 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28367274-28368809(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTTGGACCACA
SmilChr01G000798 Chr01 NC_080387.1:17240846-17240857promoter 内 2850-2861 bp - 1140 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 17237048-17239706(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AAGAGGACCACC
SmilChr03G001549 Chr03 NC_080389.1:19540315-19540326promoter 内 2820-2831 bp + 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 19536479-19539145(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCTCAA
SmilChr05G002156 Chr05 NC_080391.1:22774480-22774491promoter 内 2811-2822 bp - 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22769830-22773301(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AAGAGGACCACC
SmilChr07G001712 Chr07 NC_080393.1:14499902-14499913promoter 内 2808-2819 bp + 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14501095-14502625(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CACCGGACCACC
SmilChr06G000157 Chr06 NC_080392.1:1096087-1096098promoter 内 2795-2806 bp - 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1097293-1098918(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCAGC
SmilChr03G000893 Chr03 NC_080389.1:10226087-10226098promoter 内 2768-2779 bp - 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 10221382-10224865(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AAGAGGACCACC
SmilChr04G001555 Chr04 NC_080390.1:25741759-25741770promoter 内 2748-2759 bp + 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 25739893-25740517(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GATGGTCCCAAA
SmilChr08G003214 Chr08 NC_080394.1:32951479-32951490promoter 内 2657-2668 bp - 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 32948730-32950146(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTATGGACCACA
SmilChr01G005439 Chr01 NC_080387.1:71513427-71513438promoter 内 2616-2627 bp - 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 71514812-71518585(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCAGC
SmilChr08G004877 Chr08 NC_080394.1:57885241-57885252promoter 内 2586-2597 bp - 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 57878383-57883837(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AAGAGGACCACC
SmilChr07G001827 Chr07 NC_080393.1:15765399-15765410promoter 内 2570-2581 bp + 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 15766830-15768964(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTTGGACCACA
SmilChr05G002209 Chr05 NC_080391.1:23553453-23553464promoter 内 2566-2577 bp + 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 23554888-23560180(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTGAGGACCACT
SmilChr07G002364 Chr07 NC_080393.1:21949085-21949096promoter 内 2558-2569 bp - 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 21942777-21947653(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTATGGACCACA
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