转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 112 / 136 下载 TSV

上一页 112 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002815 Chr01 NC_080387.1:46712126-46712136promoter 内 2729-2739 bp - 1262 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 46705765-46710864(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCT
SmilChr04G004021 Chr04 NC_080390.1:55447221-55447231promoter 内 2667-2677 bp + 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 55448555-55454161(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCT
SmilChr07G002474 Chr07 NC_080393.1:23281873-23281883promoter 内 2233-2243 bp + 1758 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 23283641-23289195(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCT
SmilChr02G001031 Chr02 NC_080388.1:18240755-18240765promoter 内 2017-2027 bp - 1974 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 18236777-18238781(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCAGA
SmilChr07G002397 Chr07 NC_080393.1:22331809-22331819promoter 内 2013-2023 bp - 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 22329484-22329831(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCT
SmilChr02G001307 Chr02 NC_080388.1:24316618-24316628promoter 内 1981-1991 bp - 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 24318638-24321474(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCG
SmilChr04G001610 Chr04 NC_080390.1:26778718-26778728promoter 内 1635-1645 bp - 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 26776290-26776362(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCT
SmilChr02G003938 Chr02 NC_080388.1:61483653-61483663promoter 内 1488-1498 bp + 2503 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 61486166-61488919(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCT
SmilChr01G004595 Chr01 NC_080387.1:63937292-63937302promoter 内 1437-1447 bp - 2554 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 63932171-63934738(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCT
SmilChr01G004596 Chr01 NC_080387.1:63938200-63938210promoter 内 1220-1230 bp + 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 63940981-63944699(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCT
SmilChr08G000941 Chr08 NC_080394.1:7000284-7000294promoter 内 1167-1177 bp + 2824 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 7003118-7007212(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCT
SmilChr01G003678 Chr01 NC_080387.1:55191703-55191713promoter 内 1102-1112 bp + 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 55194602-55196007(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCT
SmilChr04G001213 Chr04 NC_080390.1:18886075-18886085promoter 内 531-541 bp + 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 18879732-18882615(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAAGC
SmilChr05G003463 Chr05 NC_080391.1:46027142-46027152promoter 内 3983-3993 bp + 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 46027160-46027797(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCT
SmilChr03G003964 Chr03 NC_080389.1:58682179-58682189promoter 内 3963-3973 bp + 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 58682217-58682558(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGCT
SmilChr02G002157 Chr02 NC_080388.1:38797735-38797745promoter 内 3913-3923 bp + 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 38797823-38799308(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCT
SmilChr07G001213 Chr07 NC_080393.1:9271743-9271753promoter 内 3749-3759 bp - 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9267792-9271501(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCT
SmilChr08G004180 Chr08 NC_080394.1:51213562-51213572promoter 内 3740-3750 bp - 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 51210967-51213311(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCT
SmilChr07G002332 Chr07 NC_080393.1:21625789-21625799promoter 内 3718-3728 bp - 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 21626072-21627482(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACTGCTGAGCC
SmilChr04G001894 Chr04 NC_080390.1:30915544-30915554promoter 内 3655-3665 bp + 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 30915890-30924549(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCT
SmilChr03G002778 Chr03 NC_080389.1:44215410-44215420promoter 内 3572-3582 bp + 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 44215839-44216903(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTTCAGCGCT
SmilChr03G003921 Chr03 NC_080389.1:58307195-58307205promoter 内 3572-3582 bp - 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 58306075-58306776(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTTCAGCGCT
SmilChr03G001550 Chr03 NC_080389.1:19538464-19538474promoter 内 3538-3548 bp + 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 19538927-19540509(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCAGT
SmilChr01G004993 Chr01 NC_080387.1:67969830-67969840promoter 内 3512-3522 bp - 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 67966518-67969351(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCT
SmilChr01G000013 Chr01 NC_080387.1:287159-287169promoter 内 3493-3503 bp - 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 286077-286661(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCAGA
SmilChr01G000014 Chr01 NC_080387.1:296816-296826promoter 内 3493-3503 bp - 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 295734-296318(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCAGA
SmilChr02G001162 Chr02 NC_080388.1:21210886-21210896promoter 内 3416-3426 bp + 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 21211471-21212307(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTTCAGCGCT
SmilChr01G001719 Chr01 NC_080387.1:31662321-31662331promoter 内 3368-3378 bp - 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 31662954-31664288(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCTGAGCC
SmilChr07G003071 Chr07 NC_080393.1:32253225-32253235promoter 内 3288-3298 bp + 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32251387-32252522(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GATGCTGAGCC
SmilChr03G000741 Chr03 NC_080389.1:8417766-8417776promoter 内 3283-3293 bp - 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 8418484-8419344(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGGGCTGAGCA
SmilChr03G001397 Chr03 NC_080389.1:16588578-16588588promoter 内 3243-3253 bp - 748 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 16589336-16595237(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCTGAGCC
SmilChr01G002581 Chr01 NC_080387.1:43943448-43943458promoter 内 3233-3243 bp - 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43942147-43942690(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCT
SmilChr03G001468 Chr03 NC_080389.1:17542380-17542390promoter 内 3221-3231 bp - 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 17543160-17547153(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCTGAGCC
SmilChr07G003551 Chr07 NC_080393.1:41249702-41249712promoter 内 3210-3220 bp + 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 41245945-41248921(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACTGCTGAGCC
SmilChr06G002453 Chr06 NC_080392.1:35315760-35315770promoter 内 3175-3185 bp - 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 35316586-35319706(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGGGCTGAGCA
SmilChr01G003000 Chr01 NC_080387.1:48982380-48982390promoter 内 3113-3123 bp - 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 48980029-48981502(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCAGA
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