转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 112 / 167 下载 TSV

上一页 112 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003808 Chr03 NC_080389.1:57146645-57146656promoter 内 3361-3372 bp - 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 57147285-57148806(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGCCT
SmilChr06G003301 Chr06 NC_080392.1:45543090-45543101promoter 内 3210-3221 bp - 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 45543881-45549841(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGCCT
SmilChr03G002581 Chr03 NC_080389.1:41075366-41075377promoter 内 3179-3190 bp - 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 41073099-41074555(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGGCTCGCCACA
SmilChr08G002620 Chr08 NC_080394.1:25550450-25550461promoter 内 3172-3183 bp + 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 25551279-25554892(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTCACGCCACA
SmilChr06G001683 Chr06 NC_080392.1:19082358-19082369promoter 内 3149-3160 bp - 841 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 19083210-19085907(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGCCT
SmilChr05G002453 Chr05 NC_080391.1:27086254-27086265promoter 内 3139-3150 bp - 851 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 27084506-27085403(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTCACGCCACA
SmilChr05G002452 Chr05 NC_080391.1:27078496-27078507promoter 内 3131-3142 bp - 859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 27076740-27077637(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTCACGCCACA
SmilChr05G002451 Chr05 NC_080391.1:27070731-27070742promoter 内 3121-3132 bp - 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 27062388-27069862(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTCACGCCACA
SmilChr01G000680 Chr01 NC_080387.1:15022927-15022938promoter 内 3065-3076 bp + 925 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15016159-15022002(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGTAG
SmilChr01G004610 Chr01 NC_080387.1:64071585-64071596promoter 内 3037-3048 bp + 953 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 64067743-64070632(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGTAG
SmilChr04G001886 Chr04 NC_080390.1:30800920-30800931promoter 内 3011-3022 bp - 979 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 30801910-30802015(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGCCT
SmilChr04G001878 Chr04 NC_080390.1:30682008-30682019promoter 内 3009-3020 bp - 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 30683000-30683105(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGCCT
SmilChr01G003121 Chr01 NC_080387.1:50034646-50034657promoter 内 2990-3001 bp + 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 50031791-50033646(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTTGCGTGTTT
SmilChr04G000498 Chr04 NC_080390.1:5453376-5453387promoter 内 2972-2983 bp - 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 5436779-5452358(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGACACGCCGCA
SmilChr05G003151 Chr05 NC_080391.1:40235270-40235281promoter 内 2878-2889 bp - 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 40236393-40237949(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGCAG
SmilChr06G002561 Chr06 NC_080392.1:36788946-36788957promoter 内 2850-2861 bp + 1140 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 36784061-36787806(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTAT
SmilChr04G000990 Chr04 NC_080390.1:13535041-13535052promoter 内 2839-2850 bp + 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 13536203-13540538(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGGCTCGCCACA
SmilChr01G002132 Chr01 NC_080387.1:37316795-37316806promoter 内 2829-2840 bp - 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 37313759-37315634(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTACTCGCCACA
SmilChr07G004637 Chr07 NC_080393.1:59231704-59231715promoter 内 2765-2776 bp + 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 59228857-59230479(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGGGGCGTGTGC
SmilChr02G005035 Chr02 NC_080388.1:72062803-72062814promoter 内 2761-2772 bp - 1229 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 72059711-72061574(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGACACGCCGCA
SmilChr03G000738 Chr03 NC_080389.1:8380936-8380947promoter 内 2752-2763 bp - 1238 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 8382185-8385838(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTTGCGTGTTT
SmilChr02G001996 Chr02 NC_080388.1:36068745-36068756promoter 内 2747-2758 bp + 1243 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 36054525-36067502(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCGGCGTGTGC
SmilChr01G000029 Chr01 NC_080387.1:545870-545881promoter 内 2690-2701 bp - 1300 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 543996-544570(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGACACGCCCCA
SmilChr01G004402 Chr01 NC_080387.1:62135197-62135208promoter 内 2661-2672 bp - 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 62136537-62138406(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGGGGCGTGTGG
SmilChr02G001861 Chr02 NC_080388.1:33840760-33840771promoter 内 2635-2646 bp - 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 33829141-33839405(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGGCTCGCCACA
SmilChr02G005037 Chr02 NC_080388.1:72062803-72062814promoter 内 2564-2575 bp - 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 72064240-72066161(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCGGCGTGTCC
SmilChr02G005382 Chr02 NC_080388.1:74490732-74490743promoter 内 2486-2497 bp + 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 74486327-74489228(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTAT
SmilChr06G001999 Chr06 NC_080392.1:25525057-25525068promoter 内 2465-2476 bp + 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 25526593-25529411(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGACTCGCCACA
SmilChr04G000408 Chr04 NC_080390.1:4259369-4259380promoter 内 2448-2459 bp + 1542 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 4260922-4284704(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCAACT
SmilChr08G000129 Chr08 NC_080394.1:808076-808087promoter 内 2435-2446 bp + 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 809642-811714(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATACACGCCATT
SmilChr06G002181 Chr06 NC_080392.1:30042049-30042060promoter 内 2408-2419 bp - 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 30043642-30044938(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGTCT
SmilChr03G000232 Chr03 NC_080389.1:2756638-2756649promoter 内 2394-2405 bp + 1596 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 2752746-2755042(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTTGCGTGTTT
SmilChr07G004716 Chr07 NC_080393.1:60001213-60001224promoter 内 2356-2367 bp - 1634 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 60002858-60007235(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGCAC
SmilChr07G002784 Chr07 NC_080393.1:27756085-27756096promoter 内 2346-2357 bp + 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 27753422-27754441(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGGGGCGTGTCG
SmilChr01G003220 Chr01 NC_080387.1:50969807-50969818promoter 内 2343-2354 bp - 1647 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 50971465-50972430(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTAT
SmilChr08G002251 Chr08 NC_080394.1:20741911-20741922promoter 内 2277-2288 bp + 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 20738480-20740198(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGTCT
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SmilChr05G002028 Chr05 NC_080391.1:21062600-21062611promoter 内 2077-2088 bp - 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 21064524-21068807(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCGGCGTGTCC
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SmilChr01G003856 Chr01 NC_080387.1:56843815-56843826promoter 内 2050-2061 bp + 1940 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 56839181-56841875(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGCCT