靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr01G001516; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00019310-RA_Salv |
SmilChr01G001516 |
bZIP | XP_057803325.1 |
MP00648 |
ACACGTGG |
9939 个结合位点 6170 个候选靶基因 第 114 / 124 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G000545 |
Chr02 | NC_080388.1:7522589-7522596promoter 内 1042-1049 bp |
+ | 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 7515718-7519637(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr02G003194 |
Chr02 | NC_080388.1:53089513-53089520promoter 内 1042-1049 bp |
+ | 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 53092472-53093646(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr01G004338 |
Chr01 | NC_080387.1:61512351-61512358promoter 内 1039-1046 bp |
- | 2955 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 61504998-61509396(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr02G003314 |
Chr02 | NC_080388.1:54394514-54394521promoter 内 1038-1045 bp |
+ | 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 54397477-54399615(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr04G003369 |
Chr04 | NC_080390.1:50270426-50270433promoter 内 1038-1045 bp |
+ | 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 50259961-50267470(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr05G004105 |
Chr05 | NC_080391.1:54910737-54910744promoter 内 1038-1045 bp |
+ | 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 54913700-54915957(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr02G003904 |
Chr02 | NC_080388.1:61123496-61123503promoter 内 1037-1044 bp |
- | 2957 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 61115982-61120539(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr05G002273 |
Chr05 | NC_080391.1:24439127-24439134promoter 内 1035-1042 bp |
+ | 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 24434283-24436168(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr02G004929 |
Chr02 | NC_080388.1:71293273-71293280promoter 内 1031-1038 bp |
- | 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 71296243-71300602(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
SmilChr02G002961 |
Chr02 | NC_080388.1:50131690-50131697promoter 内 1030-1037 bp |
+ | 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 50134661-50136384(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr06G002045 |
Chr06 | NC_080392.1:26817130-26817137promoter 内 1020-1027 bp |
- | 2974 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 26812782-26814156(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr04G002841 |
Chr04 | NC_080390.1:44558263-44558270promoter 内 1014-1021 bp |
- | 2980 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 44552180-44555283(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr02G000384 |
Chr02 | NC_080388.1:4790973-4790980promoter 内 1013-1020 bp |
- | 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 4793961-4795480(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
SmilChr02G003985 |
Chr02 | NC_080388.1:62111621-62111628promoter 内 1011-1018 bp |
+ | 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 62105829-62108638(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr02G004664 |
Chr02 | NC_080388.1:69025799-69025806promoter 内 1007-1014 bp |
+ | 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 69028793-69031788(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr03G003290 |
Chr03 | NC_080389.1:51016370-51016377promoter 内 1007-1014 bp |
- | 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 51019364-51019993(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr01G003921 |
Chr01 | NC_080387.1:57465117-57465124promoter 内 1006-1013 bp |
+ | 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 57468112-57474680(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr03G002195 |
Chr03 | NC_080389.1:34578849-34578856promoter 内 1006-1013 bp |
- | 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 34574705-34575861(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr07G000076 |
Chr07 | NC_080393.1:361554-361561promoter 内 1006-1013 bp |
- | 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 354747-358566(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr07G001190 |
Chr07 | NC_080393.1:9036441-9036448promoter 内 1006-1013 bp |
- | 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 9039436-9041999(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr01G003768 |
Chr01 | NC_080387.1:56050557-56050564promoter 内 1005-1012 bp |
- | 2989 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 56045957-56047568(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr04G003939 |
Chr04 | NC_080390.1:55014899-55014906promoter 内 1005-1012 bp |
- | 2989 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 55010158-55011910(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr02G005191 |
Chr02 | NC_080388.1:73196416-73196423promoter 内 1001-1008 bp |
+ | 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 73199416-73201412(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr01G003695 |
Chr01 | NC_080387.1:55313355-55313362promoter 内 1000-1007 bp |
- | 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 55305291-55310361(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr01G003157 |
Chr01 | NC_080387.1:50398434-50398441promoter 内 989-996 bp |
- | 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 50401446-50404552(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
SmilChr04G001667 |
Chr04 | NC_080390.1:27635303-27635310promoter 内 989-996 bp |
+ | 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 27638315-27644091(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr05G001046 |
Chr05 | NC_080391.1:8627885-8627892promoter 内 989-996 bp |
- | 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 8623771-8624880(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr03G002260 |
Chr03 | NC_080389.1:35590454-35590461promoter 内 983-990 bp |
+ | 3011 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 35582928-35587443(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
SmilChr01G000785 |
Chr01 | NC_080387.1:17063609-17063616promoter 内 980-987 bp |
+ | 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 17066630-17072528(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr05G002906 |
Chr05 | NC_080391.1:34912042-34912049promoter 内 979-986 bp |
+ | 3015 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 34915064-34922536(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr04G001543 |
Chr04 | NC_080390.1:25530996-25531003promoter 内 973-980 bp |
- | 3021 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 25524323-25527975(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
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Chr06 | NC_080392.1:32959823-32959830promoter 内 973-980 bp |
- | 3021 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 32956731-32956802(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
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SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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- | 3026 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 43565565-43565715(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
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+ | 3026 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 55067413-55068168(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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- | 3027 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 64397448-64399832(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
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+ | 3028 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 44863352-44866943(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
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GCACGTGG |
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- | 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 50796275-50800491(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
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+ | 3036 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 66750784-66757976(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
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- | 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 31762519-31763588(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
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+ | 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 9098871-9101820(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
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+ | 3044 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 8269897-8271292(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
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- | 3045 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 50449264-50451143(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
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+ | 3045 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 61698102-61699621(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
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- | 3046 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 62890073-62893796(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
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Chr04 | NC_080390.1:19500670-19500677promoter 内 942-949 bp |
- | 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 19503729-19504793(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
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MP00648 |
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SmilChr04G003454 |
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+ | 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 51021581-51025049(-) |
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MP00648 |
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