转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001516; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019310-RA_Salv SmilChr01G001516 bZIP XP_057803325.1 MP00648 ACACGTGG

可能结合的靶基因

9939 个结合位点 6170 个候选靶基因 第 114 / 124 下载 TSV

上一页 114 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000545 Chr02 NC_080388.1:7522589-7522596promoter 内 1042-1049 bp + 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7515718-7519637(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr02G003194 Chr02 NC_080388.1:53089513-53089520promoter 内 1042-1049 bp + 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53092472-53093646(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr01G004338 Chr01 NC_080387.1:61512351-61512358promoter 内 1039-1046 bp - 2955 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 61504998-61509396(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr02G003314 Chr02 NC_080388.1:54394514-54394521promoter 内 1038-1045 bp + 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54397477-54399615(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr04G003369 Chr04 NC_080390.1:50270426-50270433promoter 内 1038-1045 bp + 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50259961-50267470(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr05G004105 Chr05 NC_080391.1:54910737-54910744promoter 内 1038-1045 bp + 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54913700-54915957(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr02G003904 Chr02 NC_080388.1:61123496-61123503promoter 内 1037-1044 bp - 2957 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 61115982-61120539(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr05G002273 Chr05 NC_080391.1:24439127-24439134promoter 内 1035-1042 bp + 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24434283-24436168(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr02G004929 Chr02 NC_080388.1:71293273-71293280promoter 内 1031-1038 bp - 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 71296243-71300602(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr02G002961 Chr02 NC_080388.1:50131690-50131697promoter 内 1030-1037 bp + 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50134661-50136384(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr06G002045 Chr06 NC_080392.1:26817130-26817137promoter 内 1020-1027 bp - 2974 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 26812782-26814156(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr04G002841 Chr04 NC_080390.1:44558263-44558270promoter 内 1014-1021 bp - 2980 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 44552180-44555283(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr02G000384 Chr02 NC_080388.1:4790973-4790980promoter 内 1013-1020 bp - 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4793961-4795480(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr02G003985 Chr02 NC_080388.1:62111621-62111628promoter 内 1011-1018 bp + 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 62105829-62108638(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr02G004664 Chr02 NC_080388.1:69025799-69025806promoter 内 1007-1014 bp + 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 69028793-69031788(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr03G003290 Chr03 NC_080389.1:51016370-51016377promoter 内 1007-1014 bp - 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51019364-51019993(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr01G003921 Chr01 NC_080387.1:57465117-57465124promoter 内 1006-1013 bp + 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 57468112-57474680(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr03G002195 Chr03 NC_080389.1:34578849-34578856promoter 内 1006-1013 bp - 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 34574705-34575861(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr07G000076 Chr07 NC_080393.1:361554-361561promoter 内 1006-1013 bp - 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 354747-358566(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr07G001190 Chr07 NC_080393.1:9036441-9036448promoter 内 1006-1013 bp - 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 9039436-9041999(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr01G003768 Chr01 NC_080387.1:56050557-56050564promoter 内 1005-1012 bp - 2989 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56045957-56047568(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr04G003939 Chr04 NC_080390.1:55014899-55014906promoter 内 1005-1012 bp - 2989 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55010158-55011910(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr02G005191 Chr02 NC_080388.1:73196416-73196423promoter 内 1001-1008 bp + 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 73199416-73201412(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr01G003695 Chr01 NC_080387.1:55313355-55313362promoter 内 1000-1007 bp - 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55305291-55310361(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr01G003157 Chr01 NC_080387.1:50398434-50398441promoter 内 989-996 bp - 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50401446-50404552(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr04G001667 Chr04 NC_080390.1:27635303-27635310promoter 内 989-996 bp + 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 27638315-27644091(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr05G001046 Chr05 NC_080391.1:8627885-8627892promoter 内 989-996 bp - 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8623771-8624880(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr03G002260 Chr03 NC_080389.1:35590454-35590461promoter 内 983-990 bp + 3011 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35582928-35587443(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr01G000785 Chr01 NC_080387.1:17063609-17063616promoter 内 980-987 bp + 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 17066630-17072528(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr05G002906 Chr05 NC_080391.1:34912042-34912049promoter 内 979-986 bp + 3015 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 34915064-34922536(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr04G001543 Chr04 NC_080390.1:25530996-25531003promoter 内 973-980 bp - 3021 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 25524323-25527975(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr06G002291 Chr06 NC_080392.1:32959823-32959830promoter 内 973-980 bp - 3021 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 32956731-32956802(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr02G002103 Chr02 NC_080388.1:37719367-37719374promoter 内 968-975 bp + 3026 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 37713921-37716341(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr02G002510 Chr02 NC_080388.1:43568741-43568748promoter 内 968-975 bp - 3026 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 43565565-43565715(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr03G003639 Chr03 NC_080389.1:55064380-55064387promoter 内 968-975 bp + 3026 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55067413-55068168(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr01G004637 Chr01 NC_080387.1:64402859-64402866promoter 内 967-974 bp - 3027 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 64397448-64399832(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
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