转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000866-RA_Salv SmilChr04G004136 MYB XP_057806072.1 MP00627 TTACCTACCG

可能结合的靶基因

9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 115 / 162 下载 TSV

上一页 115 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002718 Chr07 NC_080393.1:26637029-26637038promoter 内 238-247 bp + 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 26640792-26648171(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGACCTACCT
SmilChr05G000287 Chr05 NC_080391.1:2216407-2216416promoter 内 226-235 bp + 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 2211699-2212641(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTTG
SmilChr05G004225 Chr05 NC_080391.1:56093264-56093273promoter 内 197-206 bp - 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 56088883-56089469(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGACCTACCT
SmilChr02G000136 Chr02 NC_080388.1:1856674-1856683promoter 内 189-198 bp + 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 1851809-1852871(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTCT
SmilChr08G000347 Chr08 NC_080394.1:2408460-2408469promoter 内 173-182 bp + 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 2402369-2404641(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTTG
SmilChr02G001226 Chr02 NC_080388.1:22547240-22547249promoter 内 12-21 bp - 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 22542391-22543260(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCT
SmilChr01G003406 Chr01 NC_080387.1:52725957-52725966promoter 内 3977-3986 bp - 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 52725981-52727578(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTCC
SmilChr05G001680 Chr05 NC_080391.1:15943216-15943225promoter 内 3731-3740 bp - 261 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 15942253-15942955(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
SmilChr05G000812 Chr05 NC_080391.1:6333485-6333494promoter 内 2708-2717 bp - 1284 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 6334778-6336611(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTCC
SmilChr07G001942 Chr07 NC_080393.1:16833462-16833471promoter 内 1658-1667 bp + 2334 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 16835805-16841396(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
SmilChr02G004383 Chr02 NC_080388.1:66178571-66178580promoter 内 1427-1436 bp + 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 66181145-66184559(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
SmilChr07G000594 Chr07 NC_080393.1:4063755-4063764promoter 内 239-248 bp - 3753 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 4056473-4060002(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
SmilChr03G004094 Chr03 NC_080389.1:59821249-59821258promoter 内 3852-3861 bp + 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 59818187-59821109(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTCC
SmilChr06G001400 Chr06 NC_080392.1:14631115-14631124promoter 内 3804-3813 bp + 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 14631312-14634331(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
SmilChr06G001363 Chr06 NC_080392.1:14201078-14201087promoter 内 3744-3753 bp + 248 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 14201335-14204306(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
SmilChr01G003209 Chr01 NC_080387.1:50864689-50864698promoter 内 3736-3745 bp - 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 50864954-50866673(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTCC
SmilChr02G001836 Chr02 NC_080388.1:33439271-33439280promoter 内 3658-3667 bp + 334 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 33437364-33438937(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTCC
SmilChr06G000825 Chr06 NC_080392.1:7754912-7754921promoter 内 3556-3565 bp - 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7755357-7758177(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTCC
SmilChr05G002753 Chr05 NC_080391.1:31805286-31805295promoter 内 3487-3496 bp + 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 31803026-31804781(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTCC
SmilChr06G001008 Chr06 NC_080392.1:9970591-9970600promoter 内 3306-3315 bp + 686 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 9971286-9973336(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
SmilChr01G004706 Chr01 NC_080387.1:65163982-65163991promoter 内 3241-3250 bp - 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 65164742-65166444(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTCC
SmilChr02G002984 Chr02 NC_080388.1:50436508-50436517promoter 内 3187-3196 bp + 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 50433648-50435703(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTCC
SmilChr03G001587 Chr03 NC_080389.1:20106522-20106531promoter 内 2680-2689 bp - 1312 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 20102180-20105210(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
SmilChr01G003405 Chr01 NC_080387.1:52725957-52725966promoter 内 2634-2643 bp - 1358 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 52721666-52724599(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
SmilChr07G000658 Chr07 NC_080393.1:4437628-4437637promoter 内 2527-2536 bp + 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4439102-4444012(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
SmilChr04G002705 Chr04 NC_080390.1:42590076-42590085promoter 内 2490-2499 bp + 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 42591587-42592703(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
SmilChr06G000824 Chr06 NC_080392.1:7754912-7754921promoter 内 2471-2480 bp - 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7751876-7753391(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
SmilChr07G004354 Chr07 NC_080393.1:56081626-56081635promoter 内 2462-2471 bp + 1530 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 56083165-56086216(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
SmilChr04G002298 Chr04 NC_080390.1:37239226-37239235promoter 内 2224-2233 bp - 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 37230755-37237458(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
SmilChr06G001776 Chr06 NC_080392.1:20793186-20793195promoter 内 1922-1931 bp + 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 20788816-20791116(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTCC
SmilChr05G003527 Chr05 NC_080391.1:47152928-47152937promoter 内 1921-1930 bp - 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 47148822-47150857(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
SmilChr03G003092 Chr03 NC_080389.1:47933797-47933806promoter 内 1775-1784 bp + 2217 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 47936023-47938666(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
SmilChr04G000911 Chr04 NC_080390.1:11860107-11860116promoter 内 1530-1539 bp - 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 11855592-11857645(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
SmilChr07G004353 Chr07 NC_080393.1:56081626-56081635promoter 内 1482-1491 bp + 2510 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 56076709-56079116(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTCC
SmilChr03G000886 Chr03 NC_080389.1:10116676-10116685promoter 内 1305-1314 bp + 2687 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 10111702-10113989(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTCC
SmilChr05G003581 Chr05 NC_080391.1:47845962-47845971promoter 内 1181-1190 bp - 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 47839889-47843151(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
SmilChr05G003582 Chr05 NC_080391.1:47848612-47848621promoter 内 1074-1083 bp - 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 47851539-47854876(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTCC
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SmilChr01G003621 Chr01 NC_080387.1:54771178-54771187promoter 内 940-949 bp - 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 54765630-54768126(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
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SmilChr03G004095 Chr03 NC_080389.1:59821249-59821258promoter 内 620-629 bp + 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 59824630-59825569(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGACCTACCT
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SmilChr03G003140 Chr03 NC_080389.1:48618841-48618850promoter 内 2344-2353 bp - 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 48620498-48621178(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTCG