转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001365; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010780-RA_Salv SmilChr06G001365 SBP XP_057768799.1 MP00307 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9755 个结合位点 6893 个候选靶基因 第 115 / 138 下载 TSV

上一页 115 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001550 Chr03 NC_080389.1:19537655-19537665promoter 内 2729-2739 bp - 1262 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 19538927-19540509(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATAGGTACAAT
SmilChr01G004577 Chr01 NC_080387.1:63813205-63813215promoter 内 2484-2494 bp + 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 63806068-63811698(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGCGTACAAA
SmilChr02G003771 Chr02 NC_080388.1:59402064-59402074promoter 内 2426-2436 bp + 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 59398874-59400499(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGCGTACAAA
SmilChr02G002871 Chr02 NC_080388.1:48906975-48906985promoter 内 2280-2290 bp - 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 48893646-48905264(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTAT
SmilChr01G002738 Chr01 NC_080387.1:45697978-45697988promoter 内 2265-2275 bp - 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 45699714-45699833(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTCCGTACTCA
SmilChr02G004813 Chr02 NC_080388.1:70285978-70285988promoter 内 2264-2274 bp + 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 70287715-70289288(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CCAGTACGGAG
SmilChr02G003251 Chr02 NC_080388.1:53811152-53811162promoter 内 1961-1971 bp + 2030 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53804462-53809122(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATAGGTACAAT
SmilChr03G003862 Chr03 NC_080389.1:57705676-57705686promoter 内 1932-1942 bp + 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 57699908-57703617(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTCCGTACTAT
SmilChr03G004045 Chr03 NC_080389.1:59438343-59438353promoter 内 1879-1889 bp - 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 59432094-59436231(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTAT
SmilChr02G004577 Chr02 NC_080388.1:68275175-68275185promoter 内 1575-1585 bp + 2416 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 68262909-68272759(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGCGTACAAA
SmilChr02G004580 Chr02 NC_080388.1:68299970-68299980promoter 内 1309-1319 bp - 2682 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 68296764-68297288(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTAT
SmilChr01G003847 Chr01 NC_080387.1:56774773-56774783promoter 内 1275-1285 bp - 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 56777499-56780088(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATAGGTACAAT
SmilChr03G003835 Chr03 NC_080389.1:57501153-57501163promoter 内 1177-1187 bp + 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 57494674-57498339(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATAGGTACAAT
SmilChr02G004929 Chr02 NC_080388.1:71293418-71293428promoter 内 1176-1186 bp + 2815 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 71296243-71300602(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGCTA
SmilChr02G002476 Chr02 NC_080388.1:43135641-43135651promoter 内 1154-1164 bp - 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 43122815-43132804(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTAT
SmilChr03G001551 Chr03 NC_080389.1:19537655-19537665promoter 内 1128-1138 bp - 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 19540528-19540599(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATAGGTACAAT
SmilChr01G003109 Chr01 NC_080387.1:49902622-49902632promoter 内 777-787 bp + 3214 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 49905846-49911205(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTAT
SmilChr02G003759 Chr02 NC_080388.1:59236071-59236081promoter 内 712-722 bp + 3279 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 59239360-59240873(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGCAT
SmilChr01G002284 Chr01 NC_080387.1:39628093-39628103promoter 内 684-694 bp + 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 39631410-39633211(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTAT
SmilChr02G004036 Chr02 NC_080388.1:62655796-62655806promoter 内 674-684 bp + 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 62659123-62662197(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGCAT
SmilChr03G003401 Chr03 NC_080389.1:52378990-52379000promoter 内 617-627 bp - 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 52382374-52388352(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATAGGTACAAT
SmilChr01G001590 Chr01 NC_080387.1:29917259-29917269promoter 内 567-577 bp + 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 29920693-29923607(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CCAGTACGGAA
SmilChr01G000608 Chr01 NC_080387.1:13454886-13454896promoter 内 512-522 bp + 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 13458375-13460408(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGCAT
SmilChr02G000845 Chr02 NC_080388.1:14343561-14343571promoter 内 320-330 bp + 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 14347242-14350397(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGCAT
SmilChr03G004008 Chr03 NC_080389.1:59083343-59083353promoter 内 221-231 bp + 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 59087123-59088281(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTAT
SmilChr01G000080 Chr01 NC_080387.1:1460999-1461009promoter 内 208-218 bp + 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1457111-1457216(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TAGCGTACAAG
SmilChr02G003403 Chr02 NC_080388.1:55200595-55200605promoter 内 149-159 bp + 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 55188001-55196753(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TAGCGTACAAG
SmilChr01G000934 Chr01 NC_080387.1:19818576-19818586promoter 内 54-64 bp - 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 19803718-19814639(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTAT
SmilChr01G000933 Chr01 NC_080387.1:19790121-19790131promoter 内 52-62 bp - 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 19775261-19786182(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTAT
SmilChr01G000981 Chr01 NC_080387.1:20785724-20785734promoter 内 12-22 bp - 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 20789713-20791896(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TAGCGTACAAG
SmilChr02G001619 Chr02 NC_080388.1:30130544-30130554promoter 内 3291-3301 bp + 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 30126934-30129844(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TCCGGTACAAT
SmilChr01G000101 Chr01 NC_080387.1:1818967-1818977promoter 内 2772-2782 bp + 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 1814760-1817748(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TGGCGTACAAG
SmilChr02G003787 Chr02 NC_080388.1:59527274-59527284promoter 内 2624-2634 bp - 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 59522829-59525907(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCGGA
SmilChr02G000502 Chr02 NC_080388.1:6907656-6907666promoter 内 1809-1819 bp - 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 6903650-6905474(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGCCA
SmilChr01G001466 Chr01 NC_080387.1:28450658-28450668promoter 内 1650-1660 bp + 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 28453009-28456605(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGCCA
SmilChr02G001608 Chr02 NC_080388.1:29948903-29948913promoter 内 1599-1609 bp + 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 29944973-29946511(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TGGCGTACAAG
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