转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021741-RA_Salv SmilChr01G004920 MYB_related XP_057788125.1 MP00607 TTTAGGTTG

可能结合的靶基因

9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 117 / 128 下载 TSV

上一页 117 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004887 Chr02 NC_080388.1:70939286-70939294promoter 内 2079-2087 bp + 1914 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 70941208-70944222(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AATAGGTTG
SmilChr01G004189 Chr01 NC_080387.1:60341297-60341305promoter 内 2074-2082 bp - 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 60343224-60344979(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr02G004341 Chr02 NC_080388.1:65674320-65674328promoter 内 2073-2081 bp + 1920 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 65669848-65672400(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr01G005703 Chr01 NC_080387.1:73272354-73272362promoter 内 2059-2067 bp + 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 73274296-73277234(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AATAGGTTG
SmilChr02G001560 Chr02 NC_080388.1:28867272-28867280promoter 内 2054-2062 bp - 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 28869219-28869732(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr02G004830 Chr02 NC_080388.1:70401093-70401101promoter 内 2054-2062 bp + 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 70403040-70416313(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AATAGGTTG
SmilChr01G002462 Chr01 NC_080387.1:42296754-42296762promoter 内 2028-2036 bp + 1965 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 42298727-42301733(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AATAGGTTG
SmilChr02G001846 Chr02 NC_080388.1:33670132-33670140promoter 内 2012-2020 bp - 1981 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 33672121-33675345(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr02G001601 Chr02 NC_080388.1:29858812-29858820promoter 内 2010-2018 bp - 1983 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 29854104-29856829(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AATAGGTTG
SmilChr02G005480 Chr02 NC_080388.1:75014439-75014447promoter 内 1995-2003 bp - 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 75009909-75012441(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AATAGGTTG
SmilChr01G002592 Chr01 NC_080387.1:44039437-44039445promoter 内 1973-1981 bp - 2020 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 44036941-44037417(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AATAGGTTG
SmilChr01G005440 Chr01 NC_080387.1:71523480-71523488promoter 内 1958-1966 bp + 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 71519011-71521445(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr01G004635 Chr01 NC_080387.1:64372319-64372327promoter 内 1943-1951 bp - 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 64374377-64376174(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr01G003528 Chr01 NC_080387.1:53918164-53918172promoter 内 1931-1939 bp - 2062 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 53913710-53916102(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AATAGGTTG
SmilChr01G005426 Chr01 NC_080387.1:71448177-71448185promoter 内 1931-1939 bp + 2062 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 71443087-71446115(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr03G000184 Chr03 NC_080389.1:1957355-1957363promoter 内 1930-1938 bp - 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 1959426-1962875(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr02G002735 Chr02 NC_080388.1:47289376-47289384promoter 内 1929-1937 bp + 2064 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 47291448-47294412(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AATAGGTTG
SmilChr01G003472 Chr01 NC_080387.1:53259503-53259511promoter 内 1927-1935 bp - 2066 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 53255097-53257437(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AATAGGTTG
SmilChr02G001964 Chr02 NC_080388.1:35451616-35451624promoter 内 1923-1931 bp - 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 35453694-35454591(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr02G004478 Chr02 NC_080388.1:67197272-67197280promoter 内 1910-1918 bp + 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 67185667-67195189(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr02G004625 Chr02 NC_080388.1:68743930-68743938promoter 内 1902-1910 bp - 2091 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 68746029-68748132(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr01G005331 Chr01 NC_080387.1:70504970-70504978promoter 内 1869-1877 bp - 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 70507102-70509812(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr01G002656 Chr01 NC_080387.1:44843272-44843280promoter 内 1866-1874 bp - 2127 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 44841020-44841145(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AATAGGTTG
SmilChr02G003873 Chr02 NC_080388.1:60775654-60775662promoter 内 1864-1872 bp + 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 60771051-60773525(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr01G002769 Chr01 NC_080387.1:46145573-46145581promoter 内 1850-1858 bp + 2143 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 46136304-46143430(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr02G002734 Chr02 NC_080388.1:47289376-47289384promoter 内 1785-1793 bp + 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 47286408-47287168(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr02G002203 Chr02 NC_080388.1:39236528-39236536promoter 内 1764-1772 bp - 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 39238765-39239775(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr01G004686 Chr01 NC_080387.1:64932262-64932270promoter 内 1755-1763 bp - 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 64926181-64930024(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AATAGGTTG
SmilChr01G002541 Chr01 NC_080387.1:43465491-43465499promoter 内 1749-1757 bp - 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 43467743-43470353(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr03G000358 Chr03 NC_080389.1:4021742-4021750promoter 内 1697-1705 bp - 2296 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 4018307-4019446(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AATAGGTTG
SmilChr02G002077 Chr02 NC_080388.1:37358737-37358745promoter 内 1691-1699 bp + 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 37352739-37356435(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr01G002591 Chr01 NC_080387.1:44024387-44024395promoter 内 1676-1684 bp - 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 44026712-44031417(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr01G002406 Chr01 NC_080387.1:41419050-41419058promoter 内 1635-1643 bp + 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 41413989-41416692(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr02G001002 Chr02 NC_080388.1:17654916-17654924promoter 内 1615-1623 bp + 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 17648870-17652538(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr02G004769 Chr02 NC_080388.1:69860941-69860949promoter 内 1591-1599 bp - 2402 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 69863351-69865064(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
SmilChr02G004239 Chr02 NC_080388.1:64588532-64588540promoter 内 1588-1596 bp + 2405 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 64586055-64586127(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATT
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