靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00021741-RA_Salv |
SmilChr01G004920 |
MYB_related | XP_057788125.1 |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 117 / 128 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G004887 |
Chr02 | NC_080388.1:70939286-70939294promoter 内 2079-2087 bp |
+ | 1914 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 70941208-70944222(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AATAGGTTG |
SmilChr01G004189 |
Chr01 | NC_080387.1:60341297-60341305promoter 内 2074-2082 bp |
- | 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 60343224-60344979(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr02G004341 |
Chr02 | NC_080388.1:65674320-65674328promoter 内 2073-2081 bp |
+ | 1920 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 65669848-65672400(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr01G005703 |
Chr01 | NC_080387.1:73272354-73272362promoter 内 2059-2067 bp |
+ | 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 73274296-73277234(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AATAGGTTG |
SmilChr02G001560 |
Chr02 | NC_080388.1:28867272-28867280promoter 内 2054-2062 bp |
- | 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 28869219-28869732(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr02G004830 |
Chr02 | NC_080388.1:70401093-70401101promoter 内 2054-2062 bp |
+ | 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 70403040-70416313(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AATAGGTTG |
SmilChr01G002462 |
Chr01 | NC_080387.1:42296754-42296762promoter 内 2028-2036 bp |
+ | 1965 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 42298727-42301733(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AATAGGTTG |
SmilChr02G001846 |
Chr02 | NC_080388.1:33670132-33670140promoter 内 2012-2020 bp |
- | 1981 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 33672121-33675345(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr02G001601 |
Chr02 | NC_080388.1:29858812-29858820promoter 内 2010-2018 bp |
- | 1983 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 29854104-29856829(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AATAGGTTG |
SmilChr02G005480 |
Chr02 | NC_080388.1:75014439-75014447promoter 内 1995-2003 bp |
- | 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 75009909-75012441(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AATAGGTTG |
SmilChr01G002592 |
Chr01 | NC_080387.1:44039437-44039445promoter 内 1973-1981 bp |
- | 2020 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 44036941-44037417(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AATAGGTTG |
SmilChr01G005440 |
Chr01 | NC_080387.1:71523480-71523488promoter 内 1958-1966 bp |
+ | 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 71519011-71521445(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr01G004635 |
Chr01 | NC_080387.1:64372319-64372327promoter 内 1943-1951 bp |
- | 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 64374377-64376174(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr01G003528 |
Chr01 | NC_080387.1:53918164-53918172promoter 内 1931-1939 bp |
- | 2062 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 53913710-53916102(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AATAGGTTG |
SmilChr01G005426 |
Chr01 | NC_080387.1:71448177-71448185promoter 内 1931-1939 bp |
+ | 2062 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 71443087-71446115(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr03G000184 |
Chr03 | NC_080389.1:1957355-1957363promoter 内 1930-1938 bp |
- | 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 1959426-1962875(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr02G002735 |
Chr02 | NC_080388.1:47289376-47289384promoter 内 1929-1937 bp |
+ | 2064 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 47291448-47294412(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AATAGGTTG |
SmilChr01G003472 |
Chr01 | NC_080387.1:53259503-53259511promoter 内 1927-1935 bp |
- | 2066 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 53255097-53257437(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AATAGGTTG |
SmilChr02G001964 |
Chr02 | NC_080388.1:35451616-35451624promoter 内 1923-1931 bp |
- | 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 35453694-35454591(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr02G004478 |
Chr02 | NC_080388.1:67197272-67197280promoter 内 1910-1918 bp |
+ | 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 67185667-67195189(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr02G004625 |
Chr02 | NC_080388.1:68743930-68743938promoter 内 1902-1910 bp |
- | 2091 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 68746029-68748132(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr01G005331 |
Chr01 | NC_080387.1:70504970-70504978promoter 内 1869-1877 bp |
- | 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 70507102-70509812(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr01G002656 |
Chr01 | NC_080387.1:44843272-44843280promoter 内 1866-1874 bp |
- | 2127 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 44841020-44841145(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AATAGGTTG |
SmilChr02G003873 |
Chr02 | NC_080388.1:60775654-60775662promoter 内 1864-1872 bp |
+ | 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 60771051-60773525(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr01G002769 |
Chr01 | NC_080387.1:46145573-46145581promoter 内 1850-1858 bp |
+ | 2143 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 46136304-46143430(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr02G002734 |
Chr02 | NC_080388.1:47289376-47289384promoter 内 1785-1793 bp |
+ | 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 47286408-47287168(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr02G002203 |
Chr02 | NC_080388.1:39236528-39236536promoter 内 1764-1772 bp |
- | 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 39238765-39239775(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr01G004686 |
Chr01 | NC_080387.1:64932262-64932270promoter 内 1755-1763 bp |
- | 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 64926181-64930024(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AATAGGTTG |
SmilChr01G002541 |
Chr01 | NC_080387.1:43465491-43465499promoter 内 1749-1757 bp |
- | 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 43467743-43470353(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr03G000358 |
Chr03 | NC_080389.1:4021742-4021750promoter 内 1697-1705 bp |
- | 2296 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 4018307-4019446(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AATAGGTTG |
SmilChr02G002077 |
Chr02 | NC_080388.1:37358737-37358745promoter 内 1691-1699 bp |
+ | 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 37352739-37356435(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr01G002591 |
Chr01 | NC_080387.1:44024387-44024395promoter 内 1676-1684 bp |
- | 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 44026712-44031417(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr01G002406 |
Chr01 | NC_080387.1:41419050-41419058promoter 内 1635-1643 bp |
+ | 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 41413989-41416692(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr02G001002 |
Chr02 | NC_080388.1:17654916-17654924promoter 内 1615-1623 bp |
+ | 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 17648870-17652538(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr02G004769 |
Chr02 | NC_080388.1:69860941-69860949promoter 内 1591-1599 bp |
- | 2402 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 69863351-69865064(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr02G004239 |
Chr02 | NC_080388.1:64588532-64588540promoter 内 1588-1596 bp |
+ | 2405 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 64586055-64586127(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr02G002355 |
Chr02 | NC_080388.1:41338186-41338194promoter 内 1571-1579 bp |
- | 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 41340616-41341587(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr01G004681 |
Chr01 | NC_080387.1:64884721-64884729promoter 内 1560-1568 bp |
- | 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 64887162-64888454(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr01G004374 |
Chr01 | NC_080387.1:61937537-61937545promoter 内 1526-1534 bp |
+ | 2467 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 61940012-61941773(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AATAGGTTG |
SmilChr02G002588 |
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- | 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 45000641-45002446(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AATAGGTTG |
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- | 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 44840703-44840786(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AATAGGTTG |
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Chr02 | NC_080388.1:35692321-35692329promoter 内 1504-1512 bp |
+ | 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 35694818-35697027(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AATAGGTTG |
SmilChr02G002396 |
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+ | 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 41860211-41863413(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AATAGGTTG |
SmilChr02G004907 |
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+ | 2521 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 71061192-71063100(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr02G000169 |
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+ | 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 2177866-2178795(-) |
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MP00607 |
CAACCTATT |
SmilChr03G000353 |
Chr03 | NC_080389.1:3959076-3959084promoter 内 1456-1464 bp |
- | 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 3953502-3956539(-) |
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MP00607 |
AATAGGTTG |
SmilChr01G005596 |
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+ | 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 72580274-72582781(-) |
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- | 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 64835682-64837584(+) |
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+ | 2612 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 9918819-9919442(+) |
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AATAGGTTG |
SmilChr01G002654 |
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- | 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 44840508-44840650(-) |
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