转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 118 / 128 下载 TSV

上一页 118 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002317 Chr05 NC_080391.1:24995232-24995246promoter 内 2029-2043 bp + 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 24991817-24993274(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGATG
SmilChr02G003980 Chr02 NC_080388.1:62058089-62058103promoter 内 2005-2019 bp + 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 62060085-62064416(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACATCCACCGTCG
SmilChr04G000856 Chr04 NC_080390.1:10871994-10872008promoter 内 1990-2004 bp + 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 10869096-10869997(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGATG
SmilChr04G002666 Chr04 NC_080390.1:42065335-42065349promoter 内 1943-1957 bp - 2044 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 42061272-42063291(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCAAAGCCACCGCCG
SmilChr05G003944 Chr05 NC_080391.1:53198223-53198237promoter 内 1937-1951 bp + 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53200287-53202113(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAGTCCCACCGCCG
SmilChr08G003469 Chr08 NC_080394.1:37315292-37315306promoter 内 1933-1947 bp - 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 37317360-37321441(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGGCTAG
SmilChr08G001019 Chr08 NC_080394.1:7710661-7710675promoter 内 1893-1907 bp - 2094 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7712769-7714169(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATGCGGCGGAGGTGC
SmilChr07G004430 Chr07 NC_080393.1:56984225-56984239promoter 内 1827-1841 bp + 2160 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56979132-56982065(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGAGTCAG
SmilChr01G001272 Chr01 NC_080387.1:25400968-25400982promoter 内 1724-1738 bp - 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 25403245-25405945(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGCTCC
SmilChr01G006174 Chr01 NC_080387.1:77246412-77246426promoter 内 1664-1678 bp + 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 77248749-77252889(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCATGCACCGCCG
SmilChr02G003619 Chr02 NC_080388.1:57479950-57479964promoter 内 1511-1525 bp + 2476 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57482440-57483765(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCAGACACCGCCA
SmilChr04G002207 Chr04 NC_080390.1:35750378-35750392promoter 内 1471-1485 bp - 2516 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 35745743-35747862(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCTCCACCACCA
SmilChr06G002764 Chr06 NC_080392.1:40249027-40249041promoter 内 1450-1464 bp - 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 40251578-40255060(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGAAGGATG
SmilChr08G001572 Chr08 NC_080394.1:12935844-12935858promoter 内 1443-1457 bp + 2544 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 12938402-12939855(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCTCCGCCGCAT
SmilChr04G002153 Chr04 NC_080390.1:34574581-34574595promoter 内 1376-1390 bp - 2611 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 34577206-34577967(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGATGCCA
SmilChr06G000216 Chr06 NC_080392.1:1451148-1451162promoter 内 1358-1372 bp + 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1446220-1448519(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGCTCC
SmilChr05G003966 Chr05 NC_080391.1:53401286-53401300promoter 内 1323-1337 bp - 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53398076-53398622(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCTCCGCCGCAT
SmilChr05G004359 Chr05 NC_080391.1:57169920-57169934promoter 内 1307-1321 bp + 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57164704-57167240(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAAAGGA
SmilChr05G003493 Chr05 NC_080391.1:46466476-46466490promoter 内 1281-1295 bp + 2706 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 46469196-46471237(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCACCACCGCTC
SmilChr02G000529 Chr02 NC_080388.1:7287294-7287308promoter 内 1264-1278 bp + 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7290031-7295241(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCAGATCCACCGCCA
SmilChr02G003772 Chr02 NC_080388.1:59412224-59412238promoter 内 1239-1253 bp + 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 59408949-59409476(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTGCGGTGGTGGTGG
SmilChr02G005429 Chr02 NC_080388.1:74735886-74735900promoter 内 1234-1248 bp - 2753 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74729962-74733133(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTTCTCCACCGTCG
SmilChr05G001825 Chr05 NC_080391.1:18254601-18254615promoter 内 1217-1231 bp + 2770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 18249099-18251831(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGAGGAGGTGG
SmilChr07G004537 Chr07 NC_080393.1:58027535-58027549promoter 内 1151-1165 bp - 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58022750-58024699(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGACTCCACCGCTG
SmilChr05G003460 Chr05 NC_080391.1:46012190-46012204promoter 内 1123-1137 bp + 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 46007901-46009326(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGTGCTGC
SmilChr05G002288 Chr05 NC_080391.1:24680003-24680017promoter 内 1075-1089 bp + 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 24664322-24677091(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGATG
SmilChr02G003689 Chr02 NC_080388.1:58280836-58280850promoter 内 1068-1082 bp - 2919 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58283769-58293795(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGATGA
SmilChr06G001053 Chr06 NC_080392.1:10385145-10385159promoter 内 1030-1044 bp + 2957 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 10388116-10390298(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTGGCACCACCGCCA
SmilChr04G002230 Chr04 NC_080390.1:36023501-36023515promoter 内 936-950 bp - 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 36018300-36020450(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCTCCACCACCA
SmilChr03G000272 Chr03 NC_080389.1:3110282-3110296promoter 内 935-949 bp - 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3113348-3114179(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGCCAC
SmilChr02G000696 Chr02 NC_080388.1:11095742-11095756promoter 内 927-941 bp + 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 11091561-11092682(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGAGAGAG
SmilChr06G002056 Chr06 NC_080392.1:27079533-27079547promoter 内 905-919 bp + 3082 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 27082629-27083252(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCACCACCGCAG
SmilChr01G003096 Chr01 NC_080387.1:49787321-49787335promoter 内 810-824 bp + 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 49780127-49784144(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGTGT
SmilChr08G002620 Chr08 NC_080394.1:25548078-25548092promoter 内 800-814 bp - 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 25551279-25554892(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGAATT
SmilChr01G002836 Chr01 NC_080387.1:46951102-46951116promoter 内 765-779 bp - 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 46954338-46957760(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGAGAC
SmilChr06G000698 Chr06 NC_080392.1:6209215-6209229promoter 内 721-735 bp - 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 6212495-6216121(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGACGGTGGAGGCCC
SmilChr01G001311 Chr01 NC_080387.1:26062582-26062596promoter 内 707-721 bp + 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 26065876-26072227(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCATCACCACCGCCC
SmilChr07G003936 Chr07 NC_080393.1:49689031-49689045promoter 内 605-619 bp + 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 49692427-49697324(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCATCACCACCGCCC
SmilChr03G004278 Chr03 NC_080389.1:61228221-61228235promoter 内 558-572 bp + 3429 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 61221053-61224792(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGCCGGCTG
SmilChr04G002962 Chr04 NC_080390.1:46012769-46012783promoter 内 482-496 bp - 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 46001952-46009264(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAGCATCACCGCCA
SmilChr04G004173 Chr04 NC_080390.1:56361538-56361552promoter 内 475-489 bp + 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56354676-56358026(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGAGCA
SmilChr04G003674 Chr04 NC_080390.1:53205323-53205337promoter 内 453-467 bp + 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53200836-53201789(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGGAGGA
SmilChr02G002532 Chr02 NC_080388.1:44032216-44032230promoter 内 405-419 bp + 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 44027948-44028634(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCTGGCG
SmilChr01G005457 Chr01 NC_080387.1:71606692-71606706promoter 内 392-406 bp - 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 71600162-71603097(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCAGCACCACCGCTG
SmilChr01G006052 Chr01 NC_080387.1:76017564-76017578promoter 内 373-387 bp + 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 76012807-76013950(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTACGGTGGAGGAGG
SmilChr07G000637 Chr07 NC_080393.1:4293721-4293735promoter 内 316-330 bp - 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4297406-4299952(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGAGTCAG
SmilChr08G001247 Chr08 NC_080394.1:9917737-9917751promoter 内 305-319 bp - 3682 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9921433-9921504(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACGGTGGAGCAGC
SmilChr05G003941 Chr05 NC_080391.1:53198223-53198237promoter 内 266-280 bp + 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53191783-53194502(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGACTGG
SmilChr01G001597 Chr01 NC_080387.1:30100865-30100879promoter 内 254-268 bp + 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 30104612-30107131(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTCCGGCCACCGCCG
SmilChr07G001827 Chr07 NC_080393.1:15763062-15763076promoter 内 233-247 bp - 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 15766830-15768964(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACGGTGGATGTGA