转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003923-RA_Salv SmilChr05G001980 ARF XP_057766076.1 MP00153 GCCGACAAAA

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 118 / 131 下载 TSV

上一页 118 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005305 Chr02 NC_080388.1:73981890-73981899promoter 内 662-671 bp - 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 73976678-73978560(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAT
SmilChr02G002025 Chr02 NC_080388.1:36479791-36479800promoter 内 607-616 bp + 3385 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 36467687-36476406(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGAA
SmilChr01G002808 Chr01 NC_080387.1:46626344-46626353promoter 内 588-597 bp - 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 46620761-46622940(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAT
SmilChr01G002555 Chr01 NC_080387.1:43681105-43681114promoter 内 494-503 bp - 3498 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 43673972-43677607(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAT
SmilChr02G001582 Chr02 NC_080388.1:29547815-29547824promoter 内 488-497 bp - 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 29534250-29544311(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAT
SmilChr01G003814 Chr01 NC_080387.1:56525434-56525443promoter 内 467-476 bp - 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 56521142-56521909(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAT
SmilChr01G005160 Chr01 NC_080387.1:69371570-69371579promoter 内 451-460 bp + 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 69375120-69376802(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAT
SmilChr02G005062 Chr02 NC_080388.1:72307110-72307119promoter 内 337-346 bp - 3655 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 72310774-72312312(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGAA
SmilChr01G003767 Chr01 NC_080387.1:56034538-56034547promoter 内 309-318 bp - 3683 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 56038230-56041649(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGAA
SmilChr03G000418 Chr03 NC_080389.1:4509843-4509852promoter 内 300-309 bp + 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 4505141-4506151(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGAA
SmilChr02G002519 Chr02 NC_080388.1:43738211-43738220promoter 内 276-285 bp + 3716 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 43728294-43734495(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGAA
SmilChr02G002654 Chr02 NC_080388.1:45994328-45994337promoter 内 259-268 bp + 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45980148-45990595(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGAA
SmilChr01G002204 Chr01 NC_080387.1:38367556-38367565promoter 内 188-197 bp + 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 38362829-38363752(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGAA
SmilChr02G002059 Chr02 NC_080388.1:37065508-37065517promoter 内 180-189 bp + 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 37069329-37072610(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAT
SmilChr01G003368 Chr01 NC_080387.1:52424171-52424180promoter 内 176-185 bp - 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 52418727-52420355(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAT
SmilChr01G003370 Chr01 NC_080387.1:52424171-52424180promoter 内 171-180 bp - 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 52428001-52432420(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGAA
SmilChr01G003852 Chr01 NC_080387.1:56797086-56797095promoter 内 154-163 bp + 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 56800933-56801689(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAT
SmilChr01G005777 Chr01 NC_080387.1:73879957-73879966promoter 内 77-86 bp - 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 73883881-73885272(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGAA
SmilChr02G000800 Chr02 NC_080388.1:13380564-13380573promoter 内 58-67 bp - 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 13384507-13387621(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGAA
SmilChr02G000951 Chr02 NC_080388.1:16549765-16549774promoter 内 45-54 bp + 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 16553721-16554936(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAT
SmilChr01G000943 Chr01 NC_080387.1:19965183-19965192promoter 内 2929-2938 bp - 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 3 19966255-19970581(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGAT
SmilChr02G003064 Chr02 NC_080388.1:51476217-51476226promoter 内 2015-2024 bp - 1977 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 3 51472108-51474240(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAG
SmilChr01G003870 Chr01 NC_080387.1:56951145-56951154promoter 内 3491-3500 bp + 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 56951655-56955578(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAG
SmilChr02G000668 Chr02 NC_080388.1:10299894-10299903promoter 内 3216-3225 bp - 776 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 10300679-10301591(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGAT
SmilChr01G003869 Chr01 NC_080387.1:56950131-56950140promoter 内 2372-2381 bp - 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 56938006-56948511(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAG
SmilChr01G001111 Chr01 NC_080387.1:22731483-22731492promoter 内 1013-1022 bp - 2979 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 22726595-22728504(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAG
SmilChr01G003997 Chr01 NC_080387.1:58370297-58370306promoter 内 846-855 bp + 3146 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 58373452-58375694(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAG
SmilChr02G004073 Chr02 NC_080388.1:63012767-63012776promoter 内 415-424 bp - 3577 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 63016353-63020836(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGAT
SmilChr02G001595 Chr02 NC_080388.1:29774378-29774387promoter 内 298-307 bp - 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 29768588-29770684(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAG
SmilChr01G000714 Chr01 NC_080387.1:16020386-16020395promoter 内 202-211 bp + 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 16024185-16029361(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAG
SmilChr02G004734 Chr02 NC_080388.1:69569372-69569381promoter 内 57-66 bp + 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 69573316-69575562(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAG
SmilChr03G000684 Chr03 NC_080389.1:7635157-7635166promoter 内 3926-3935 bp + 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 7635232-7652488(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAC
SmilChr03G000060 Chr03 NC_080389.1:669609-669618promoter 内 3919-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 669691-771622(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAC
SmilChr02G002367 Chr02 NC_080388.1:41463379-41463388promoter 内 3898-3907 bp + 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 41463482-41465278(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAC
SmilChr02G004415 Chr02 NC_080388.1:66495140-66495149promoter 内 3894-3903 bp + 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 66495247-66496458(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAC
SmilChr03G000728 Chr03 NC_080389.1:8203448-8203457promoter 内 3745-3754 bp + 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 8203704-8205971(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAG
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