转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001252; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025976-RA_Salv SmilChr03G001252 bZIP XP_057802461.1 MP00291 AATGGTCACGTGGCA

可能结合的靶基因

9321 个结合位点 6894 个候选靶基因 第 119 / 138 下载 TSV

上一页 119 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G003295 Chr06 NC_080392.1:45486933-45486947promoter 内 676-690 bp - 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 45490258-45491220(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGTGTAAA
SmilChr04G002088 Chr04 NC_080390.1:33646909-33646923promoter 内 675-689 bp - 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 33650235-33654137(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTCTGTTGA
SmilChr08G003626 Chr08 NC_080394.1:39515356-39515370promoter 内 591-605 bp + 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 39508757-39511960(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGACACGTGAAAGAC
SmilChr02G003756 Chr02 NC_080388.1:59214246-59214260promoter 内 494-508 bp - 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 59217753-59219222(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTAGTTTCT
SmilChr03G001809 Chr03 NC_080389.1:24704329-24704343promoter 内 485-499 bp + 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 24693455-24700827(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGTGTTCT
SmilChr01G004656 Chr01 NC_080387.1:64658989-64659003promoter 内 465-479 bp - 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 64662525-64663003(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGACACGTGATTTTT
SmilChr03G000999 Chr03 NC_080389.1:11323640-11323654promoter 内 457-471 bp + 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 11318754-11320110(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CTCCACGTGGACGAG
SmilChr02G002193 Chr02 NC_080388.1:39157343-39157357promoter 内 354-368 bp + 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 39152112-39153710(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGTACGAG
SmilChr08G003841 Chr08 NC_080394.1:44755511-44755525promoter 内 302-316 bp + 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 44750649-44751826(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGTGTTCT
SmilChr05G004214 Chr05 NC_080391.1:56033067-56033081promoter 内 242-256 bp - 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56027105-56029322(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGATTTCACGTGGCT
SmilChr08G001369 Chr08 NC_080394.1:10916183-10916197promoter 内 98-112 bp - 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 10907337-10912294(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATTATTCACGTGTCA
SmilChr07G002715 Chr07 NC_080393.1:26620434-26620448promoter 内 25-39 bp + 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 26612754-26616472(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CTCCACGTGGACGAG
SmilChr07G003781 Chr07 NC_080393.1:46371996-46372010promoter 内 1316-1330 bp + 2671 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 46367986-46369325(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGGTGA
SmilChr05G004194 Chr05 NC_080391.1:55819174-55819188promoter 内 2843-2857 bp + 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 55820332-55821366(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGAGTCCACGTGGAC
SmilChr05G002616 Chr05 NC_080391.1:29433456-29433470promoter 内 2106-2120 bp - 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 29428360-29431575(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATCTTTACGTGGCA
SmilChr08G000280 Chr08 NC_080394.1:1921774-1921788promoter 内 2051-2065 bp + 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 1914538-1919838(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTAGACTCT
SmilChr06G000948 Chr06 NC_080392.1:9126346-9126360promoter 内 1458-1472 bp + 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 9128889-9130932(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GATGACTACGTGGCT
SmilChr08G000281 Chr08 NC_080394.1:1921774-1921788promoter 内 787-801 bp + 3200 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 1917537-1918574(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTAGACTCT
SmilChr05G004193 Chr05 NC_080391.1:55819174-55819188promoter 内 233-247 bp + 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 55808395-55815420(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTCCACGTGGACTCC
SmilChr03G003861 Chr03 NC_080389.1:57696302-57696316promoter 内 3932-3946 bp - 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 57696371-57699719(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTAATCAAG
SmilChr03G001133 Chr03 NC_080389.1:13073746-13073760promoter 内 3923-3937 bp + 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 13071779-13073682(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGTCTCTA
SmilChr01G004862 Chr01 NC_080387.1:66763133-66763147promoter 内 3860-3874 bp - 127 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 66758287-66763006(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TAATTTCACGTGGAA
SmilChr02G001261 Chr02 NC_080388.1:23119239-23119253promoter 内 3654-3668 bp + 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 23119586-23122429(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GATGACTACGTGGCT
SmilChr04G001868 Chr04 NC_080390.1:30475527-30475541promoter 内 3545-3559 bp + 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 30472475-30475085(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGAAATTA
SmilChr03G000880 Chr03 NC_080389.1:9998352-9998366promoter 内 3535-3549 bp + 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 9998818-10003304(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGATAACACGTGGAA
SmilChr03G002768 Chr03 NC_080389.1:44037438-44037452promoter 内 3531-3545 bp + 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 44035273-44036982(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGAATACC
SmilChr07G002179 Chr07 NC_080393.1:19968302-19968316promoter 内 3328-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 19957849-19967643(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTAATATAT
SmilChr03G001134 Chr03 NC_080389.1:13073746-13073760promoter 内 3067-3081 bp + 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 13074680-13077615(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TAGAGACACGTGGCT
SmilChr04G002837 Chr04 NC_080390.1:44520644-44520658promoter 内 3052-3066 bp - 935 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 44516265-44519709(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTCTTATACGTGGCA
SmilChr07G002110 Chr07 NC_080393.1:19213715-19213729promoter 内 2999-3013 bp - 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 19214717-19219518(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGACACGTGATAACC
SmilChr04G002052 Chr04 NC_080390.1:33250788-33250802promoter 内 2898-2912 bp + 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 33245351-33249699(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CTCCACGTGTCTTTC
SmilChr01G003241 Chr01 NC_080387.1:51149283-51149297promoter 内 2729-2743 bp + 1258 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 51144429-51148025(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CTCCACGTGAACGCG
SmilChr02G000140 Chr02 NC_080388.1:1872122-1872136promoter 内 2633-2647 bp + 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 1873490-1874531(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATCTTTACGTGGCA
SmilChr06G000367 Chr06 NC_080392.1:2829130-2829144promoter 内 2618-2632 bp + 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2825192-2827761(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTATCGCGT
SmilChr08G002232 Chr08 NC_080394.1:20406441-20406455promoter 内 2576-2590 bp + 1411 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 20407866-20418641(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGACTTCACGTGGCC
SmilChr02G005478 Chr02 NC_080388.1:75008265-75008279promoter 内 2517-2531 bp + 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 75004608-75006795(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTCGATCAT
SmilChr06G000687 Chr06 NC_080392.1:6073580-6073594promoter 内 2464-2478 bp - 1523 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 6075117-6077611(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTAAGATTT
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SmilChr02G005205 Chr02 NC_080388.1:73292432-73292446promoter 内 2136-2150 bp + 1851 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 73294297-73298138(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTCTTATACGTGGCA
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SmilChr02G005213 Chr02 NC_080388.1:73336656-73336670promoter 内 1230-1244 bp + 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 73339427-73341167(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTCTTATACGTGGCA