转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001059; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014491-RA_Salv SmilChr06G001059 Dof XP_057768449.1 MP00402 TTTTTTTTTTTTTTACTTTTT

可能结合的靶基因

9875 个结合位点 6278 个候选靶基因 第 119 / 126 下载 TSV

上一页 119 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000621 Chr01 NC_080387.1:13736948-13736968promoter 内 3364-3384 bp + 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 13734991-13736331(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATAAAGTAAAACCCTAGAAAG
SmilChr01G004421 Chr01 NC_080387.1:62329352-62329372promoter 内 3335-3355 bp + 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 62326690-62328706(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGGGTAAATCGAACA
SmilChr01G004665 Chr01 NC_080387.1:64754888-64754908promoter 内 3331-3351 bp - 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64750876-64754238(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTGTCGATTACTTTAC
SmilChr01G004909 Chr01 NC_080387.1:67125803-67125823promoter 内 3283-3303 bp + 698 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 67126521-67126717(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATTCTATTTTCCTTACTTTTA
SmilChr01G000079 Chr01 NC_080387.1:1395585-1395605promoter 内 3268-3288 bp - 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1396318-1400364(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TAAAAGTAAATACGGATGGCT
SmilChr01G005842 Chr01 NC_080387.1:74416333-74416353promoter 内 3218-3238 bp - 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74411756-74415570(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTAGCCCATTCTCACTTTTT
SmilChr01G000114 Chr01 NC_080387.1:1964263-1964283promoter 内 3188-3208 bp + 793 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1965076-1968156(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATGTTCATTTTGTGACTTTTT
SmilChr02G004868 Chr02 NC_080388.1:70783266-70783286promoter 内 3169-3189 bp + 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70784098-70786981(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTTTTTTTCTCTTC
SmilChr02G000614 Chr02 NC_080388.1:8954278-8954298promoter 内 3078-3098 bp - 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8955201-8959169(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAGAAGATTCCAACA
SmilChr02G003513 Chr02 NC_080388.1:56323082-56323102promoter 内 3018-3038 bp - 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56324065-56326253(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAAAATGTTAATA
SmilChr02G005522 Chr02 NC_080388.1:75309400-75309420promoter 内 2984-3004 bp - 997 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 75307611-75308403(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TAAATGTGTTTCCTACTTTTT
SmilChr01G001523 Chr01 NC_080387.1:29182195-29182215promoter 内 2967-2987 bp + 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29183229-29186252(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GTGCTTTCAACCTTACTTTTC
SmilChr02G002366 Chr02 NC_080388.1:41453594-41453614promoter 内 2875-2895 bp - 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41454720-41456010(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATAAAGTAATAGAGTGAAGAT
SmilChr02G004514 Chr02 NC_080388.1:67676527-67676547promoter 内 2862-2882 bp - 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 67677666-67680939(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATAAAGTAAAGAAATGGCCCG
SmilChr02G000969 Chr02 NC_080388.1:16922962-16922982promoter 内 2807-2827 bp + 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16918347-16921788(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTCAATTAAAAATATA
SmilChr01G000322 Chr01 NC_080387.1:6323697-6323717promoter 内 2806-2826 bp - 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6324892-6328186(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GTAAAGTAAATAGAATTGAGG
SmilChr01G002263 Chr01 NC_080387.1:39433844-39433864promoter 内 2787-2807 bp + 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39435058-39436642(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATTTATAATTTTCAACTTTTT
SmilChr01G001495 Chr01 NC_080387.1:28806785-28806805promoter 内 2755-2775 bp + 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28804866-28805559(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTACTAAAAAATTAC
SmilChr02G003900 Chr02 NC_080388.1:61098597-61098617promoter 内 2724-2744 bp + 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 61099874-61102522(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TACAACATTCTTTAACTTTTT
SmilChr01G000619 Chr01 NC_080387.1:13650362-13650382promoter 内 2705-2725 bp + 1276 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 13648121-13649086(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTCGAAGAAAAATGA
SmilChr01G003836 Chr01 NC_080387.1:56713760-56713780promoter 内 2697-2717 bp + 1284 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56708052-56712476(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CAAAAGTAGGCATAGGATCAA
SmilChr01G003826 Chr01 NC_080387.1:56592682-56592702promoter 内 2693-2713 bp - 1288 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56593990-56598392(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CAAAAGTAGGCATAGGATCAA
SmilChr01G005584 Chr01 NC_080387.1:72527224-72527244promoter 内 2680-2700 bp + 1301 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72528545-72529494(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTTCCAAACTTTTG
SmilChr03G000378 Chr03 NC_080389.1:4228432-4228452promoter 内 2653-2673 bp + 1328 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4229780-4233095(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TGCACCAAGTTTTAACTTTTT
SmilChr01G003824 Chr01 NC_080387.1:56569682-56569702promoter 内 2642-2662 bp + 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56571041-56574573(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GTGCTTTCAACCTTACTTTTC
SmilChr01G002569 Chr01 NC_080387.1:43789301-43789321promoter 内 2635-2655 bp - 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43783503-43787955(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTTTGACTTATTTTACTTTAT
SmilChr02G002553 Chr02 NC_080388.1:44424178-44424198promoter 内 2608-2628 bp + 1373 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44425571-44436481(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTTTTCTTTTGGAAACTTTTT
SmilChr02G003396 Chr02 NC_080388.1:55083736-55083756promoter 内 2564-2584 bp + 1417 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55085173-55089489(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTTTGTGTTTGCTCACTTTTT
SmilChr02G005583 Chr02 NC_080388.1:75653220-75653240promoter 内 2546-2566 bp - 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 75650735-75651785(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATGTTCTTTTAATAACTTTTT
SmilChr02G004544 Chr02 NC_080388.1:68003335-68003355promoter 内 2532-2552 bp + 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 67993430-68001886(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTAGCGATGAAATCC
SmilChr03G000857 Chr03 NC_080389.1:9798101-9798121promoter 内 2485-2505 bp - 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9789202-9796605(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CAGTCGTCCACTTCACTTTTT
SmilChr01G000729 Chr01 NC_080387.1:16223920-16223940promoter 内 2444-2464 bp - 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16225477-16227754(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATAAAGTAAAAGAATTAACTA
SmilChr03G000826 Chr03 NC_080389.1:9446041-9446061promoter 内 2429-2449 bp - 1552 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9447613-9448063(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CAAAAGTAGAGAGCGGGCTGT
SmilChr01G003179 Chr01 NC_080387.1:50566614-50566634promoter 内 2411-2431 bp - 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50568204-50568805(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAACACAACAACACT
SmilChr02G002545 Chr02 NC_080388.1:44306496-44306516promoter 内 2410-2430 bp + 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44308087-44311158(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AATCACACATTTCTACTTTTT
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