转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 12 / 152 下载 TSV

上一页 12 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000742 Chr01 NC_080387.1:16421463-16421481promoter 内 2665-2683 bp + 1318 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 16422799-16423392(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGATCCAACCACCTCGGG
SmilChr01G003570 Chr01 NC_080387.1:54276059-54276077promoter 内 2394-2412 bp + 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 54266905-54274470(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAAAGGTGGGTGAGGTGT
SmilChr04G001509 Chr04 NC_080390.1:24854539-24854557promoter 内 2241-2259 bp + 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 24848321-24852797(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGCGGTGGTTGTGGACG
SmilChr03G004132 Chr03 NC_080389.1:60159335-60159353promoter 内 3980-3998 bp - 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 60155499-60159332(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACTACCAACCACCTCACC
SmilChr01G001135 Chr01 NC_080387.1:23130385-23130403promoter 内 3651-3669 bp + 332 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 23125739-23130053(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGTGGTGGTTGACGGGT
SmilChr02G001704 Chr02 NC_080388.1:31342016-31342034promoter 内 3058-3076 bp + 925 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 31342959-31346201(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCTCTCAACCACCCATGC
SmilChr04G003249 Chr04 NC_080390.1:49240059-49240077promoter 内 3051-3069 bp - 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 49241009-49241649(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTCGAGGTGGTTGAGCTCG
SmilChr02G002376 Chr02 NC_080388.1:41648836-41648854promoter 内 3032-3050 bp - 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 41649805-41652168(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGAAAGTGGTTGCAGCGG
SmilChr01G002195 Chr01 NC_080387.1:38108015-38108033promoter 内 3009-3027 bp - 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 38109007-38109480(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGGATGTGGTTGAGGATG
SmilChr02G003368 Chr02 NC_080388.1:54811185-54811203promoter 内 2976-2994 bp + 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 54804853-54810178(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGAAAGTGGTTGGAAATA
SmilChr02G001414 Chr02 NC_080388.1:26765361-26765379promoter 内 2456-2474 bp + 1527 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 26763248-26763834(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAAAGGTGGGTGAGGTGT
SmilChr01G003137 Chr01 NC_080387.1:50160817-50160835promoter 内 2401-2419 bp + 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 50162417-50164538(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACCCCCAACCACACCACC
SmilChr04G003417 Chr04 NC_080390.1:50772774-50772792promoter 内 2247-2265 bp - 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 50767742-50771038(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACACCTCACCCACCTTTCC
SmilChr05G001026 Chr05 NC_080391.1:8416455-8416473promoter 内 2238-2256 bp - 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 8413681-8414710(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACACCTCACCCACCTTTCC
SmilChr01G002823 Chr01 NC_080387.1:46767507-46767525promoter 内 2016-2034 bp - 1967 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 46769492-46771782(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGGAGGTGGTTGGTATGG
SmilChr04G000127 Chr04 NC_080390.1:1083750-1083768promoter 内 1841-1859 bp - 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 1085910-1088420(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGTTGGTGGTTGGCACTG
SmilChr02G003773 Chr02 NC_080388.1:59428383-59428401promoter 内 1765-1783 bp - 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 59430619-59433539(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCTTAGTGGTTGGGGTGG
SmilChr03G001097 Chr03 NC_080389.1:12648355-12648373promoter 内 1751-1769 bp + 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 12650605-12651730(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCTTCAACCACCATTGG
SmilChr02G003341 Chr02 NC_080388.1:54622653-54622671promoter 内 1746-1764 bp + 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 54624908-54629749(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACACCTCACCCACCTTTCC
SmilChr01G002194 Chr01 NC_080387.1:38108015-38108033promoter 内 1708-1726 bp - 2275 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 38103707-38105740(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATCCTCAACCACATCCTG
SmilChr04G003343 Chr04 NC_080390.1:50093274-50093292promoter 内 1698-1716 bp - 2285 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 50090916-50090989(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGAGCTCAACCACCTCGAC
SmilChr04G003247 Chr04 NC_080390.1:49240059-49240077promoter 内 1490-1508 bp - 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 49237493-49237566(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGAGCTCAACCACCTCGAC
SmilChr03G004735 Chr03 NC_080389.1:64493384-64493402promoter 内 1216-1234 bp + 2767 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 64487621-64490617(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATAAGGTGGTTGTAGAGG
SmilChr04G003418 Chr04 NC_080390.1:50772774-50772792promoter 内 839-857 bp - 3144 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 50775936-50778821(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAAAGGTGGGTGAGGTGT
SmilChr04G001322 Chr04 NC_080390.1:21301235-21301253promoter 内 305-323 bp - 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 21304931-21306094(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATGTGGTGGTTGGTAAGG
SmilChr04G002855 Chr04 NC_080390.1:44665389-44665407promoter 内 79-97 bp + 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 44669311-44670917(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGCCTCCAACCACCTTAAA
SmilChr01G002891 Chr01 NC_080387.1:47600368-47600386promoter 内 3234-3252 bp - 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 5 47591308-47599619(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAACCCAACCACTTCTAT
SmilChr01G004699 Chr01 NC_080387.1:65096577-65096595promoter 内 3286-3304 bp - 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 65094038-65095880(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAACCCAACCACTTCTAT
SmilChr02G003110 Chr02 NC_080388.1:52081433-52081451promoter 内 343-361 bp + 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 52075593-52077793(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTAATGGTGGTTGGCGCGC
SmilChr03G000756 Chr03 NC_080389.1:8647097-8647115promoter 内 226-244 bp - 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 8641850-8643340(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCATCTCAACCACCTTAAG
SmilChr03G000127 Chr03 NC_080389.1:1403024-1403042promoter 内 3889-3907 bp + 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 1394077-1402930(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGGTGGTGGTTGAGAGCA
SmilChr05G002854 Chr05 NC_080391.1:34040049-34040067promoter 内 603-621 bp - 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 34043447-34045370(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTGAGTTGGTTGGGGATA
SmilChr04G002787 Chr04 NC_080390.1:43733841-43733859promoter 内 335-353 bp + 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 43725659-43730193(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAAGGGTGGTTGGCGGCA
SmilChr03G003880 Chr03 NC_080389.1:57902529-57902547promoter 内 135-153 bp - 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 57894954-57898681(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGTCTGCAACCACCATCTC
SmilChr03G000759 Chr03 NC_080389.1:8647097-8647115promoter 内 13-31 bp - 3970 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 8651085-8654584(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTAAGGTGGTTGAGATGG
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