转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013392-RA_Salv SmilChr02G003833 MYB XP_057794421.1 MP00476 TAACCGTAATA

可能结合的靶基因

9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 12 / 160 下载 TSV

上一页 12 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003779 Chr04 NC_080390.1:53982659-53982669promoter 内 3186-3196 bp - 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 53983474-53990486(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AGATACGGTTA
SmilChr07G003081 Chr07 NC_080393.1:32451601-32451611promoter 内 3181-3191 bp - 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 32447987-32450791(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCTTA
SmilChr08G000549 Chr08 NC_080394.1:3995205-3995215promoter 内 3161-3171 bp - 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 3992801-3994375(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCTTA
SmilChr02G000393 Chr02 NC_080388.1:4872007-4872017promoter 内 3147-3157 bp + 844 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 4872861-4879280(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCTAA
SmilChr05G001843 Chr05 NC_080391.1:18473558-18473568promoter 内 3130-3140 bp - 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 18474429-18476340(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATTTACGGTTA
SmilChr08G000992 Chr08 NC_080394.1:7440582-7440592promoter 内 3077-3087 bp - 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 7438987-7439668(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAT
SmilChr02G000407 Chr02 NC_080388.1:5041331-5041341promoter 内 3024-3034 bp - 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 5034119-5040364(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCTAA
SmilChr04G001357 Chr04 NC_080390.1:22050691-22050701promoter 内 2953-2963 bp - 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 22051739-22052716(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AGATACGGTTA
SmilChr08G000550 Chr08 NC_080394.1:3995205-3995215promoter 内 2943-2953 bp - 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 3996263-4000001(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAAGACGGTTA
SmilChr02G004808 Chr02 NC_080388.1:70260430-70260440promoter 内 2932-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 70256688-70259371(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATTTACGGTTA
SmilChr06G000275 Chr06 NC_080392.1:1905412-1905422promoter 内 2892-2902 bp - 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 1906521-1908462(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTAGACGGTTA
SmilChr03G000030 Chr03 NC_080389.1:377036-377046promoter 内 2882-2892 bp - 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 378155-379450(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAAGACGGTTA
SmilChr08G001250 Chr08 NC_080394.1:9926542-9926552promoter 内 2858-2868 bp - 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 9922763-9925409(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAT
SmilChr04G000613 Chr04 NC_080390.1:6921887-6921897promoter 内 2779-2789 bp + 1212 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 6923109-6923948(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAT
SmilChr02G003407 Chr02 NC_080388.1:55240794-55240804promoter 内 2732-2742 bp - 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 55242063-55244988(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AGATACGGTTA
SmilChr07G002936 Chr07 NC_080393.1:29726808-29726818promoter 内 2670-2680 bp - 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 29728139-29734547(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AATTACGGTTA
SmilChr07G001441 Chr07 NC_080393.1:11262714-11262724promoter 内 2611-2621 bp + 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 11172620-11261334(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTAGACGGTTA
SmilChr05G002107 Chr05 NC_080391.1:22069373-22069383promoter 内 2519-2529 bp + 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 22070855-22072060(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAATT
SmilChr05G002532 Chr05 NC_080391.1:28161667-28161677promoter 内 2518-2528 bp - 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 28163150-28165359(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AATTACGGTTA
SmilChr02G002157 Chr02 NC_080388.1:38796301-38796311promoter 内 2479-2489 bp + 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 38797823-38799308(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCTAA
SmilChr05G001359 Chr05 NC_080391.1:12094397-12094407promoter 内 2473-2483 bp + 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 12095925-12100864(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAATT
SmilChr01G002277 Chr01 NC_080387.1:39532260-39532270promoter 内 2410-2420 bp + 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 39533851-39537286(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAT
SmilChr07G000240 Chr07 NC_080393.1:1545881-1545891promoter 内 2380-2390 bp - 1611 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 1542027-1544270(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCTTA
SmilChr02G005467 Chr02 NC_080388.1:74963348-74963358promoter 内 2349-2359 bp - 1642 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 74959871-74961706(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCTAA
SmilChr05G002106 Chr05 NC_080391.1:22069373-22069383promoter 内 2233-2243 bp + 1758 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 22065041-22067615(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AATTACGGTTA
SmilChr02G004444 Chr02 NC_080388.1:66788904-66788914promoter 内 2192-2202 bp + 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 66790713-66793924(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAT
SmilChr03G003391 Chr03 NC_080389.1:52298718-52298728promoter 内 2144-2154 bp - 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 52300575-52304762(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATTTACGGTTA
SmilChr04G000027 Chr04 NC_080390.1:273765-273775promoter 内 2066-2076 bp + 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 275700-279476(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAT
SmilChr01G002591 Chr01 NC_080387.1:44024747-44024757promoter 内 2036-2046 bp + 1955 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 44026712-44031417(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTATCT
SmilChr03G000027 Chr03 NC_080389.1:377036-377046promoter 内 2031-2041 bp - 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 372725-375076(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCTTA
SmilChr01G002590 Chr01 NC_080387.1:44024747-44024757promoter 内 2030-2040 bp + 1961 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 44021752-44022786(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AGATACGGTTA
SmilChr02G004809 Chr02 NC_080388.1:70260430-70260440promoter 内 2022-2032 bp + 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 70262409-70265309(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAT
SmilChr07G001317 Chr07 NC_080393.1:10129396-10129406promoter 内 2006-2016 bp + 1985 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 10121510-10127411(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AGATACGGTTA
SmilChr05G000096 Chr05 NC_080391.1:572540-572550promoter 内 1985-1995 bp - 2006 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 574556-575784(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATTTACGGTTA
SmilChr07G001427 Chr07 NC_080393.1:11099613-11099623promoter 内 1911-1921 bp + 2080 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 11095347-11097533(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AATTACGGTTA
SmilChr02G005538 Chr02 NC_080388.1:75413963-75413973promoter 内 1910-1920 bp + 2081 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 75408257-75411882(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATTTACGGTTA
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