转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 12 / 138 下载 TSV

上一页 12 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001852 Chr02 NC_080388.1:33739906-33739918promoter 内 2375-2387 bp + 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 33741532-33744438(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCCGTTGACTTCT
SmilChr03G003178 Chr03 NC_080389.1:49238188-49238200promoter 内 2180-2192 bp - 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 49240009-49241631(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTCAGTCAACGCA
SmilChr01G001788 Chr01 NC_080387.1:32749568-32749580promoter 内 2100-2112 bp - 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 32747541-32747679(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACCTAA
SmilChr03G003259 Chr03 NC_080389.1:50491144-50491156promoter 内 1769-1781 bp - 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 50493376-50494987(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATGGTCAACGAT
SmilChr01G001789 Chr01 NC_080387.1:32749568-32749580promoter 内 1584-1596 bp - 2405 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 32751985-32754320(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAGGTCAACGGA
SmilChr02G002446 Chr02 NC_080388.1:42692259-42692271promoter 内 1060-1072 bp + 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 42688073-42689330(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGAAGTCAACGGC
SmilChr03G004294 Chr03 NC_080389.1:61344098-61344110promoter 内 986-998 bp - 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 61347113-61350884(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACAGTCAACGAT
SmilChr03G001642 Chr03 NC_080389.1:21232066-21232078promoter 内 917-929 bp - 3072 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 21235150-21239301(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGTGGTCAACGGC
SmilChr01G000593 Chr01 NC_080387.1:12925371-12925383promoter 内 461-473 bp + 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 12914528-12921843(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAGGTCAACGGA
SmilChr01G000008 Chr01 NC_080387.1:177915-177927promoter 内 597-609 bp - 3392 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 7 170625-174523(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTCTG
SmilChr02G005359 Chr02 NC_080388.1:74311060-74311072promoter 内 3537-3549 bp - 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 4 74307777-74310608(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCGTTGACTATA
SmilChr03G001267 Chr03 NC_080389.1:14701969-14701981promoter 内 833-845 bp - 3156 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 4 14705137-14707418(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GAAGGTCAACGAT
SmilChr01G002262 Chr01 NC_080387.1:39434451-39434463promoter 内 3139-3151 bp - 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 39429772-39433601(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCGTTGACTATA
SmilChr01G004872 Chr01 NC_080387.1:66834211-66834223promoter 内 2768-2780 bp - 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 66831346-66832990(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCGTTGACTCGG
SmilChr03G000587 Chr03 NC_080389.1:6534349-6534361promoter 内 2405-2417 bp - 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 6527470-6532765(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCGTTGACCTTC
SmilChr01G002443 Chr01 NC_080387.1:42008065-42008077promoter 内 1998-2010 bp - 1991 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 42010068-42015034(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAGGGTCAACGCA
SmilChr02G005595 Chr02 NC_080388.1:75704111-75704123promoter 内 1886-1898 bp + 2103 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 75694468-75702008(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCGGTCAACGGC
SmilChr02G005597 Chr02 NC_080388.1:75704111-75704123promoter 内 1623-1635 bp + 2366 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 75706489-75708908(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCCGTTGACCGCC
SmilChr01G003747 Chr01 NC_080387.1:55789036-55789048promoter 内 1094-1106 bp - 2895 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 55791943-55794855(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TATGGTCAACGTA
SmilChr01G004871 Chr01 NC_080387.1:66834211-66834223promoter 内 804-816 bp - 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 66828607-66831026(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCGTTGACTCGG
SmilChr01G001193 Chr01 NC_080387.1:24064970-24064982promoter 内 466-478 bp + 3523 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 24068505-24071345(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTCTG
SmilChr01G001921 Chr01 NC_080387.1:34332457-34332469promoter 内 322-334 bp - 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 34336136-34337437(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TATGGTCAACGTA
SmilChr03G001820 Chr03 NC_080389.1:24844658-24844670promoter 内 233-245 bp + 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 24848426-24858099(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACCCTG
SmilChr03G001818 Chr03 NC_080389.1:24844658-24844670promoter 内 3795-3807 bp + 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 24844864-24846175(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACCCTG
SmilChr01G003746 Chr01 NC_080387.1:55789036-55789048promoter 内 3765-3777 bp - 224 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 55786538-55788812(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TACGTTGACCATA
SmilChr01G001953 Chr01 NC_080387.1:34742569-34742581promoter 内 3528-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 34739024-34742108(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TACGTTGACCTGA
SmilChr01G002263 Chr01 NC_080387.1:39434451-39434463promoter 内 3394-3406 bp - 595 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 39435058-39436642(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TATAGTCAACGAC
SmilChr02G001658 Chr02 NC_080388.1:30771717-30771729promoter 内 3351-3363 bp - 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 30772367-30780224(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAAGTCAACGCT
SmilChr02G001636 Chr02 NC_080388.1:30357590-30357602promoter 内 3339-3351 bp - 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 30358252-30362714(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAAGTCAACGCT
SmilChr01G001839 Chr01 NC_080387.1:33322678-33322690promoter 内 3207-3219 bp - 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 33323472-33324897(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCAGTCAACGGA
SmilChr02G004096 Chr02 NC_080388.1:63270572-63270584promoter 内 2457-2469 bp - 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 63272116-63275906(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TATGGTCAACGTA
SmilChr01G001639 Chr01 NC_080387.1:30423955-30423967promoter 内 2328-2340 bp + 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 30420018-30422294(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCAAGTCAACGAC
SmilChr01G001838 Chr01 NC_080387.1:33322678-33322690promoter 内 2292-2304 bp - 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 33316125-33320981(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACTGAT
SmilChr03G003015 Chr03 NC_080389.1:47054559-47054571promoter 内 2121-2133 bp - 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 47056439-47059206(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCAGTCAACGGT
SmilChr02G000685 Chr02 NC_080388.1:10822143-10822155promoter 内 1807-1819 bp - 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 10816903-10819961(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCGTTGACCGTC
SmilChr03G003513 Chr03 NC_080389.1:53741170-53741182promoter 内 1227-1239 bp + 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 53734229-53738408(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGAGGTCAACGGC
SmilChr02G003278 Chr02 NC_080388.1:54076594-54076606promoter 内 1225-1237 bp - 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 54072679-54073830(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTCGT
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SmilChr01G004874 Chr01 NC_080387.1:66834211-66834223promoter 内 639-651 bp - 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 66837573-66839486(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCGAGTCAACGGT
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SmilChr02G000875 Chr02 NC_080388.1:15078325-15078337promoter 内 3749-3761 bp + 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 15075885-15078085(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCAAGTCAACGTT
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SmilChr01G005552 Chr01 NC_080387.1:72353304-72353316promoter 内 3567-3579 bp + 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 72353738-72354907(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACGTTGACTTGA