转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000593; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00001545-RA_Salv SmilChr05G000593 MIKC_MADS XP_057764223.1 MP00609 TTTTTTCCATTTTTGGTAA

可能结合的靶基因

9941 个结合位点 7575 个候选靶基因 第 121 / 152 下载 TSV

上一页 121 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr03G001397 Chr03 NC_080389.1:16588707-16588725promoter 内 3372-3390 bp + 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 16589336-16595237(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TATTTACCATTTTTGTTGA
SmilChr02G003365 Chr02 NC_080388.1:54774840-54774858promoter 内 3352-3370 bp + 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54766824-54774209(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TCACCAAAATTAGAAAATA
SmilChr03G001468 Chr03 NC_080389.1:17542507-17542525promoter 内 3348-3366 bp + 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 17543160-17547153(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TATTTACCATTTTTGTTGA
SmilChr04G002122 Chr04 NC_080390.1:34243953-34243971promoter 内 3329-3347 bp - 654 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 34244625-34244697(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AAACCAAAAGAAGAAGAGG
SmilChr06G000709 Chr06 NC_080392.1:6392341-6392359promoter 内 3324-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 6393018-6396074(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TCTTTTCTATTTTTGCAAT
SmilChr02G003484 Chr02 NC_080388.1:56105905-56105923promoter 内 3259-3277 bp + 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56105110-56105181(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CACACAAAAGTGGAAAAAC
SmilChr02G000353 Chr02 NC_080388.1:4574358-4574376promoter 内 3069-3087 bp - 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4558223-4573444(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TATGTTCCGTTTTTGGCTG
SmilChr01G001637 Chr01 NC_080387.1:30408853-30408871promoter 内 3024-3042 bp + 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 30409830-30413032(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATTCTTCCATTTTAGGAGT
SmilChr05G000590 Chr05 NC_080391.1:4454131-4454149promoter 内 3006-3024 bp - 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4455126-4457191(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CACACAAAAGTGGAAAAAC
SmilChr04G000616 Chr04 NC_080390.1:6958944-6958962promoter 内 2901-2919 bp - 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 6960044-6962334(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ACCCCTAAAATGGAAGAAA
SmilChr01G004639 Chr01 NC_080387.1:64427616-64427634promoter 内 2891-2909 bp + 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 64425773-64426524(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAAAAAAAAAC
SmilChr02G005555 Chr02 NC_080388.1:75515331-75515349promoter 内 2876-2894 bp + 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 75510048-75514224(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TCTCCCTAAAAAGAAAAAA
SmilChr06G000962 Chr06 NC_080392.1:9306809-9306827promoter 内 2870-2888 bp - 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9307940-9310794(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATGCCCTAAATGGAACATC
SmilChr02G003483 Chr02 NC_080388.1:56105905-56105923promoter 内 2825-2843 bp + 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56096161-56104747(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CACACAAAAGTGGAAAAAC
SmilChr04G002841 Chr04 NC_080390.1:44556467-44556485promoter 内 2799-2817 bp + 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 44552180-44555283(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGATGAAAATGGAAAGTT
SmilChr05G000906 Chr05 NC_080391.1:7177159-7177177promoter 内 2759-2777 bp - 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7173206-7175935(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CACTGGCTTTTTTTGGGTA
SmilChr04G002123 Chr04 NC_080390.1:34243953-34243971promoter 内 2720-2738 bp - 1263 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 34245234-34247244(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AAACCAAAAGAAGAAGAGG
SmilChr01G000828 Chr01 NC_080387.1:17831506-17831524promoter 内 2713-2731 bp - 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 17832794-17833947(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AAAGCAAATATGGAAAGAA
SmilChr02G001039 Chr02 NC_080388.1:18481958-18481976promoter 内 2668-2686 bp + 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 18483291-18489780(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GTTTTTCCACTTTTGTGTG
SmilChr05G002712 Chr05 NC_080391.1:31237783-31237801promoter 内 2611-2629 bp + 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 31235920-31236411(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CGACCAAAACAAGAAAGTC
SmilChr01G001564 Chr01 NC_080387.1:29670428-29670446promoter 内 2519-2537 bp + 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 29666012-29668964(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAGGAAAATTG
SmilChr05G001691 Chr05 NC_080391.1:16061469-16061487promoter 内 2512-2530 bp - 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 16062958-16063713(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTCACAAAAATGGAAGACT
SmilChr05G002401 Chr05 NC_080391.1:26505086-26505104promoter 内 2411-2429 bp + 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 26506676-26509653(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CCCCTTCTCTTTTTGGGAG
SmilChr05G001328 Chr05 NC_080391.1:11555356-11555374promoter 内 2399-2417 bp + 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11556958-11564678(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GTTTTTCCACTTTTGTGTG
SmilChr02G001909 Chr02 NC_080388.1:34380686-34380704promoter 内 2383-2401 bp + 1600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 34382304-34384043(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATTTATCTTTTTTTGGTTT
SmilChr02G002673 Chr02 NC_080388.1:46330363-46330381promoter 内 2366-2384 bp - 1617 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 46331998-46335353(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AGTCCAAAAAAAGAATGTA
SmilChr03G003913 Chr03 NC_080389.1:58221041-58221059promoter 内 2339-2357 bp + 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 58222703-58223794(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CTCCTTCTGCTTTTGGTAG
SmilChr06G000417 Chr06 NC_080392.1:3464976-3464994promoter 内 2301-2319 bp - 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3459757-3463294(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CATTTTCCATTTTCGTCCT
SmilChr02G003927 Chr02 NC_080388.1:61344387-61344405promoter 内 2283-2301 bp - 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61346105-61348946(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TATACCAAAATGGAAATGG
SmilChr03G004731 Chr03 NC_080389.1:64473230-64473248promoter 内 2131-2149 bp - 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 64468803-64471378(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CAGTTGCCAAATTTGGTAA
SmilChr02G001541 Chr02 NC_080388.1:28674483-28674501promoter 内 2121-2139 bp - 1862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 28672181-28672621(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AGTTGTCCATTTTTGGGTC
SmilChr02G002929 Chr02 NC_080388.1:49749452-49749470promoter 内 2079-2097 bp + 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 49751374-49755603(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GTCATCCTCTTTTTGGCAA
SmilChr03G000902 Chr03 NC_080389.1:10325275-10325293promoter 内 2068-2086 bp - 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 10327208-10331622(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TGTCCAAAAATAGGTAGGA
SmilChr04G000401 Chr04 NC_080390.1:4180516-4180534promoter 内 2029-2047 bp - 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4182488-4183645(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AGGCCAAAAAGAGACAAAG
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