转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002364; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006712-RA_Salv SmilChr05G002364 WRKY XP_057809766.1 MP00069 AGTCAACG

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7882 个候选靶基因 第 122 / 158 下载 TSV

上一页 122 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001145 Chr04 NC_080390.1:16885273-16885280promoter 内 2552-2559 bp + 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 16881666-16883831(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 TGTTGACT
SmilChr05G003082 Chr05 NC_080391.1:38955556-38955563promoter 内 2552-2559 bp - 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 38957005-38979398(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 TGTTGACT
SmilChr06G002709 Chr06 NC_080392.1:39165463-39165470promoter 内 2550-2557 bp + 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 39166914-39167483(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr07G001791 Chr07 NC_080393.1:15264086-15264093promoter 内 2550-2557 bp - 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 15255648-15262642(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr06G000166 Chr06 NC_080392.1:1147774-1147781promoter 内 2548-2555 bp + 1446 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 1149227-1153867(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr02G005299 Chr02 NC_080388.1:73950914-73950921promoter 内 2547-2554 bp - 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 73948425-73949467(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr07G002095 Chr07 NC_080393.1:19077183-19077190promoter 内 2546-2553 bp + 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 19078638-19080561(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr06G003160 Chr06 NC_080392.1:44566737-44566744promoter 内 2545-2552 bp - 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 44562342-44565288(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr05G000505 Chr05 NC_080391.1:3925555-3925562promoter 内 2543-2550 bp - 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 3927013-3929788(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 TGTTGACT
SmilChr02G002114 Chr02 NC_080388.1:37826096-37826103promoter 内 2542-2549 bp - 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 37814648-37824644(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr02G001366 Chr02 NC_080388.1:25738667-25738674promoter 内 2541-2548 bp + 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 25740127-25740813(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr07G000485 Chr07 NC_080393.1:3397949-3397956promoter 内 2540-2547 bp - 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 3391334-3396495(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr01G001334 Chr01 NC_080387.1:26527125-26527132promoter 内 2539-2546 bp - 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 26528587-26530877(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 TGTTGACT
SmilChr05G004240 Chr05 NC_080391.1:56208097-56208104promoter 内 2539-2546 bp - 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 56209559-56211841(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 TGTTGACT
SmilChr06G001165 Chr06 NC_080392.1:11873144-11873151promoter 内 2539-2546 bp + 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 11868929-11871689(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 TGTTGACT
SmilChr05G002864 Chr05 NC_080391.1:34217464-34217471promoter 内 2538-2545 bp - 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 34212102-34216008(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr07G001916 Chr07 NC_080393.1:16560345-16560352promoter 内 2534-2541 bp - 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 16556955-16558885(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr06G001012 Chr06 NC_080392.1:10001842-10001849promoter 内 2532-2539 bp - 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 9998499-10000380(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr06G003283 Chr06 NC_080392.1:45375007-45375014promoter 内 2532-2539 bp - 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 45376476-45379542(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 TGTTGACT
SmilChr02G004881 Chr02 NC_080388.1:70900819-70900826promoter 内 2527-2534 bp + 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 70902293-70903796(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr01G004876 Chr01 NC_080387.1:66852074-66852081promoter 内 2526-2533 bp + 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 66853549-66854501(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr06G001869 Chr06 NC_080392.1:22096057-22096064promoter 内 2524-2531 bp - 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 22097534-22098529(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 TGTTGACT
SmilChr02G000586 Chr02 NC_080388.1:8429771-8429778promoter 内 2522-2529 bp - 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 8431250-8434837(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 TGTTGACT
SmilChr06G002875 Chr06 NC_080392.1:41578165-41578172promoter 内 2522-2529 bp - 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 41579644-41582463(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 TGTTGACT
SmilChr02G003295 Chr02 NC_080388.1:54228900-54228907promoter 内 2521-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 54225546-54227427(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 TGTTGACT
SmilChr05G002837 Chr05 NC_080391.1:33709301-33709308promoter 内 2518-2525 bp + 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 33710784-33711275(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr04G003254 Chr04 NC_080390.1:49279847-49279854promoter 内 2517-2524 bp + 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 49281331-49283072(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr01G005878 Chr01 NC_080387.1:74725731-74725738promoter 内 2511-2518 bp - 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 74721717-74724248(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr03G004459 Chr03 NC_080389.1:62681482-62681489promoter 内 2511-2518 bp + 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 62679200-62679999(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 TGTTGACT
SmilChr07G003717 Chr07 NC_080393.1:44964065-44964072promoter 内 2506-2513 bp + 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 44965560-44966675(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr05G002070 Chr05 NC_080391.1:21547352-21547359promoter 内 2505-2512 bp + 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 21544808-21545863(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 TGTTGACT
SmilChr01G002448 Chr01 NC_080387.1:42069384-42069391promoter 内 2502-2509 bp - 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 42070883-42073649(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 TGTTGACT
SmilChr01G003884 Chr01 NC_080387.1:57162712-57162719promoter 内 2502-2509 bp - 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 57164211-57166340(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 TGTTGACT
SmilChr06G002869 Chr06 NC_080392.1:41530813-41530820promoter 内 2500-2507 bp + 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 41528149-41529319(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 TGTTGACT
SmilChr07G000583 Chr07 NC_080393.1:3984631-3984638promoter 内 2500-2507 bp - 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 3980237-3983137(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
SmilChr04G003183 Chr04 NC_080390.1:48531873-48531880promoter 内 2499-2506 bp - 1495 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 48524713-48530378(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACA
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