转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 124 / 138 下载 TSV

上一页 124 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002319 Chr06 NC_080392.1:33461524-33461538promoter 内 440-454 bp - 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 33456850-33457977(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATATGTGGACCGTTT
SmilChr04G001947 Chr04 NC_080390.1:31610228-31610242promoter 内 439-453 bp - 3548 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 31598935-31606680(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATATGTGGACCGTTT
SmilChr08G002100 Chr08 NC_080394.1:18876234-18876248promoter 内 424-438 bp - 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 18870379-18872671(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGTCTTCTACCGTTG
SmilChr04G002885 Chr04 NC_080390.1:45051808-45051822promoter 内 296-310 bp + 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 45055513-45056951(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CATTTCTGACCGTAG
SmilChr02G003000 Chr02 NC_080388.1:50673354-50673368promoter 内 260-274 bp + 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 50677095-50677959(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAATATGAACGTTT
SmilChr05G001587 Chr05 NC_080391.1:14571136-14571150promoter 内 249-263 bp + 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 14574888-14578364(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTAGGGAGACCGTTG
SmilChr08G001962 Chr08 NC_080394.1:17274358-17274372promoter 内 150-164 bp - 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 17278209-17279835(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGTGGAAT
SmilChr01G001684 Chr01 NC_080387.1:31072432-31072446promoter 内 3067-3081 bp - 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 31073366-31074461(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGTTAACA
SmilChr02G002461 Chr02 NC_080388.1:42917160-42917174promoter 内 929-943 bp - 3058 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 42920232-42921125(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGTGAAAT
SmilChr07G000287 Chr07 NC_080393.1:1855742-1855756promoter 内 3925-3939 bp - 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 1855818-1857128(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAATCCTC
SmilChr06G000474 Chr06 NC_080392.1:3858957-3858971promoter 内 3812-3826 bp + 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 3854849-3858782(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATCTTGCG
SmilChr08G002154 Chr08 NC_080394.1:19431138-19431152promoter 内 3796-3810 bp - 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 19431343-19433245(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCCTTAGTT
SmilChr08G000256 Chr08 NC_080394.1:1776529-1776543promoter 内 3679-3693 bp - 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 1771476-1776221(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GAGCTAATACCGTTG
SmilChr03G001643 Chr03 NC_080389.1:21253747-21253761promoter 内 3547-3561 bp + 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 21254201-21257239(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCTTGCAGACCGTTA
SmilChr06G000722 Chr06 NC_080392.1:6596167-6596181promoter 内 3371-3385 bp - 616 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 6596797-6598158(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTAAGACT
SmilChr02G001772 Chr02 NC_080388.1:32471799-32471813promoter 内 3317-3331 bp + 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 32472483-32473434(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TACGCACGACCGTTG
SmilChr02G000114 Chr02 NC_080388.1:1435652-1435666promoter 内 3303-3317 bp - 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 1436350-1436456(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATTACTCG
SmilChr02G003045 Chr02 NC_080388.1:51239672-51239686promoter 内 3247-3261 bp + 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 51236158-51238932(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGTTAACA
SmilChr04G004038 Chr04 NC_080390.1:55611463-55611477promoter 内 3147-3161 bp + 840 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 55608613-55610623(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCTGAGTGA
SmilChr04G003103 Chr04 NC_080390.1:47608440-47608454promoter 内 3109-3123 bp + 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 47609332-47610499(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTTTCCGACCGTTT
SmilChr03G003919 Chr03 NC_080389.1:58287124-58287138promoter 内 3079-3093 bp - 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 58283199-58286216(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCAGGTAGACCGTTG
SmilChr01G002950 Chr01 NC_080387.1:48377379-48377393promoter 内 3063-3077 bp - 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 48373487-48376455(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGAATTTGACCGTAA
SmilChr04G000790 Chr04 NC_080390.1:9739965-9739979promoter 内 3058-3072 bp - 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 9740908-9744316(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGATCTTC
SmilChr01G000756 Chr01 NC_080387.1:16628417-16628431promoter 内 3023-3037 bp - 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 16629395-16630636(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCTGCAAGC
SmilChr06G000973 Chr06 NC_080392.1:9433443-9433457promoter 内 2746-2760 bp + 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 9434698-9437266(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAATATAGCCGTAA
SmilChr02G000519 Chr02 NC_080388.1:7156083-7156097promoter 内 2685-2699 bp - 1302 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 7153767-7154781(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGCTCTGAACCGTTG
SmilChr06G000351 Chr06 NC_080392.1:2669306-2669320promoter 内 2683-2697 bp - 1304 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 2665322-2668002(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGGTTTGGACCGTTT
SmilChr03G002085 Chr03 NC_080389.1:32085924-32085938promoter 内 2600-2614 bp - 1387 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 32080679-32084537(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CGGCGGGGACCGTTG
SmilChr06G000645 Chr06 NC_080392.1:5704787-5704801promoter 内 2575-2589 bp + 1412 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 5706213-5727102(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTAGATAAACCGTTG
SmilChr06G000646 Chr06 NC_080392.1:5704787-5704801promoter 内 2497-2511 bp + 1490 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 5706291-5711906(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTAGATAAACCGTTG
SmilChr01G001417 Chr01 NC_080387.1:27757553-27757567promoter 内 2477-2491 bp + 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 27755515-27756043(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTACGGTCACAAACC
SmilChr01G001692 Chr01 NC_080387.1:31145505-31145519promoter 内 2462-2476 bp - 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 31142274-31143980(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATGCATCTACCGTTG
SmilChr02G003659 Chr02 NC_080388.1:57963451-57963465promoter 内 2412-2426 bp - 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 57965040-57967019(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGTTAACA
SmilChr02G001228 Chr02 NC_080388.1:22574823-22574837promoter 内 2354-2368 bp + 1633 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 22576470-22583545(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCAGGCAGACCGTTG
SmilChr07G003670 Chr07 NC_080393.1:43981102-43981116promoter 内 2338-2352 bp - 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 43977027-43979453(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCTTGCAGACCGTTA
SmilChr02G003522 Chr02 NC_080388.1:56393895-56393909promoter 内 2317-2331 bp - 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56395579-56397687(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGGAACA
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