转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 124 / 135 下载 TSV

上一页 124 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002740 Chr02 NC_080388.1:47369652-47369666promoter 内 319-333 bp + 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 47361958-47365984(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGGGATAAGATAGCT
SmilChr02G002748 Chr02 NC_080388.1:47510151-47510165promoter 内 275-289 bp + 3712 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 47502410-47506439(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGGGATAAGATAGCT
SmilChr01G003787 Chr01 NC_080387.1:56263095-56263109promoter 内 3970-3984 bp - 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56262231-56263078(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTAAACCTTATCGAA
SmilChr02G005274 Chr02 NC_080388.1:73818245-73818259promoter 内 3969-3983 bp + 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 73813951-73818227(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGAGCTAA
SmilChr02G005044 Chr02 NC_080388.1:72152124-72152138promoter 内 3957-3971 bp + 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 72152168-72164421(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTCCCTTATCTCT
SmilChr02G004179 Chr02 NC_080388.1:64078252-64078266promoter 内 3915-3929 bp + 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 64078338-64090839(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGCTTATTATCCTA
SmilChr01G004806 Chr01 NC_080387.1:66261816-66261830promoter 内 3913-3927 bp + 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 66261904-66264810(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAACACGTTATCCTG
SmilChr02G005188 Chr02 NC_080388.1:73187277-73187291promoter 内 3912-3926 bp + 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 73184495-73187202(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATAAGATT
SmilChr01G005728 Chr01 NC_080387.1:73422124-73422138promoter 内 3898-3912 bp + 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 73419687-73422035(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATTTTAAG
SmilChr02G001769 Chr02 NC_080388.1:32443184-32443198promoter 内 3864-3878 bp + 123 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 32443321-32453464(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCGCCGTTATCCTT
SmilChr01G004592 Chr01 NC_080387.1:63921258-63921272promoter 内 3824-3838 bp - 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 63921435-63922453(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATCTTATT
SmilChr01G003380 Chr01 NC_080387.1:52489361-52489375promoter 内 3802-3816 bp - 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 52489560-52494862(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCGGATAAGAGAAAT
SmilChr01G004004 Chr01 NC_080387.1:58433026-58433040promoter 内 3773-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 58433254-58434333(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCACCCTTATCCGG
SmilChr03G002355 Chr03 NC_080389.1:37177786-37177800promoter 内 3719-3733 bp - 268 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 37173624-37177518(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTATCCCTTATCATT
SmilChr03G001897 Chr03 NC_080389.1:26516007-26516021promoter 内 3633-3647 bp - 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 26513453-26515653(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATCTTATTATCCTT
SmilChr02G000653 Chr02 NC_080388.1:9879630-9879644promoter 内 3613-3627 bp + 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 9875624-9879256(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGTAGGAG
SmilChr01G002574 Chr01 NC_080387.1:43826805-43826819promoter 内 3598-3612 bp - 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 43821872-43826416(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCAAGATTATCCTT
SmilChr01G001237 Chr01 NC_080387.1:24791216-24791230promoter 内 3595-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 24788419-24790824(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGCTACAT
SmilChr01G004550 Chr01 NC_080387.1:63617577-63617591promoter 内 3567-3581 bp - 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 63615244-63617157(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTTCCCTTATCATA
SmilChr02G001303 Chr02 NC_080388.1:24174832-24174846promoter 内 3483-3497 bp - 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 24174222-24174328(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGCATCATATCCTC
SmilChr02G001037 Chr02 NC_080388.1:18466678-18466692promoter 内 3467-3481 bp - 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 18466052-18466158(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGCATCATATCCTC
SmilChr01G002541 Chr01 NC_080387.1:43467208-43467222promoter 内 3466-3480 bp - 521 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 43467743-43470353(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGGATAAGACTTTA
SmilChr02G000805 Chr02 NC_080388.1:13425841-13425855promoter 内 3466-3480 bp - 521 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 13425214-13425320(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGCATCATATCCTC
SmilChr02G001005 Chr02 NC_080388.1:17736520-17736534promoter 内 3466-3480 bp - 521 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 17735893-17735999(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGCATCATATCCTC
SmilChr02G002563 Chr02 NC_080388.1:44570031-44570045promoter 内 3466-3480 bp - 521 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 44569404-44569510(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGCATCATATCCTC
SmilChr02G002565 Chr02 NC_080388.1:44625230-44625244promoter 内 3466-3480 bp - 521 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 44624603-44624709(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGCATCATATCCTC
SmilChr02G003387 Chr02 NC_080388.1:54980829-54980843promoter 内 3466-3480 bp - 521 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 54980202-54980308(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGCATCATATCCTC
SmilChr01G001738 Chr01 NC_080387.1:31983382-31983396promoter 内 3382-3396 bp + 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 31981239-31982777(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATACAT
SmilChr01G004357 Chr01 NC_080387.1:61760317-61760331promoter 内 3377-3391 bp - 610 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 61756501-61759707(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCAAGATTATCCTT
SmilChr02G004739 Chr02 NC_080388.1:69592041-69592055promoter 内 3353-3367 bp + 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 69592689-69597641(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATCTTATTATCCTT
SmilChr01G003945 Chr01 NC_080387.1:57795251-57795265promoter 内 3341-3355 bp + 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 57792685-57794605(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATCTTGAT
SmilChr01G001606 Chr01 NC_080387.1:30218088-30218102promoter 内 3307-3321 bp + 680 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 30216246-30217408(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATGATAAGGTGTTT
SmilChr02G004691 Chr02 NC_080388.1:69261192-69261206promoter 内 3298-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 69261895-69268038(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGAATCAT
SmilChr01G001441 Chr01 NC_080387.1:28086206-28086220promoter 内 3271-3285 bp - 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 28075259-28085490(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTAATGATTATCCTC
SmilChr02G001219 Chr02 NC_080388.1:22385542-22385556promoter 内 3239-3253 bp - 748 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 22384036-22384794(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTCTCCATTATCCTT
SmilChr03G001461 Chr03 NC_080389.1:17461201-17461215promoter 内 3166-3180 bp + 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 17462036-17467359(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTATCCTTATCAGG
SmilChr01G005109 Chr01 NC_080387.1:68888640-68888654promoter 内 3130-3144 bp - 857 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 68889511-68891477(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTGATAAGGACCTG
SmilChr01G005784 Chr01 NC_080387.1:73938874-73938888promoter 内 3073-3087 bp + 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 73937889-73937960(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTGATAAGGTATCA
SmilChr02G004610 Chr02 NC_080388.1:68601905-68601919promoter 内 3040-3054 bp + 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 68602866-68627040(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCACTTGTTATCCTA
SmilChr01G005185 Chr01 NC_080387.1:69568341-69568355promoter 内 3011-3025 bp + 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 69569331-69575575(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGTATATTATCCTA
SmilChr01G001137 Chr01 NC_080387.1:23165023-23165037promoter 内 2991-3005 bp + 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 23166033-23167776(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGTTATCTTATCCGG
SmilChr01G000060 Chr01 NC_080387.1:960328-960342promoter 内 2966-2980 bp - 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 957173-959307(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCAAGATTATCCTT
SmilChr02G004319 Chr02 NC_080388.1:65506957-65506971promoter 内 2954-2968 bp + 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 65508004-65510566(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGCATCTTTATCCTT
SmilChr03G000441 Chr03 NC_080389.1:4744832-4744846promoter 内 2816-2830 bp + 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 4741905-4743661(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACGATAAGGATGAA
SmilChr01G001238 Chr01 NC_080387.1:24791216-24791230promoter 内 2774-2788 bp + 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 24792443-24794315(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGTAGCTTATCCCT
SmilChr03G000049 Chr03 NC_080389.1:511678-511692promoter 内 2741-2755 bp + 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 504684-510432(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAATGTATAT
SmilChr03G000676 Chr03 NC_080389.1:7548780-7548794promoter 内 2706-2720 bp - 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 7550075-7552020(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGAATTTA
SmilChr02G005275 Chr02 NC_080388.1:73818245-73818259promoter 内 2667-2681 bp + 1320 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 73819579-73823335(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTAGCTCTTATCCTT
SmilChr02G004331 Chr02 NC_080388.1:65591246-65591260promoter 内 2627-2641 bp + 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 65584992-65589886(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAAGTTTTA
SmilChr02G003031 Chr02 NC_080388.1:51016589-51016603promoter 内 2549-2563 bp - 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 51009806-51015151(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATAATTTTATCCTT