转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 124 / 151 下载 TSV

上一页 124 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001046 Chr03 NC_080389.1:12190593-12190605promoter 内 3866-3878 bp - 123 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 12187211-12190470(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATAAA
SmilChr01G003186 Chr01 NC_080387.1:50613811-50613823promoter 内 3806-3818 bp - 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 50611651-50613628(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAAAA
SmilChr03G000115 Chr03 NC_080389.1:1279484-1279496promoter 内 3751-3763 bp - 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1276406-1279246(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATAAA
SmilChr02G001043 Chr02 NC_080388.1:18499368-18499380promoter 内 3723-3735 bp - 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 18499017-18499102(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAAAA
SmilChr01G001698 Chr01 NC_080387.1:31265391-31265403promoter 内 3716-3728 bp - 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 31262793-31265118(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATCCAT
SmilChr01G003894 Chr01 NC_080387.1:57234752-57234764promoter 内 3711-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 57235042-57237492(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTGGGTAGGTATC
SmilChr01G003911 Chr01 NC_080387.1:57380674-57380686promoter 内 3707-3719 bp - 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 57380968-57383344(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTGGGTAGGTATC
SmilChr04G003786 Chr04 NC_080390.1:54016704-54016716promoter 内 3663-3675 bp + 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 54017042-54019810(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTTAA
SmilChr01G002041 Chr01 NC_080387.1:36086483-36086495promoter 内 3622-3634 bp - 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 36082558-36086116(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAAAA
SmilChr02G003294 Chr02 NC_080388.1:54215835-54215847promoter 内 3607-3619 bp + 382 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 54216229-54221417(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATAAA
SmilChr04G002706 Chr04 NC_080390.1:42665528-42665540promoter 内 3605-3617 bp - 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 42665924-42668713(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTAGGGAGGTAAA
SmilChr05G001187 Chr05 NC_080391.1:9964280-9964292promoter 内 3592-3604 bp + 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 9964689-9965042(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAAAA
SmilChr04G001975 Chr04 NC_080390.1:32004170-32004182promoter 内 3587-3599 bp - 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 32002398-32003768(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAAACGT
SmilChr01G002922 Chr01 NC_080387.1:48003057-48003069promoter 内 3573-3585 bp - 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48001735-48002641(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AACACCTACCCTT
SmilChr05G001673 Chr05 NC_080391.1:15866022-15866034promoter 内 3451-3463 bp - 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 15860542-15865484(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTTAA
SmilChr01G001758 Chr01 NC_080387.1:32295125-32295137promoter 内 3421-3433 bp + 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 32292214-32294557(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTAAGTAGGTATA
SmilChr03G001988 Chr03 NC_080389.1:29132043-29132055promoter 内 3389-3401 bp + 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 29124350-29131443(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGAGTGAGGTAAA
SmilChr03G000279 Chr03 NC_080389.1:3174301-3174313promoter 内 3381-3393 bp - 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3171369-3173693(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATAAA
SmilChr02G005596 Chr02 NC_080388.1:75707175-75707187promoter 内 3276-3288 bp - 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 75704910-75706462(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTGCCTACCTCA
SmilChr01G005544 Chr01 NC_080387.1:72248838-72248850promoter 内 3259-3271 bp + 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 72249580-72252845(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATACCTACTTCA
SmilChr01G004571 Chr01 NC_080387.1:63766997-63767009promoter 内 3196-3208 bp + 793 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 63767802-63779065(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCACATT
SmilChr04G001681 Chr04 NC_080390.1:27830032-27830044promoter 内 3139-3151 bp - 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 27830894-27831947(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTATTAGGTAAT
SmilChr02G003208 Chr02 NC_080388.1:53240380-53240392promoter 内 3094-3106 bp - 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53241287-53244838(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATGGATAGGTAAA
SmilChr05G000379 Chr05 NC_080391.1:2852699-2852711promoter 内 3030-3042 bp + 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 2849224-2851740(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCGGTAGGTGCT
SmilChr01G004157 Chr01 NC_080387.1:60072661-60072673promoter 内 2900-2912 bp + 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 60073762-60076300(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCACTCT
SmilChr03G001234 Chr03 NC_080389.1:14251887-14251899promoter 内 2900-2912 bp - 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 14249971-14250798(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTATCTGT
SmilChr01G005767 Chr01 NC_080387.1:73754272-73754284promoter 内 2875-2887 bp - 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 73755398-73759578(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGAGGAGGTAAA
SmilChr02G000970 Chr02 NC_080388.1:16974401-16974413promoter 内 2815-2827 bp + 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16971727-16973227(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGAAGGAGGTAAA
SmilChr01G000771 Chr01 NC_080387.1:16850179-16850191promoter 内 2670-2682 bp - 1319 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16846529-16848860(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTTAA
SmilChr01G004866 Chr01 NC_080387.1:66785209-66785221promoter 内 2611-2623 bp + 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 66786599-66790422(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAAAA
SmilChr02G002186 Chr02 NC_080388.1:39061681-39061693promoter 内 2607-2619 bp + 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 39063075-39063960(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AACACCTACCCTT
SmilChr01G000340 Chr01 NC_080387.1:6944256-6944268promoter 内 2565-2577 bp + 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 6945692-6946759(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCACTCT
SmilChr02G002010 Chr02 NC_080388.1:36234914-36234926promoter 内 2536-2548 bp + 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 36236379-36237725(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAAAA
SmilChr04G000765 Chr04 NC_080390.1:9319495-9319507promoter 内 2536-2548 bp - 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 9315101-9318042(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAAAA
SmilChr03G003900 Chr03 NC_080389.1:58107199-58107211promoter 内 2407-2419 bp + 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 58108793-58111741(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATAAA
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